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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34215 | |||||||||
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タイトル | PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T50N) | |||||||||
マップデータ | PIC-Mediator in complex with plus 1 nucleosome (T50N) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen X / Wang X / Liu W / Ren Y / Qu X / Li J / Yin X / Xu Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structures of +1 nucleosome-bound PIC-Mediator complex. 著者: Xizi Chen / Xinxin Wang / Weida Liu / Yulei Ren / Xuechun Qu / Jiabei Li / Xiaotong Yin / Yanhui Xu / 要旨: RNA polymerase II-mediated eukaryotic transcription starts with the assembly of the preinitiation complex (PIC) on core promoters. The +1 nucleosome is well positioned about 40 base pairs downstream ...RNA polymerase II-mediated eukaryotic transcription starts with the assembly of the preinitiation complex (PIC) on core promoters. The +1 nucleosome is well positioned about 40 base pairs downstream of the transcription start site (TSS) and is commonly known as a barrier of transcription. The +1 nucleosome-bound PIC-Mediator structures show that PIC-Mediator prefers binding to T40N nucleosome located 40 base pairs downstream of TSS and contacts T50N but not the T70N nucleosome. The nucleosome facilitates the organization of PIC-Mediator on the promoter by binding TFIIH subunit p52 and Mediator subunits MED19 and MED26 and may contribute to transcription initiation. PIC-Mediator exhibits multiple nucleosome-binding patterns, supporting a structural role of the +1 nucleosome in the coordination of PIC-Mediator assembly. Our study reveals the molecular mechanism of PIC-Mediator organization on chromatin and underscores the significance of the +1 nucleosome in regulating transcription initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34215.map.gz | 71.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34215-v30.xml emd-34215.xml | 37.5 KB 37.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34215.png | 47.9 KB | ||
その他 | emd_34215_additional_1.map.gz emd_34215_additional_10.map.gz emd_34215_additional_11.map.gz emd_34215_additional_2.map.gz emd_34215_additional_3.map.gz emd_34215_additional_4.map.gz emd_34215_additional_5.map.gz emd_34215_additional_6.map.gz emd_34215_additional_7.map.gz emd_34215_additional_8.map.gz emd_34215_additional_9.map.gz emd_34215_half_map_1.map.gz emd_34215_half_map_2.map.gz | 35.4 MB 71.6 MB 47.4 MB 35.9 MB 71.1 MB 71.5 MB 13.6 MB 13.7 MB 69.9 MB 35.4 MB 35.4 MB 65.5 MB 65.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34215 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34215 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | PIC-Mediator in complex with plus 1 nucleosome (T50N) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+追加マップ: Nucleosome of PIC-Mediator in complex with plus 1...
+追加マップ: PIC-Mediator in complex with plus 1 nucleosome (T50N)...
+追加マップ: PIC core of the T50N-bound PIC-Mediator
+追加マップ: Nucleosome of PIC-Mediator in complex with plus 1...
+追加マップ: PIC-Mediator in complex with plus 1 nucleosome (T50N)...
+追加マップ: PIC-Mediator in complex with plus 1 nucleosome (T50N)...
+追加マップ: TFIID of the T50N-bound PIC-Mediator
+追加マップ: TFIIH of the T50N-bound PIC-Mediator
+追加マップ: Mediator of the T50N-bound PIC-Mediator
+追加マップ: Nucleosome of PIC-Mediator in complex with plus 1...
+追加マップ: Nucleosome of PIC-Mediator in complex with plus 1...
+ハーフマップ: #2
+ハーフマップ: #1
-試料の構成要素
-全体 : PIC, Mediator, transcription initiation, +1 nucleosome
全体 | 名称: PIC, Mediator, transcription initiation, +1 nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: PIC, Mediator, transcription initiation, +1 nucleosome
超分子 | 名称: PIC, Mediator, transcription initiation, +1 nucleosome タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15415 |