+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36112 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of inactive FZD1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Frizzled (Frizzled) / class-F / FZD1 / Complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / 自己分泌 / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / hard palate development / Wnt receptor activity / membranous septum morphogenesis ...: / muscular septum morphogenesis / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / 自己分泌 / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / hard palate development / Wnt receptor activity / membranous septum morphogenesis / non-canonical Wnt signaling pathway / presynapse assembly / endothelial cell differentiation / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / frizzled binding / PCP/CE pathway / Wnt signalosome / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / outflow tract morphogenesis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of BMP signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / 電子伝達系 / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / neuron differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / cell-cell signaling / ペリプラズム / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus (ネズミ) / Vicugna pacos (アルパカ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lin X / Xu F | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: A framework for Frizzled-G protein coupling and implications to the PCP signaling pathways. 著者: Zhibin Zhang / Xi Lin / Ling Wei / Yiran Wu / Lu Xu / Lijie Wu / Xiaohu Wei / Suwen Zhao / Xiangjia Zhu / Fei Xu / 要旨: The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. ...The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. Understanding FZD activation mechanism is key to unlock these emerging targets. Here we present the cryo-EM structures of FZD6 and FZD3 which are known to relay non-canonical planar cell polarity (PCP) signaling pathways as well as FZD1 in their G protein-coupled states and in the apo inactive states, respectively. Comparison of the three inactive/active pairs unveiled a shared activation framework among all ten FZDs. Mutagenesis along with imaging and functional analysis on the human lens epithelial tissues suggested potential crosstalk between the G-protein coupling of FZD6 and the PCP signaling pathways. Together, this study provides an integrated understanding of FZD structure and function, and lays the foundation for developing therapeutic modulators to activate or inhibit FZD signaling for a range of disorders including cancers and cataracts. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36112.map.gz | 80.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36112-v30.xml emd-36112.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36112_fsc.xml | 10.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36112.png | 40.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36112.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_36112_additional_1.map.gz emd_36112_half_map_1.map.gz emd_36112_half_map_2.map.gz | 85.8 MB 84.7 MB 84.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36112 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_36112_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36112_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36112_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Frizzled-1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab
全体 | 名称: Frizzled-1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Frizzled-1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab
超分子 | 名称: Frizzled-1 with ICL3-BRIL complex with anti-BRIL Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Frizzled-1,Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Frizzled-1,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: inactive FZD1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 75.034164 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GVRAQAAGQG PGQGPGPGQQ PPPPPQQQQS GQQYNGERGI SVPDHGYCQP ISIPLCTDIA YNQTIMPNLL GHTNQEDAGL EVHQFYPLV KVQCSAELKF FLCSMYAPVC TVLEQALPPC RSLCERARQG CEALMNKFGF QWPDTLKCEK FPVHGAGELC V GQNTSDKG ...文字列: GVRAQAAGQG PGQGPGPGQQ PPPPPQQQQS GQQYNGERGI SVPDHGYCQP ISIPLCTDIA YNQTIMPNLL GHTNQEDAGL EVHQFYPLV KVQCSAELKF FLCSMYAPVC TVLEQALPPC RSLCERARQG CEALMNKFGF QWPDTLKCEK FPVHGAGELC V GQNTSDKG TPTPSLLPEF WTSNPQHGGG GHRGGFPGGA GASERGKFSC PRALKVPSYL NYHFLGEKDC GAPCEPTKVY GL MYFGPEE LRFSRTWIGI WSVLCCASTL FTVLTYLVDM RRFSYPERPI IFLSGCYTAV AVAYIAGFLL EDRVVCNDKF AED GARTVA QGTKKEGCTI LFMMLYFFSM ASSIWWVILS LTWFLAAGMK WGHEAIEANS QYFHLAAWAV PAIKTITILA LGQV DGDVL SGVCFVGLNN VDALRGFVLA PLFVYLFIGT SFLLAGFVSL FIRARRQLAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVK DALT KMRAAALDAQ KATPPKLEDK SPDSPEMKDF RHGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLE RAR STLKEKLEKL MVRIGVFSVL YTVPATIVIA CYFYEQAFRD QWERSWVAQS CKSYAIPCPH LQAGGGAPPH PPMSPDF TV FMIKYLMTLI VGITSGFWIW SGKTLNSWRK FYTRL UniProtKB: Frizzled-1, Soluble cytochrome b562, Frizzled-1 |
-分子 #2: anti-BRIL Fab Heavy Chain
分子 | 名称: anti-BRIL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 28.03542 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKG RFTISADTSK NTAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG ...文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKG RFTISADTSK NTAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA P SSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TK VDKKVEP KSLEVLFQGP HHHHHH |
-分子 #3: anti-Fab nanobody
分子 | 名称: anti-Fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
分子量 | 理論値: 13.390644 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSS |
-分子 #4: anti-BRIL Fab Light Chain
分子 | 名称: anti-BRIL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 24.557408 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVVYISYIYA SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSL QPEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ W KVDNALQS ...文字列: MVVYISYIYA SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSL QPEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ W KVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |