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万見
- EMDB-8779: Type II secretin from Enteropathogenic Escherichia coli - GspD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8779
タイトルType II secretin from Enteropathogenic Escherichia coli - GspD
マップデータ
試料
  • 複合体: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD
    • タンパク質・ペプチド: GspD
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative type II secretion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hay ID / Belousoff MJ
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2018
タイトル: Structure and Membrane Topography of the Vibrio-Type Secretin Complex from the Type 2 Secretion System of Enteropathogenic Escherichia coli.
著者: Iain D Hay / Matthew J Belousoff / Rhys A Dunstan / Rebecca S Bamert / Trevor Lithgow /
要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) complex is the core machinery for the assembly of β-barrel membrane proteins, and inhibition of BAM complex activity is lethal to bacteria. Discovery of ...The β-barrel assembly machinery (BAM) complex is the core machinery for the assembly of β-barrel membrane proteins, and inhibition of BAM complex activity is lethal to bacteria. Discovery of integral membrane proteins that are key to pathogenesis and yet do not require assistance from the BAM complex raises the question of how these proteins assemble into bacterial outer membranes. Here, we address this question through a structural analysis of the type 2 secretion system (T2SS) secretin from enteropathogenic O127:H6 strain E2348/69. Long β-strands assemble into a barrel extending 17 Å through and beyond the outer membrane, adding insight to how these extensive β-strands are assembled into the outer membrane. The substrate docking chamber of this secretin is shown to be sufficient to accommodate the substrate mucinase SteC. In order to cause disease, bacterial pathogens inhibit immune responses and induce pathology that will favor their replication and dissemination. In Gram-negative bacteria, these key attributes of pathogenesis depend on structures assembled into or onto the outer membrane. One of these is the T2SS. The -type T2SS mediates cholera toxin secretion in , and in O127:H6 strain E2348/69, the same machinery mediates secretion of the mucinases that enable the pathogen to penetrate intestinal mucus and thereby establish deadly infections.
履歴
登録2017年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月5日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2018年2月21日-
現状2018年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8779.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-4.874773 - 9.209163999999999
平均 (標準偏差)0.046800718 (±0.29851186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-59-19-84
NX/NY/NZ8052101
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-4.8759.2090.047

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD

全体名称: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD
要素
  • 複合体: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD
    • タンパク質・ペプチド: GspD

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超分子 #1: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD

超分子名称: Type II secretin complex from E. coli O127:H6 strain E2348/69 - GspD
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: O127:H6 strain E2348/69
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43

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分子 #1: GspD

分子名称: GspD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Homo pentadecamer of GspD bacterial secretin / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: O127:H6 strain E2348/69
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFWRDMTLSI WRKKTTGLKT KKRLLPLMLA AALCSSPVWA EEATFTANFK DTDLKSFIET VGANLNKTI IMGPGVQGKV SIRTMTPLNE RQYYQLFLNL LEAQGYAVVP MENDVLKVVK S SAAKVEPL PLVGEGSDNY AGDEMVTKVV PVRNVSVREL APILRQMIDS ...文字列:
MFWRDMTLSI WRKKTTGLKT KKRLLPLMLA AALCSSPVWA EEATFTANFK DTDLKSFIET VGANLNKTI IMGPGVQGKV SIRTMTPLNE RQYYQLFLNL LEAQGYAVVP MENDVLKVVK S SAAKVEPL PLVGEGSDNY AGDEMVTKVV PVRNVSVREL APILRQMIDS AGSGNVVNYD PS NVIMLTG RASVVERLTE VIQRVDHAGN RTEEVIPLDN ASASEIARVL ESLTKNSGEN QPA TLKSQI VADERTNSVI VSGDPATRDK MRRLIRRLDS EMERSGNSQV FYLKYSKAED LVDV LKQVS GTLTAAKEEA EGTVGSGREV VSIAASKHSN ALIVTAPQDI MQSLQSVIEQ LDIRR AQVH VEALIVEVAE GSNINFGVQW GSKDAGLMQF ANGTQIPIGT LGAAISAAKP QKGSTV ISE NGATTINPDT NGDLSTLAQL LSGFSGTAVG VVKGDWMALV QAVKNDSSSN VLSTPSI TT LDNQEAFFMV GQDVPVLTGS TVGSNNSNPF NTVERKKVGI MLKVTPQINE GNAVQMVI E QEVSKVEGQT SLDVVFGERK LKTTVLANDG ELIVLGGLMD DQAGESVAKV PLLGDIPLI GNLFKSTADK KEKRNLMVFI RPTILRDGMA ADGVSQRKYN YMRAEQIYRD EQGLSLMPHT AQPILPAQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 127000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 100000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.40) / 使用した粒子像数: 43500
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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