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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35298 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of C3aR-Gi-scFv16 bound with E7 peptide | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / 循環器 / azurophil granule membrane / positive regulation of macrophage chemotaxis / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of protein localization to cell cortex ...complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / 循環器 / azurophil granule membrane / positive regulation of macrophage chemotaxis / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / specific granule membrane / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of insulin secretion / Regulation of Complement cascade / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / Olfactory Signaling Pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / positive regulation of angiogenesis / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / 走化性 / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞皮質 / midbody / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / 炎症 / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / シナプス / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / 核小体 / GTP binding / magnesium ion binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Vicugna pacos (アルパカ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Liao Q / Chen G / Du Y / Ye RD | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of C3aR-Gi-scFv16 bound with E7 peptide 著者: Liao Q / Chen G / Du Y / Ye RD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35298.map.gz | 64.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35298-v30.xml emd-35298.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35298_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35298.png | 27.8 KB | ||
その他 | emd_35298_half_map_1.map.gz emd_35298_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35298 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35298 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ia8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35298_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35298_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : C3aR-Gi-scFv16-E7 complex
+超分子 #1: C3aR-Gi-scFv16-E7 complex
+超分子 #2: C3a-analog peptide E7
+超分子 #3: C3aR-Gi
+超分子 #4: scFv16
+分子 #1: ALA-SER-LYS-LEU-GLY-LEU-ALA-ARG
+分子 #2: C3a anaphylatoxin chemotactic receptor
+分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
+分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
+分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
+分子 #6: scFv16
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.13 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |