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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus incorporating NADP and GLU in the steady stage of reaction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Wakabayashi T / Oide M / Nakasako M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM-sampling of metastable conformations appearing in cofactor-ligand association and catalysis of glutamate dehydrogenase 著者: Wakabayashi T / Oide M / Nakasako M | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 26.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 151.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 60 MB 60 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8xd2MC ![]() 8xcoC ![]() 8xcpC ![]() 8xcqC ![]() 8xcrC ![]() 8xcsC ![]() 8xctC ![]() 8xcuC ![]() 8xcvC ![]() 8xcwC ![]() 8xcxC ![]() 8xcyC ![]() 8xczC ![]() 8xd0C ![]() 8xd1C ![]() 8xd3C ![]() 8xd4C ![]() 8xd5C ![]() 8xd6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.752 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38263_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38263_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP and gl...
全体 | 名称: Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP and glutamate |
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要素 |
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-超分子 #1: Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP and gl...
超分子 | 名称: Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP and glutamate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 280 KDa |
-分子 #1: Glutamate dehydrogenase
分子 | 名称: Glutamate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.758477 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVEIDPFEMA VKQLERAAQY MDISEEALEW LKKPMRIVEV SVPIEMDDGS VKVFTGFRVQ HNWARGPTKG GIRWHPAETL STVKALATW MTWKVAVVDL PYGGGKGGII VNPKELSERE QERLARAYIR AVYDVIGPWT DIPAPDVYTN PKIMGWMMDE Y ETIMRRKG ...文字列: MVEIDPFEMA VKQLERAAQY MDISEEALEW LKKPMRIVEV SVPIEMDDGS VKVFTGFRVQ HNWARGPTKG GIRWHPAETL STVKALATW MTWKVAVVDL PYGGGKGGII VNPKELSERE QERLARAYIR AVYDVIGPWT DIPAPDVYTN PKIMGWMMDE Y ETIMRRKG PAFGVITGKP LSIGGSLGRG TATAQGAIFT IREAAKALGI DLKGKKIAVQ GYGNAGYYTA KLAKEQLGMT VV AVSDSRG GIYNPDGLDP DEVLKWKREH GSVKDFPGAT NITNEELLEL EVDVLAPAAI EEVITEKNAD NIKAKIVAEV ANG PVTPEA DDILREKGIL QIPDFLCNAG GVTVSYFEWV QNINGYYWTE EEVREKLDKK MTKAFWEVYN THKDKNIHMR DAAY VVAVS RVYQAMKDRG WVKK UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAP |
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分子量 | 理論値: 743.405 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAP: |
-分子 #3: GAMMA-L-GLUTAMIC ACID
分子 | 名称: GAMMA-L-GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GGL |
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分子量 | 理論値: 147.129 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GGL: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.8 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: The sample solution kept at room temperature was flash-frozen 1-h after mixing GDH, NADP and glutamate solutions.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
詳細 | Grid information as following: Company/model: Quantifoil Cu 1.2/1.3 Material:Cu Grid mesh: 200 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7075 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8xd2: |