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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7352 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Orco | |||||||||
マップデータ | Odorant receptor | |||||||||
試料 |
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キーワード | Olfactory receptor (嗅覚受容体) / Ion channel (イオンチャネル) / Insect (昆虫) / Fab / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | Olfactory receptor, insect / 7tm Odorant receptor / olfactory receptor activity / odorant binding / membrane => GO:0016020 / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜 / Odorant receptor 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Apocrypta bakeri (昆虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Butterwick JA / Kim KH / Walz T / Ruta V | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the insect olfactory receptor Orco. 著者: Joel A Butterwick / Josefina Del Mármol / Kelly H Kim / Martha A Kahlson / Jackson A Rogow / Thomas Walz / Vanessa Ruta / 要旨: The olfactory system must recognize and discriminate amongst an enormous variety of chemicals in the environment. To contend with such diversity, insects have evolved a family of odorant-gated ion ...The olfactory system must recognize and discriminate amongst an enormous variety of chemicals in the environment. To contend with such diversity, insects have evolved a family of odorant-gated ion channels comprised of a highly conserved co-receptor (Orco) and a divergent odorant receptor (OR) that confers chemical specificity. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of an Orco homomer from the parasitic fig wasp Apocrypta bakeri at 3.5 Å resolution, providing structural insight into this receptor family. Orco possesses a novel channel architecture, with four subunits symmetrically arranged around a central pore that diverges into four lateral conduits that open to the cytosol. The Orco tetramer has few inter-subunit interactions within the membrane and is bound together by a small cytoplasmic anchor domain. The minimal sequence conservation among ORs maps largely to the pore and anchor domain, shedding light on how the architecture of this receptor family accommodates its remarkable sequence diversity and facilitates the evolution of odour tuning. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7352.map.gz | 179.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7352-v30.xml emd-7352.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7352.png | 79.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7352.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7352 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7352 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Odorant receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
全体 | 名称: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle |
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要素 |
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-超分子 #1: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
超分子 | 名称: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Apocrypta bakeri (昆虫) |
-分子 #1: Odorant receptor
分子 | 名称: Odorant receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Apocrypta bakeri (昆虫) |
分子量 | 理論値: 53.513238 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPGRAKFKHQ GLVADLLPNI RVMQGVGHFM FNYYSEGKKF PHRIYCIVTL LLLLLQYGMM AVNLMMESDD VDDLTANTIT MLFFLHPIV KMIYFPVRSK IFYKTLAIWN NPNSHPLFAE SNARFHALAI TKMRRLLFCV AGATIFSVIS WTGITFIEDS V KRITDPET ...文字列: GPGRAKFKHQ GLVADLLPNI RVMQGVGHFM FNYYSEGKKF PHRIYCIVTL LLLLLQYGMM AVNLMMESDD VDDLTANTIT MLFFLHPIV KMIYFPVRSK IFYKTLAIWN NPNSHPLFAE SNARFHALAI TKMRRLLFCV AGATIFSVIS WTGITFIEDS V KRITDPET NETTIIPIPR LMIRTFYPFN AMSGAGHVFA LIYQFYYLVI SMAVSNSLDV LFCSWLLFAC EQLQHLKAIM KP LMELSAT LDTVVPNSGE LFKAGSADHL RESQGVQPSG NGDNVLDVDL RGIYSNRQDF TATFRPTAGT TFNGGVGPNG LTK KQEMLV RSAIKYWVER HKHVVRLVTA VGDAYGVALL LHMLTTTITL TLLAYQATKV NGVNVYAATV IGYLLYTLGQ VFLF CIFGN RLIEESSSVM EAAYSCHWYD GSEEAKTFVQ IVCQQCQKAM SISGAKFFTV SLDLFASVLG AVVTYFMVLV QLK UniProtKB: Odorant receptor |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1221 / 実像数: 53141 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53141 |