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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9708 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Csm effector complex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huo Y / Li T / Wang N / Dong Q / Wang X / Jiang T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Type III-A CRISPR effector complex. 著者: Yangao Huo / Tao Li / Nan Wang / Qinghua Dong / Xiangxi Wang / Tao Jiang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 48.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 176 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : ToCsm effector complex
全体 | 名称: ToCsm effector complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ToCsm effector complex
超分子 | 名称: ToCsm effector complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Csm1
分子 | 名称: Csm1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 88.131898 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEIDELTALG GLLHDIGKPV QRAGLYSGDH STQGARFLRD LAENTGRAEY ELLSLFSEFH HKGHMKNDEL MIRRIKELSP ERFGLTMED VLNALWIVYE ADNLASGERE EGQPQASRPL YSVFNPGKAY PWAELDFEKE LPVPGDVFSI RSQDYRELVK R LWEELSKA ...文字列: MEIDELTALG GLLHDIGKPV QRAGLYSGDH STQGARFLRD LAENTGRAEY ELLSLFSEFH HKGHMKNDEL MIRRIKELSP ERFGLTMED VLNALWIVYE ADNLASGERE EGQPQASRPL YSVFNPGKAY PWAELDFEKE LPVPGDVFSI RSQDYRELVK R LWEELSKA KLRSDRLLPV LEKYLTFVSS VTSEGNIISL YDHMRMTSAI ALAMLRAGCT AEDVRSGRCR KEKRFLLIEG DF SGIQDFI YRVSGKGTLK YLRARSAYLE LIGWDVVLEI LSRLGLTRAN VVFNAGGHFM IIAQNTPDAV KELEEIRAKA VEW LYREFE SDLYLAIEWE PVSGREFGRE GGKNLFAEAR KRLKHKLTVR KLKRFGEIKG LFEHGHTERL AECPVCGREL PEGK LEPSA SDPETKVCPT CNRLVSLGGN LPKLLGFGRT AKNDAGVLVE GPFSGFVPYL QGGRPVGEQI LVKNTLNPGE IPESA QFVP YFVADYFKKD PKGGVATFEE LSMASTGTRR LGVMKGDVDR LGEFFSSMDS PSKLATASRF MDYFFKGYIG AIIEGK FGY IIGDVPSLRD WPEEPDIVVV YAGGDDFFIV GAWDQIFELA FRVRRAFNAY TGGKLTLSVG LGYFDERTPI YRMADVV SE RLDTAKDEGR NRVFVVGRSR PLDGKHKLSY EWNHYEELWR TYAPRIYAGN GRLKGKLESK KGLLWKLLEI RELYVRDP N DVRWAYLTAY LLGRHGLSDL FPELVGIDTK AVERKEPQPV YWVDGVLKIV LMAVRR |
-分子 #2: Csm2
分子 | 名称: Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22.410691 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHVIF VAYHQKHGGY GRGGYGRQDR PQVDASRLFG ESPDVVGIKK MLEGKGKQWE AIQPYFDNVV REAKNFLEWS PNKRLANAV TVAAYLTSQG LKTNQVRKIL DMARTTELKV KRGEGDIKDD LVKMRYLLAY TVGKATGQSK YSLDAFHRIL D PMLEVLMG ...文字列: MHHHHHHVIF VAYHQKHGGY GRGGYGRQDR PQVDASRLFG ESPDVVGIKK MLEGKGKQWE AIQPYFDNVV REAKNFLEWS PNKRLANAV TVAAYLTSQG LKTNQVRKIL DMARTTELKV KRGEGDIKDD LVKMRYLLAY TVGKATGQSK YSLDAFHRIL D PMLEVLMG SPKKENFEKF YDFLQAVVAY HKFFGGGD |
-分子 #3: Csm3
分子 | 名称: Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 32.721936 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDRRFYGKIV IKGKIKAVTG LHIGSQRDIS EIGGIDNPVI KDPHTGLPYI PGSSLKGRLR SLFEILVNSR LGEWREKYPS LANYSPGSC RPDNQENCGK FFNRKINRGW IHVCPDYETA LACPVCRLFG ASGKESNFPS RIIVRDAFLT KEWEEKWRAG E AITEAKIE ...文字列: MDRRFYGKIV IKGKIKAVTG LHIGSQRDIS EIGGIDNPVI KDPHTGLPYI PGSSLKGRLR SLFEILVNSR LGEWREKYPS LANYSPGSC RPDNQENCGK FFNRKINRGW IHVCPDYETA LACPVCRLFG ASGKESNFPS RIIVRDAFLT KEWEEKWRAG E AITEAKIE VGIDRVTSQA NPRTNERVVA GAEFEFEIIY NVENTTHWRD DIKNLLTAMA LLEDSYLGGS GSRGYGKVKF IF DSFEFRP LDYYRTGKDE DIVSIDAREK SVSDILSGFD SLFSEVEGKL EAG |
-分子 #4: Csm4
分子 | 名称: Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 32.345061 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPKFIAVKLI PKGPFRDIPR ADTLFGAIGN AISAIHGQSA VEELVDAFVG GARISSAFPY SGDTYYLPKP LSVEPALEGI LTGLDEEER YTTAKRLRKA KYLDLKNFEL ALRLRPFTIP EEIPYARVDV PRVVLDRVTQ DSSIYFWEEI RFREKSGVYF L YSGPREVF ...文字列: MPKFIAVKLI PKGPFRDIPR ADTLFGAIGN AISAIHGQSA VEELVDAFVG GARISSAFPY SGDTYYLPKP LSVEPALEGI LTGLDEEER YTTAKRLRKA KYLDLKNFEL ALRLRPFTIP EEIPYARVDV PRVVLDRVTQ DSSIYFWEEI RFREKSGVYF L YSGPREVF DGYIAPAMRF LGDTGIGGKS TWGAGLFEVE FHEMKIDAPG SEYSVTLSNA LPTKTPVLWR LLRKGGWSFG RR KPRMTFI AEGSIVKNDP GGMERLELGL SHEVYVYGLT FPLGVELPEG LE |
-分子 #5: Csm5
分子 | 名称: Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45.262145 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTERTLKVLS PLHIGTGNEL TPVDIYPREN IIHVLDTERL VNDLMNLGVE LNEILALLKN PPGDAYIWKG YIEEFHLDPS DYSIYTLKI HGKIGRKSMQ IKEFIKLNGR PYIPGSSLKG AIRTAVLYKA LKECGDARAV MRVVSKVNGD VARDIGRSED V LDYYMSFL ...文字列: MTERTLKVLS PLHIGTGNEL TPVDIYPREN IIHVLDTERL VNDLMNLGVE LNEILALLKN PPGDAYIWKG YIEEFHLDPS DYSIYTLKI HGKIGRKSMQ IKEFIKLNGR PYIPGSSLKG AIRTAVLYKA LKECGDARAV MRVVSKVNGD VARDIGRSED V LDYYMSFL SRARIDRKRA DDLLEAIVFG MEPDRRSKIR YEPKRDPMKA LIVRDSKPVG RKHLAVYHVE VIGNPQPIPI WV EAIEPGA ATDVEIHVDT EALRLNADYF NGLLWECLKE RGEPGEVFED FLWEAVDEFY TAVMKYETIE VQKFGRYTSQ VRS FYASLE DHSGHVLRLG WGSGWLAMTI GLLLVEKGYK WENVRKKLGL GKKPGGSGFS REFPKTRRLA DGMPMGWVVL E |
-分子 #6: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*...
分子 | 名称: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*UP*UP*C)-3') タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.707653 KDa |
配列 | 文字列: GUGGAAAGUG GCCCGAAACC CUUC |
-分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.875 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
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最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61924 |