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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 113d | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF GUANOSINE-THYMIDINE MISMATCHES IN B-DNA AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | データ登録者 | Hunter, W.N. / Brown, T. / Kneale, G. / Anand, N.N. / Rabinovich, D. / Kennard, O. | 引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 | タイトル: The structure of guanosine-thymidine mismatches in B-DNA at 2.5-A resolution. 著者: Hunter, W.N. / Brown, T. / Kneale, G. / Anand, N.N. / Rabinovich, D. / Kennard, O. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 113d.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb113d.ent.gz | 13.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 113d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/13/113d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/13/113d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3678.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 279 K |
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検出器 | タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→8 Å / Num. obs: 2497 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 60 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(I): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 2004 / Rfactor obs: 0.18 / σ(I): 1 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |