+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41457 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | nhTMEM16 lipid scramblase in lipid nanodiscs with MSP1E3 scaffold protein in the presence of Ca2+ (closed state) (consensus map) | |||||||||
マップデータ | Consensus map used to construct the composite map of nhTMEM16 in lipid nanodiscs with MSP1E3 scaffold protein in the presence of Ca2 (closed state) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | membrane protein (膜タンパク質) / lipid scramblase / TMEM16 / LIPID TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Feng Z / Accardi A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of closed groove scrambling by a TMEM16 protein. 著者: Zhang Feng / Omar E Alvarenga / Alessio Accardi / 要旨: Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by ...Activation of Ca-dependent TMEM16 scramblases induces phosphatidylserine externalization, a key step in multiple signaling processes. Current models suggest that the TMEM16s scramble lipids by deforming the membrane near a hydrophilic groove and that Ca dependence arises from the different association of lipids with an open or closed groove. However, the molecular rearrangements underlying groove opening and how lipids reorganize outside the closed groove remain unknown. Here we directly visualize how lipids associate at the closed groove of Ca-bound fungal nhTMEM16 in nanodiscs using cryo-EM. Functional experiments pinpoint lipid-protein interaction sites critical for closed groove scrambling. Structural and functional analyses suggest groove opening entails the sequential appearance of two π-helical turns in the groove-lining TM6 helix and identify critical rearrangements. Finally, we show that the choice of scaffold protein and lipids affects the conformations of nhTMEM16 and their distribution, highlighting a key role of these factors in cryo-EM structure determination. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41457.map.gz | 48 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-41457-v30.xml emd-41457.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41457_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41457.png | 64 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41457.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_41457_half_map_1.map.gz emd_41457_half_map_2.map.gz | 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41457 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41457 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8toiC 8tokC 8tolC 8tpmC 8tpnC 8tpoC 8tppC 8tpqC 8tprC 8tpsC 8tptC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Consensus map used to construct the composite map of nhTMEM16 in lipid nanodiscs with MSP1E3 scaffold protein in the presence of Ca2 (closed state) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_41457_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_41457_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric lipid scramblase nhTMEM16
全体 | 名称: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16
超分子 | 名称: Dimeric lipid scramblase nhTMEM16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) |
-分子 #1: Lipid scramblase nhTMEM16
分子 | 名称: Lipid scramblase nhTMEM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) |
配列 | 文字列: GPSNLKDFSQ PGSGQESNFG VDFVIHYKVP AAERDEAEAG FVQLIRALTT VGLATEVRHG ENESLLVFVK VASPDLFAKQ VYRARLGDWL HGVRVSAPHN DIAQALQDEP VVEAERLRLI YLMITKPHNE GGAGVTPTNA KWKHVESIFP LHSHSFNKEW IKKWSSKYTL ...文字列: GPSNLKDFSQ PGSGQESNFG VDFVIHYKVP AAERDEAEAG FVQLIRALTT VGLATEVRHG ENESLLVFVK VASPDLFAKQ VYRARLGDWL HGVRVSAPHN DIAQALQDEP VVEAERLRLI YLMITKPHNE GGAGVTPTNA KWKHVESIFP LHSHSFNKEW IKKWSSKYTL EQTDIDNIRD KFGESVAFYF AFLRSYFRFL VIPSAFGFGA WLLLGQFSYL YALLCGLWSV VFFEYWKKQE VDLAVQWGVR GVSSIQQSRP EFEWEHEAED PITGEPVKVY PPMKRVKTQL LQIPFALACV VALGALIVTC NSLEVFINEV YSGPGKQYLG FLPTIFLVIG TPTISGVLMG AAEKLNAMEN YATVDAHDAA LIQKQFVLNF MTSYMALFFT AFVYIPFGHI LHPFLNFWRA TAQTLTFSEK ELPTREFQIN PARISNQMFY FTVTAQIVNF ATEVVVPYIK QQAFQKAKQL KSGSKVQEDH EEEAEFLQRV REECTLEEYD VSGDYREMVM QFGYVAMFSV AWPLAACCFL VNNWVELRSD ALKIAISSRR PIPWRTDSIG PWLTALSFLS WLGSITSSAI VYLCSNSKNG TQGEASPLKA WGLLLSILFA EHFYLVVQLA VRFVLSKLDS PGLQKERKER FQTKKRLLQE NLGQDAAEEA AAPGIEHSEK ITREALEEEA RQASIRGHGT PEEMFWQRQR GMQETIEIGR RMIEQQLAAG KNGKKSAPAV PSEKASA UniProtKB: Plasma membrane channel protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 13735 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 59.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
---|