+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9726 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | state4 of the whole 20S complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.045669 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang X / Wang X / Sun S / Sui SF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019 タイトル: Mechanistic insights into the SNARE complex disassembly. 著者: Xuan Huang / Shan Sun / Xiaojing Wang / Fenghui Fan / Qiang Zhou / Shan Lu / Yong Cao / Qiu-Wen Wang / Meng-Qiu Dong / Jun Yao / Sen-Fang Sui / 要旨: NSF (-ethylmaleimide-sensitive factor) and α-SNAP (α-soluble NSF attachment protein) bind to the SNARE (soluble NSF attachment protein receptor) complex, the minimum machinery to mediate membrane ...NSF (-ethylmaleimide-sensitive factor) and α-SNAP (α-soluble NSF attachment protein) bind to the SNARE (soluble NSF attachment protein receptor) complex, the minimum machinery to mediate membrane fusion, to form a 20S complex, which disassembles the SNARE complex for reuse. We report the cryo-EM structures of the α-SNAP-SNARE subcomplex and the NSF-D1D2 domain in the 20S complex at 3.9- and 3.7-Å resolutions, respectively. Combined with the biochemical and electrophysiological analyses, we find that α-SNAPs use R116 through electrostatic interactions and L197 through hydrophobic interactions to apply force mainly on two positions of the VAMP protein to execute disassembly process. Furthermore, we define the interaction between the amino terminus of the SNARE helical bundle and the pore loop of the NSF-D1 domain and demonstrate its essential role as a potential anchor for SNARE complex disassembly. Our studies provide a rotation model of α-SNAP-mediated disassembly of the SNARE complex. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9726.map.gz | 49.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9726-v30.xml emd-9726.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9726.png | 120.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9726 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9726 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9726_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9726_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9726_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9726 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9726 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.30654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : state4 of the whole 20S complex
全体 | 名称: state4 of the whole 20S complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: state4 of the whole 20S complex
超分子 | 名称: state4 of the whole 20S complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.045669 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20075 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |