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万見
- EMDB-41812: Subtomogram Averaging of the Triplet from Mouse Centrioles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41812
タイトルSubtomogram Averaging of the Triplet from Mouse Centrioles
マップデータSubtomogram averaging of complete triplet from proximal centriole
試料
  • 細胞器官・細胞要素: ROS(rod of outer segments)of mouse photoreceptor
キーワードInhibitor / SIGNALING PROTEIN
生物種Mus (ネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Zhang Z / Moye A / He F / Chen M / Agosto AA / Wensel TG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01-EY026545, R01-EY031949, F32-EY-031574, and the Welch Foundation (Q0035) 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024
タイトル: Centriole and transition zone structures in photoreceptor cilia revealed by cryo-electron tomography.
著者: Zhixian Zhang / Abigail R Moye / Feng He / Muyuan Chen / Melina A Agosto / Theodore G Wensel /
要旨: Primary cilia mediate sensory signaling in multiple organisms and cell types but have structures adapted for specific roles. Structural defects in them lead to devastating diseases known as ...Primary cilia mediate sensory signaling in multiple organisms and cell types but have structures adapted for specific roles. Structural defects in them lead to devastating diseases known as ciliopathies in humans. Key to their functions are structures at their base: the basal body, the transition zone, the "Y-shaped links," and the "ciliary necklace." We have used cryo-electron tomography with subtomogram averaging and conventional transmission electron microscopy to elucidate the structures associated with the basal region of the "connecting cilia" of rod outer segments in mouse retina. The longitudinal variations in microtubule (MT) structures and the lumenal scaffold complexes connecting them have been determined, as well as membrane-associated transition zone structures: Y-shaped links connecting MT to the membrane, and ciliary beads connected to them that protrude from the cell surface and form a necklace-like structure. These results represent a clearer structural scaffold onto which molecules identified by genetics, proteomics, and superresolution fluorescence can be placed in our emerging model of photoreceptor sensory cilia.
履歴
登録2023年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41812.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram averaging of complete triplet from proximal centriole
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.8
最小 - 最大-10.211536000000001 - 9.634971999999999
平均 (標準偏差)0.09967119 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1139.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Subtomogram averaging of incomplete triplet from middle centriole

ファイルemd_41812_additional_1.map
注釈Subtomogram averaging of incomplete triplet from middle centriole
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram averaging of doublets from distal centriole

ファイルemd_41812_additional_2.map
注釈Subtomogram averaging of doublets from distal centriole
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram averaging of doublets from connecting cilium

ファイルemd_41812_additional_3.map
注釈Subtomogram averaging of doublets from connecting cilium
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Masked odd half map

ファイルemd_41812_half_map_1.map
注釈Masked odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Masked even half map

ファイルemd_41812_half_map_2.map
注釈Masked even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ROS(rod of outer segments)of mouse photoreceptor

全体名称: ROS(rod of outer segments)of mouse photoreceptor
要素
  • 細胞器官・細胞要素: ROS(rod of outer segments)of mouse photoreceptor

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超分子 #1: ROS(rod of outer segments)of mouse photoreceptor

超分子名称: ROS(rod of outer segments)of mouse photoreceptor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 1800
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1800
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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