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- EMDB-36478: Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36478
タイトルFocused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes
マップデータ
試料
  • 複合体: Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes
    • タンパク質・ペプチド: NTS
    • タンパク質・ペプチド: Neurotensin receptor type 1
  • リガンド: 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol
キーワードBiased signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of arachidonic acid secretion / regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of systemic arterial blood pressure ...G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of arachidonic acid secretion / regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of glutamate secretion / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / temperature homeostasis / response to lipid / regulation of membrane depolarization / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neuropeptide signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / adult locomotory behavior / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / dendritic shaft / 学習 / G protein-coupled receptor activity / terminal bouton / cytoplasmic side of plasma membrane / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / perikaryon / 樹状突起スパイン / 脂質ラフト / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurotensin receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Duan J / Liu H / Zhao F / Yuan Q / Ji Y / Xu HE
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: GPCR activation and GRK2 assembly by a biased intracellular agonist.
著者: Jia Duan / Heng Liu / Fenghui Zhao / Qingning Yuan / Yujie Ji / Xiaoqing Cai / Xinheng He / Xinzhu Li / Junrui Li / Kai Wu / Tianyu Gao / Shengnan Zhu / Shi Lin / Ming-Wei Wang / Xi Cheng / ...著者: Jia Duan / Heng Liu / Fenghui Zhao / Qingning Yuan / Yujie Ji / Xiaoqing Cai / Xinheng He / Xinzhu Li / Junrui Li / Kai Wu / Tianyu Gao / Shengnan Zhu / Shi Lin / Ming-Wei Wang / Xi Cheng / Wanchao Yin / Yi Jiang / Dehua Yang / H Eric Xu /
要旨: Phosphorylation of G-protein-coupled receptors (GPCRs) by GPCR kinases (GRKs) desensitizes G-protein signalling and promotes arrestin signalling, which is also modulated by biased ligands. The ...Phosphorylation of G-protein-coupled receptors (GPCRs) by GPCR kinases (GRKs) desensitizes G-protein signalling and promotes arrestin signalling, which is also modulated by biased ligands. The molecular assembly of GRKs on GPCRs and the basis of GRK-mediated biased signalling remain largely unknown owing to the weak GPCR-GRK interactions. Here we report the complex structure of neurotensin receptor 1 (NTSR1) bound to GRK2, Gα and the arrestin-biased ligand SBI-553. The density map reveals the arrangement of the intact GRK2 with the receptor, with the N-terminal helix of GRK2 docking into the open cytoplasmic pocket formed by the outward movement of the receptor transmembrane helix 6, analogous to the binding of the G protein to the receptor. SBI-553 binds at the interface between GRK2 and NTSR1 to enhance GRK2 binding. The binding mode of SBI-553 is compatible with arrestin binding but clashes with the binding of Gα protein, thus providing a mechanism for its arrestin-biased signalling capability. In sum, our structure provides a rational model for understanding the details of GPCR-GRK interactions and GRK2-mediated biased signalling.
履歴
登録2023年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36478.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36478.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-5.7883215 - 10.117668999999999
平均 (標準偏差)0.0018957381 (±0.04896539)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36478_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36478_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36478_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes

全体名称: Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes
要素
  • 複合体: Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes
    • タンパク質・ペプチド: NTS
    • タンパク質・ペプチド: Neurotensin receptor type 1
  • リガンド: 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol

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超分子 #1: Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes

超分子名称: Focused refiment structure of NTSR1 in NTSR1-GRK2-Galpha(q) complexes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NTS

分子名称: NTS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 819.007 Da
配列文字列:
RRPYIL

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分子 #2: Neurotensin receptor type 1

分子名称: Neurotensin receptor type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.307594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRLNSSAPGT PGTPAADPFQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAVY LALFVVGTVG NTVTAFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA GCRGYYFLRD ACTYATALNV A SLSVERYL ...文字列:
MRLNSSAPGT PGTPAADPFQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAVY LALFVVGTVG NTVTAFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA GCRGYYFLRD ACTYATALNV A SLSVERYL AICHPFKAKT LMSRSRTKKF ISAIWLASAL LAVPMLFTMG EQNRSADGQH AGGLVCTPTI HTATVKVVIQ VN TFMSFIF PMVVISVLNT IIANKLTVMV RQAAEQGQVC TVGGEHSTFS MAIEPGRVQA LRHGVRVLRA VVIAFVVCWL PYH VRRLMF CYISDEQWTP FLYDFYHYFY MVTNALFYVS STINPILYNL VSANFRHIFL ATLACLCPVW RRRRKRPAFS RKAD SVSSN HTLSSNATRE TLY

UniProtKB: Neurotensin receptor type 1

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分子 #3: 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]...

分子名称: 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: SRW
分子量理論値: 450.548 Da
Chemical component information

ChemComp-SRW:
2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 474232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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