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万見
- EMDB-7946: Classification of Single Particles from Human Cell Extract Reveal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7946
タイトルClassification of Single Particles from Human Cell Extract Reveals Distinct Structures
マップデータAb initio reconstruction of the proteasome core
試料
  • 複合体: 20 Proteasome Core
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Verbeke EJ / Mallam AL / Drew K / Marcotte EM / Taylor DW
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Classification of Single Particles from Human Cell Extract Reveals Distinct Structures.
著者: Eric J Verbeke / Anna L Mallam / Kevin Drew / Edward M Marcotte / David W Taylor /
要旨: Multi-protein complexes are necessary for nearly all cellular processes, and understanding their structure is required for elucidating their function. Current high-resolution strategies in structural ...Multi-protein complexes are necessary for nearly all cellular processes, and understanding their structure is required for elucidating their function. Current high-resolution strategies in structural biology are effective but lag behind other fields (e.g., genomics and proteomics) due to their reliance on purified samples rather than heterogeneous mixtures. Here, we present a method combining single-particle analysis by electron microscopy with protein identification by mass spectrometry to structurally characterize macromolecular complexes from human cell extract. We identify HSP60 through two-dimensional classification and obtain three-dimensional structures of native proteasomes directly from ab initio classification of a heterogeneous mixture of protein complexes. In addition, we reveal an ∼1-MDa-size structure of unknown composition and reference our proteomics data to suggest possible identities. Our study shows the power of using a shotgun approach to electron microscopy (shotgun EM) when coupled with mass spectrometry as a tool to uncover the structures of macromolecular machines.
履歴
登録2018年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年7月18日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.21
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7946.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ab initio reconstruction of the proteasome core
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.21 / ムービー #1: 3.21
最小 - 最大-0.058355737 - 8.5066805
平均 (標準偏差)0.1261273 (±0.47170013)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 518.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.63.63.6
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z518.400518.400518.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0588.5070.126

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 20 Proteasome Core

全体名称: 20 Proteasome Core
要素
  • 複合体: 20 Proteasome Core

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超分子 #1: 20 Proteasome Core

超分子名称: 20 Proteasome Core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T
分子量理論値: 750 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1000.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細The sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1500 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 97000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 3150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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