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万見
- EMDB-36734: Cryo-EM structure of RCD-1 pore from Neurospora crassa -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36734
タイトルCryo-EM structure of RCD-1 pore from Neurospora crassa
マップデータ
試料
  • 複合体: RCD-1 pore from Neurospora crassa
    • タンパク質・ペプチド: Gasdermin-like protein rcd-1-1
    • タンパク質・ペプチド: Gasdermin-like protein rcd-1-2
キーワードPyroptosis / Gasdermnin / Pore / Allorecognition / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性wide pore channel activity / プログラム細胞死 / protein heterodimerization activity / 細胞膜 / 細胞質 / Gasdermin-like protein rcd-1-2 / Gasdermin-like protein rcd-1-1
機能・相同性情報
生物種Neurospora crassa (アカパンカビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Hou YJ / Sun Q / Li Y / Ding J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Cleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms.
著者: Yueyue Li / Yanjie Hou / Qi Sun / Huan Zeng / Fanyi Meng / Xiang Tian / Qun He / Feng Shao / Jingjin Ding /
要旨: Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we ...Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we report two types of cleavage-independent GSDM activation. First, GSDM, a pore-forming domain-only protein from the basal metazoan , is a disulfides-linked autoinhibited dimer activated by reduction of the disulfides. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure illustrates the assembly mechanism for the 44-mer GSDM pore. Second, RCD-1-1 and RCD-1-2, encoded by the polymorphic () gene in filamentous fungus , are also pore-forming domain-only GSDMs. RCD-1-1 and RCD-1-2, when encountering each other, form pores and cause pyroptosis, underlying allorecognition in . The cryo-EM structure reveals a pore of 11 RCD-1-1/RCD-1-2 heterodimers and a heterodimerization-triggered pore assembly mechanism. This study shows mechanistic diversities in GSDM activation and indicates versatile functions of GSDMs.
履歴
登録2023年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36734.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-2.7799306 - 4.042685
平均 (標準偏差)0.001525738 (±0.08611175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36734_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36734_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RCD-1 pore from Neurospora crassa

全体名称: RCD-1 pore from Neurospora crassa
要素
  • 複合体: RCD-1 pore from Neurospora crassa
    • タンパク質・ペプチド: Gasdermin-like protein rcd-1-1
    • タンパク質・ペプチド: Gasdermin-like protein rcd-1-2

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超分子 #1: RCD-1 pore from Neurospora crassa

超分子名称: RCD-1 pore from Neurospora crassa / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (アカパンカビ)
分子量理論値: 620 KDa

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分子 #1: Gasdermin-like protein rcd-1-1

分子名称: Gasdermin-like protein rcd-1-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (アカパンカビ)
分子量理論値: 29.218693 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SGRPMDKCWF TLDNAHYPPP SLDSMRSGHP ISPASLGHLI PSLAHLDQII NAKAIEPFPA TMDIHGPTII EDFKWDHSHE YSLSLGGKV PIPLAPAGVP FVDLNVGLGG AFSRSVANYW EFDRLERYIM QPTRSYVQKC IERDEVKRWI AKNKSMMMMG R WEVYMITG ...文字列:
SGRPMDKCWF TLDNAHYPPP SLDSMRSGHP ISPASLGHLI PSLAHLDQII NAKAIEPFPA TMDIHGPTII EDFKWDHSHE YSLSLGGKV PIPLAPAGVP FVDLNVGLGG AFSRSVANYW EFDRLERYIM QPTRSYVQKC IERDEVKRWI AKNKSMMMMG R WEVYMITG IIVARGGGRK KKEKTTGKEF SVEVTVEVPL IVEAGPGGKR NTARQKTWGT SQTGDFVWAV RLAKITKSGL HS DWKMETV FGKTSSFRGQ KAIF

UniProtKB: Gasdermin-like protein rcd-1-1

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分子 #2: Gasdermin-like protein rcd-1-2

分子名称: Gasdermin-like protein rcd-1-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (アカパンカビ)
分子量理論値: 27.630418 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SGRPMDNEEW FPLKQTHYPP PTIPSMKTGH PTGPISIGHI IPDLRHLDNV INCKGFEPFP PNMDVFTAHY EQCHFGDHLN SEFVVQAKA AAPIENIVPG VDVTGSAGLH HTNITSDRWE YDSVVEYAVY PTRQYIDRLL ESKEVRQYIQ KSKKLLGGWC V YMVTGIMV ...文字列:
SGRPMDNEEW FPLKQTHYPP PTIPSMKTGH PTGPISIGHI IPDLRHLDNV INCKGFEPFP PNMDVFTAHY EQCHFGDHLN SEFVVQAKA AAPIENIVPG VDVTGSAGLH HTNITSDRWE YDSVVEYAVY PTRQYIDRLL ESKEVRQYIQ KSKKLLGGWC V YMVTGIMV ARGGGRNVTS EEKGAGVSGN VGFQVPGIGE FAPEVGWDTK TKTKVNAHHT TDFVCAIRLV KIAKSGLRSS WT MKKVTRE F

UniProtKB: Gasdermin-like protein rcd-1-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
300.0 mMNaCl塩化ナトリウム
0.5 mMTCEP
0.2 %C12E8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C11 (11回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 118156
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8jyx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8jyy

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-8jyz:
Cryo-EM structure of RCD-1 pore from Neurospora crassa

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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