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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40602 | ||||||||||||
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タイトル | cryoEM map for design HE0537, a D4 symmetric homo-oligomer designed with RFdiffusion. | ||||||||||||
マップデータ | Refined cryoEM map for design HE0537 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | De novo (De novo) / computationally designed / Dihedral / diffusion model / RFdiffusion / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.06 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Courbet A / Baker D / Watson J / Juergens D / Eisenach E | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Broadly applicable protein design with RoseTTAFold Diffusion 著者: Juergens D / Watson J / Eisenach HE / Courbet A | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40602.map.gz | 56.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40602-v30.xml emd-40602.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40602_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40602.png | 21.4 KB | ||
マスクデータ | emd_40602_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-40602.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_40602_half_map_1.map.gz emd_40602_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40602 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40602 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Refined cryoEM map for design HE0537 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.883 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_40602_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of cryoEM map for design HE0537
ファイル | emd_40602_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of cryoEM map for design HE0537 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of cryoEM map for design HE0537
ファイル | emd_40602_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of cryoEM map for design HE0537 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HE0537
全体 | 名称: HE0537 |
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要素 |
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-超分子 #1: HE0537
超分子 | 名称: HE0537 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: De novo D4 symmetric homooligomer designed with RFdiffusion |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1116 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |