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- EMDB-4176: Polytomella Fo model -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4176
タイトルPolytomella Fo model
マップデータ
試料
  • 複合体: Polytommella mitochondrial ATP synthase Fo complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6
キーワードelectron cryo-microscopy mitochondrial ATP synthase membrane protein energy conversion proton pathway / PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / chloroplast thylakoid membrane / lipid binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. ...ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial ATP synthase subunit c / Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6 / F-ATPase protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yildiz O / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
German Research FoundationSFB807 ドイツ
European Molecular Biology Organization ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis of proton translocation and force generation in mitochondrial ATP synthase.
著者: Niklas Klusch / Bonnie J Murphy / Deryck J Mills / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt /
要旨: ATP synthases produce ATP by rotary catalysis, powered by the electrochemical proton gradient across the membrane. Understanding this fundamental process requires an atomic model of the proton ...ATP synthases produce ATP by rotary catalysis, powered by the electrochemical proton gradient across the membrane. Understanding this fundamental process requires an atomic model of the proton pathway. We determined the structure of an intact mitochondrial ATP synthase dimer by electron cryo-microscopy at near-atomic resolution. Charged and polar residues of the -subunit stator define two aqueous channels, each spanning one half of the membrane. Passing through a conserved membrane-intrinsic helix hairpin, the lumenal channel protonates an acidic glutamate in the -ring rotor. Upon ring rotation, the protonated glutamate encounters the matrix channel and deprotonates. An arginine between the two channels prevents proton leakage. The steep potential gradient over the sub-nm inter-channel distance exerts a force on the deprotonated glutamate, resulting in net directional rotation.
履歴
登録2017年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6f36
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6f36
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.105 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.088374175 - 0.14797704
平均 (標準偏差)0.000022298946 (±0.0010020757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 530.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1051.1051.105
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z530.400530.400530.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0880.1480.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Polytommella mitochondrial ATP synthase Fo complex

全体名称: Polytommella mitochondrial ATP synthase Fo complex
要素
  • 複合体: Polytommella mitochondrial ATP synthase Fo complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6

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超分子 #1: Polytommella mitochondrial ATP synthase Fo complex

超分子名称: Polytommella mitochondrial ATP synthase Fo complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: Mitochondrial ATP synthase subunit c

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 12.664013 KDa
配列文字列:
MSVQRLSLGA ARCLSAGVAR VQASQALVAQ KAVAVAPTRA QAAPAEVAQV RSMSVLAASK MVGAGCATIA LAGVGAGLGV MFGSLINGA ARNPNIAKQL VGYALLGFAL TESIALFSLL VVFLILFA

UniProtKB: Mitochondrial ATP synthase subunit c

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分子 #2: Mitochondrial ATP synthase subunit 6

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 34.802344 KDa
配列文字列: MSVLSSVSMG SRIGSSLLGR SSAYLAQCGF STRSNLNGSI DTSSSVFQAL SSDNENKPAA SPLNVKLPGM SCSSILLPKT SRIAVPFGN QTMAMSSVRD VKTGSLPTNF LTGVYRFWRS QNPAEKPHDP VNDRLLPAVV DASDKRASIG TWATTFFCTI I SCNLLGLM ...文字列:
MSVLSSVSMG SRIGSSLLGR SSAYLAQCGF STRSNLNGSI DTSSSVFQAL SSDNENKPAA SPLNVKLPGM SCSSILLPKT SRIAVPFGN QTMAMSSVRD VKTGSLPTNF LTGVYRFWRS QNPAEKPHDP VNDRLLPAVV DASDKRASIG TWATTFFCTI I SCNLLGLM PFNEAPTSGL GFATGLGVSV WATATILGLS KTGFKFPGHF IPGGTPWPMA FIFVPLETIS YTFRAVSLGV RL WVNMLAG HTLLHILTGM ALALPFSLGF FSMVPATFGV CCLLSALVGL EYLVAVLQSG VFSILSTVYV GEFNHDKFIG PAA KIVKKI H

UniProtKB: F-ATPase protein 6

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分子 #3: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 15.90429 KDa
配列文字列:
MMLRTLTRSS AVAGQAVRLF KTSAAAAEGN SVAGIIKSVN ETSGANLLSS LKTIKAQAAP IYPAAASSTG YSTQAKIALF GALSWILYR ADGQSKAHEW IVDLNLNVLQ AAWLISFSSL IPFRAVYFAF RGMAPATAST LNGLKTFSSI SL

UniProtKB: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 282 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-45 / 撮影したグリッド数: 30 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 82.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90142

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6f36:
Polytomella Fo model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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