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- EMDB-34637: cocktail of FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M678F and M688F -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34637
タイトルcocktail of FMDV (A/TUR/14/98) in complex with M678F and M688F
マップデータ
試料
  • 複合体: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab
    • タンパク質・ペプチド: M678F nab
    • タンパク質・ペプチド: M688F nab
    • タンパク質・ペプチド: VP1 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP2 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP3 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP4 of capsid protein
キーワードFMDV (口蹄疫ウイルス) / antibody (抗体) / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus A (口蹄疫ウイルス) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li HZ / Dong H / Liu P
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and in vivo studies of neutralizing antibody topographical classifications reveal mechanisms underlying differences in immunogenicity and antigenicity between 146S and 12S of ...タイトル: Structural and in vivo studies of neutralizing antibody topographical classifications reveal mechanisms underlying differences in immunogenicity and antigenicity between 146S and 12S of foot-and-mouth disease virus
著者: Li HZ / Dong H / Liu P
履歴
登録2022年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34637.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.27311864 - 0.4062032
平均 (標準偏差)0.0018469774 (±0.023299439)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 489.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34637_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34637_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab

全体名称: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab
要素
  • 複合体: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab
    • タンパク質・ペプチド: M678F nab
    • タンパク質・ペプチド: M688F nab
    • タンパク質・ペプチド: VP1 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP2 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP3 of capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP4 of capsid protein

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超分子 #1: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab

超分子名称: FMDV capsid protein in complex with M678F nab and M688F nab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus A (口蹄疫ウイルス)

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分子 #1: M678F nab

分子名称: M678F nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.753181 KDa
組換発現生物種: Yeast centromeric expression vector p416GPD (その他)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCVYSGGAYS MGWYRQAPGK QRELVAAITD DGITNYRDTV KGRFTISRDN AKKAVYLQMN SLKPEDTAV YHCNTVRRVA TLSGSSSGSW GQGTQVTVSS

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分子 #2: M688F nab

分子名称: M688F nab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.861437 KDa
組換発現生物種: Yeast centromeric expression vector p416GPD (その他)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQAGDSLRL SCVPSVRTSD NYIMGWFRQP PGKEREFVAA IRRSDGTTKY AASVKGRFAI SRDVAKNAAY LQMNSLKAE DTAVYYCAAK YQSTFYSTMD VQYDYWGQGT QVTVSS

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分子 #3: VP1 of capsid protein

分子名称: VP1 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus A (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.111094 KDa
配列文字列: TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ...文字列:
TTSAGESADP VTTTVENYGG ETQVQRRHHT DVGFIMDRFV KINNTNPTHV IDLMQTHQHG LVGALLRAAT YYFSDLEIVV RHEGNLTWV PNGAPEAALS NAGNPTAYNK APFTRLALPY TAPHRVLATV YNGTSKYSTT GERTRGDLGA LAARVATQLP A SFNFGAIR ATDISELLVR MKRAELYCPR PLLAVEVTAQ DRHKQKIIAP AKQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: VP2 of capsid protein

分子名称: VP2 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus A (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.575779 KDa
配列文字列: DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY ...文字列:
DKKTEETTLL EDRTLTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYSTGE DHVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFNWT TDKPFGHLEK LKLPTDHKG VYGHLVDSFA YMRNGWDVEV SAVGNQFNGG CLLVAMVPEW KKFTPREKYQ LTLFPHQFIS PRTNMTAHIT V PYLGVNRY DQYKKHKPWT LVVMVVSPLT TSSIGATEIK VYANIAPTHV HVAGELPSKE

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: VP3 of capsid protein

分子名称: VP3 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus A (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 24.284121 KDa
配列文字列: GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY ...文字列:
GIVPVACSDG YGGLVTTDPK TADPVYGKVY NPPRTNYPGR FTNLLDVAEA CPTFLCFDDG KPYVVTREDE QRLLAKFDVS LAAKHMSNT YLSGIAQYYA QYSGTINLHF MFTGSTDSKA RYMVAYVPPG VETPPDTPER AAHCIHAEWD TGLNSKFTFS I PYVSAADY AYTASDVAET TNVQGWVCIY QITHGKAQND TLVVSVSAGK DFELRLPIDP RTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #6: VP4 of capsid protein

分子名称: VP4 of capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus A (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 8.778129 KDa
配列文字列:
GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSTHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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