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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33657 | |||||||||
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タイトル | TM domain of SIT1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen YP / Li YN / Zhang YY / Yan RH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discovery / 年: 2022 タイトル: Structures of ACE2-SIT1 recognized by Omicron variants of SARS-CoV-2 著者: Shen YP / Li Y / Zhang Y / Yan R | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33657.map.gz | 84.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33657-v30.xml emd-33657.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33657.png | 58.1 KB | ||
その他 | emd_33657_half_map_1.map.gz emd_33657_half_map_2.map.gz | 71.2 MB 71.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33657 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33657 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33657_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33657_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SIT1-ACE2-BA.5 RBD complex
全体 | 名称: SIT1-ACE2-BA.5 RBD complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SIT1-ACE2-BA.5 RBD complex
超分子 | 名称: SIT1-ACE2-BA.5 RBD complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: SIT1
超分子 | 名称: SIT1 / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: ACE2 FL
超分子 | 名称: ACE2 FL / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-超分子 #4: RBD of BA.5 spike
超分子 | 名称: RBD of BA.5 spike / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 61348 |