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万見
- EMDB-34904: Cryo-EM structure of the human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34904
タイトルCryo-EM structure of the human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • RNA: Pre-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードpre-tRNA splicing / TSEN / pre-tRNA / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation ...tRNA-intron endonuclease complex / ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / global gene silencing by mRNA cleavage / cerebellar cortex development / Processing of Intronless Pre-mRNAs / RISC complex assembly / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / 転写後修飾 / nucleic acid binding / lyase activity / リン酸化 / 中心体 / 核小体 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain / Clp1, C-terminal domain superfamily / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain superfamily / Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1 / N-terminal beta-sandwich domain of polyadenylation factor / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop / tRNA endonuclease-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Zhang X / Yang F / Zhan X / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of pre-tRNA intron removal by human tRNA splicing endonuclease.
著者: Xiaofeng Zhang / Fenghua Yang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Zhihan Xing / Yichen Lu / Yigong Shi /
要旨: Removal of the intron from precursor-tRNA (pre-tRNA) is essential in all three kingdoms of life. In humans, this process is mediated by the tRNA splicing endonuclease (TSEN) comprising four subunits: ...Removal of the intron from precursor-tRNA (pre-tRNA) is essential in all three kingdoms of life. In humans, this process is mediated by the tRNA splicing endonuclease (TSEN) comprising four subunits: TSEN2, TSEN15, TSEN34, and TSEN54. Here, we report the cryo-EM structures of human TSEN bound to full-length pre-tRNA in the pre-catalytic and post-catalytic states at average resolutions of 2.94 and 2.88 Å, respectively. Human TSEN features an extended surface groove that holds the L-shaped pre-tRNA. The mature domain of pre-tRNA is recognized by conserved structural elements of TSEN34, TSEN54, and TSEN2. Such recognition orients the anticodon stem of pre-tRNA and places the 3'-splice site and 5'-splice site into the catalytic centers of TSEN34 and TSEN2, respectively. The bulk of the intron sequences makes no direct interaction with TSEN, explaining why pre-tRNAs of varying introns can be accommodated and cleaved. Our structures reveal the molecular ruler mechanism of pre-tRNA cleavage by TSEN.
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34904.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-5.0437226 - 6.797303
平均 (標準偏差)0.008853192 (±0.14448944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 260.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34904_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34904_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex

全体名称: The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex
要素
  • 複合体: The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • RNA: Pre-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex

超分子名称: The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.391945 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKG ILSRSRPSFT ISDPKLVAKW KDMKTNMPII TSKRYQHSVE WAAELMRRQG QDESTVRRIL KDYTKPLEHP P VKRNEEAQ ...文字列:
MASDYKDDDD KASDEVDAGT MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKG ILSRSRPSFT ISDPKLVAKW KDMKTNMPII TSKRYQHSVE WAAELMRRQG QDESTVRRIL KDYTKPLEHP P VKRNEEAQ VHDKLNSGMV SNMEGTAGGE RPSVVNGDSG KSGGVGDPRE PLGCLQEGSG CHPTTESFEK SVREDASPLP HV CCCKQDA LILQRGLHHE DGSQHIGLLH PGDRGPDHEY VLVEEAECAM SEREAAPNEE LVQRNRLICR RNPYRIFEYL QLS LEEAFF LVYALGCLSI YYEKEPLTIV KLWKAFTVVQ PTFRTTYMAY HYFRSKGWVP KVGLKYGTDL LLYRKGPPFY AASY SVIIE LVDDHFEGSL RRPLSWKSLA ALSRVSVNVS KELMLCYLIK PSTMTDKEME SPECMKRIKV QEVILSRWVS SRERS DQDD L

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

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分子 #2: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.759938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MLVVEVANGR SLVWGAEAVQ ALRERLGVGG RTVGALPRGP RQNSRLGLPL LLMPEEARLL AEIGAVTLV SAPRPDSRHH SLALTSFKRQ QEESFQEQSA LAAEARETRR QELLEKITEG QAAKKQKLEQ ASGASSSQEA G SSQAAKED ...文字列:
MASDYKDDDD KASDEVDAGT MLVVEVANGR SLVWGAEAVQ ALRERLGVGG RTVGALPRGP RQNSRLGLPL LLMPEEARLL AEIGAVTLV SAPRPDSRHH SLALTSFKRQ QEESFQEQSA LAAEARETRR QELLEKITEG QAAKKQKLEQ ASGASSSQEA G SSQAAKED ETSDGQASGE QEEAGPSSSQ AGPSNGVAPL PRSALLVQLA TARPRPVKAR PLDWRVQSKD WPHAGRPAHE LR YSIYRDL WERGFFLSAA GKFGGDFLVY PGDPLRFAAH YIAQCWAPED TIPLQDLVAA GRLGTSVRKT LLLCSPQPDG KVV YTSLQW ASLQ

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

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分子 #4: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.03234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MEPEPEPAAV EVPAGRVLSA RELFAARSRS QKLPQRSHGP KDFLPDGSAA QAERLRRCRE ELWQLLAEQ RVERLGSLVA AEWRPEEGFV ELKSPAGKFW QTMGFSEQGR QRLHPEEALY LLECGSIHLF HQDLPLSIQE A YQLLLTDH ...文字列:
MASDYKDDDD KASDEVDAGT MEPEPEPAAV EVPAGRVLSA RELFAARSRS QKLPQRSHGP KDFLPDGSAA QAERLRRCRE ELWQLLAEQ RVERLGSLVA AEWRPEEGFV ELKSPAGKFW QTMGFSEQGR QRLHPEEALY LLECGSIHLF HQDLPLSIQE A YQLLLTDH TVTFLQYQVF SHLKRLGYVV RRFQPSSVLS PYERQLNLDA SVQHLEDGDG KRKRSSSSPR SINKKAKALD NS LQPKSLA ASSPPPCSQP SQCPEEKPQE SSPMKGPGGP FQLLGSLGPS PGPAREGVGC SWESGRAENG VTGAGKRRWN FEQ ISFPNM ASDSRHTLLR APAPELLPAN VAGRETDAES WCQKLNQRKE KLSRREREHH AEAAQFQEDV NADPEVQRCS SWRE YKELL QRRQVQRSQR RAPHLWGQPV TPLLSPGQAS SPAVVLQHIS VLQTTHLPDG GARLLEKSGG LEIIFDVYQA DAVAT FRKN NPGKPYARMC ISGFDEPVPD LCSLKRLSYQ SGDVPLIFAL VDHGDISFYS FRDFTLPQDV GH

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

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分子 #5: Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a

分子名称: Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.796555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGSAAAME ERGDSEPTPG CSGLGPGGVR GFGDGGGAPS WAPEDAWMGT HPKYLEMME LDIGDATQVY VAFLVYLDLM ESKSWHEVNC VGLPELQLIC LVGTEIEGEG LQTVVPTPIT ASLSHNRIRE I LKASRKLQ ...文字列:
MASSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKGSAAAME ERGDSEPTPG CSGLGPGGVR GFGDGGGAPS WAPEDAWMGT HPKYLEMME LDIGDATQVY VAFLVYLDLM ESKSWHEVNC VGLPELQLIC LVGTEIEGEG LQTVVPTPIT ASLSHNRIRE I LKASRKLQ GDPDLPMSFT LAIVESDSTI VYYKLTDGFM LPDPQVSFEN ISLRR

UniProtKB: Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a

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分子 #6: Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1

分子名称: Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: Author stated that the EM density map for the chain E is relatively weak and could be assigned in the low resolution map.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.837504 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MGEEANDDKK PTTKFELERE TELRFEVEAS QSVQLELLTG MAEIFGTELT RNKKFTFDAG AKVAVFTWH GCSVQLSGRT EVAYVSKDTP MLLYLNTHTA LEQMRRQAEK EEERGPRVMV VGPTDVGKST VCRLLLNYAV R LGRRPTYV ...文字列:
MASDYKDDDD KASDEVDAGT MGEEANDDKK PTTKFELERE TELRFEVEAS QSVQLELLTG MAEIFGTELT RNKKFTFDAG AKVAVFTWH GCSVQLSGRT EVAYVSKDTP MLLYLNTHTA LEQMRRQAEK EEERGPRVMV VGPTDVGKST VCRLLLNYAV R LGRRPTYV ELDVGQGSVS IPGTMGALYI ERPADVEEGF SIQAPLVYHF GSTTPGTNIK LYNKITSRLA DVFNQRCEVN RR ASVSGCV INTCGWVKGS GYQALVHAAS AFEVDVVVVL DQERLYNELK RDLPHFVRTV LLPKSGGVVE RSKDFRRECR DER IREYFY GFRGCFYPHA FNVKFSDVKI YKVGAPTIPD SCLPLGMSQE DNQLKLVPVT PGRDMVHHLL SVSTAEGTEE NLSE TSVAG FIVVTSVDLE HQVFTVLSPA PRPLPKNFLL IMDIRFMDLK

UniProtKB: Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1

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分子 #3: Pre-tRNA

分子名称: Pre-tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.798828 KDa
配列文字列:
UAAUACGACU CACUAUAGGG GGCUCUGUGG CGCAAUGGAU AGCGCAUUGG ACUUCUAGUG ACGAAUAGAG CAAUUCAAAG GUUGUGGGU UCGAAUCCCA CCAGAGUCGG AUAUC

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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