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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36225 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | II-A type anti-CRISPR protein / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus delphini (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng X / Wang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer 著者: Deng X / Wang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36225.map.gz | 88.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36225-v30.xml emd-36225.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36225.png | 130.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36225.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36225_half_map_1.map.gz emd_36225_half_map_2.map.gz | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36225 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36225 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jg9MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36225_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36225_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA complex
+超分子 #1: SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA complex
+超分子 #2: SaCas9
+超分子 #3: sgRNA
+超分子 #4: AcrIIA15
+超分子 #5: DNA
+分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9
+分子 #3: AcrIIA15
+分子 #2: sgRNA
+分子 #4: DNA (25-MER)
+分子 #5: DNA (25-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72182 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8jg9: |