[日本語] English
万見
- EMDB-33585: Cryo-EM structure of the octreotide-bound SSTR2-miniGo-scFv16 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33585
タイトルCryo-EM structure of the octreotide-bound SSTR2-miniGo-scFv16 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of SSTR2-miniGo-scFv16 bound with octreotide
    • 複合体: G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: single Fab chain (svFv16)
    • 複合体: svFv16, octreotide
      • タンパク質・ペプチド: Octreotideオクトレオチド
    • 複合体: Somatostatin receptor type 2
      • タンパク質・ペプチド: Somatostatin receptor type 2
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor activity / 蠕動 / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / dopamine receptor signaling pathway / response to starvation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway ...somatostatin receptor activity / 蠕動 / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide binding / cellular response to glucocorticoid stimulus / dopamine receptor signaling pathway / response to starvation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / forebrain development / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cerebellum development / Peptide ligand-binding receptors / muscle contraction / cellular response to estradiol stimulus / PDZ domain binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / 精子形成 / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / negative regulation of cell population proliferation / GTPase activity / シナプス / protein-containing complex binding / GTP binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Somatostatin receptor 2 / Somatostatin receptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Somatostatin receptor type 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Chen S / Zheng S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the selective G protein signaling of somatostatin receptors.
著者: Sijia Chen / Xiao Teng / Sanduo Zheng /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) modulate every aspect of physiological functions mainly through activating heterotrimeric G proteins. A majority of GPCRs promiscuously couple to multiple G ...G protein-coupled receptors (GPCRs) modulate every aspect of physiological functions mainly through activating heterotrimeric G proteins. A majority of GPCRs promiscuously couple to multiple G protein subtypes. Here we validate that in addition to the well-known G pathway, somatostatin receptor 2 and 5 (SSTR2 and SSTR5) couple to the G pathway and show that smaller ligands preferentially activate the G pathway. We further determined cryo-electron microscopy structures of the SSTR2‒G and SSTR2‒G complexes bound to octreotide and SST-14. Structural and functional analysis revealed that G protein selectivity of SSTRs is not only determined by structural elements in the receptor-G protein interface, but also by the conformation of the agonist-binding pocket. Accordingly, smaller ligands fail to stabilize a broader agonist-binding pocket of SSTRs that is required for efficient G coupling but not G coupling. Our studies facilitate the design of drugs with selective G protein signaling to improve therapeutic efficacy.
履歴
登録2022年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2023年2月15日-
現状2023年2月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_33585.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.8006113 - 2.859596
平均 (標準偏差)-0.0009298809 (±0.075182855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 195.66 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_33585_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33585_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : complex of SSTR2-miniGo-scFv16 bound with octreotide

全体名称: complex of SSTR2-miniGo-scFv16 bound with octreotide
要素
  • 複合体: complex of SSTR2-miniGo-scFv16 bound with octreotide
    • 複合体: G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: single Fab chain (svFv16)
    • 複合体: svFv16, octreotide
      • タンパク質・ペプチド: Octreotideオクトレオチド
    • 複合体: Somatostatin receptor type 2
      • タンパク質・ペプチド: Somatostatin receptor type 2

+
超分子 #1: complex of SSTR2-miniGo-scFv16 bound with octreotide

超分子名称: complex of SSTR2-miniGo-scFv16 bound with octreotide
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: G(o) subunit alpha

超分子名称: G(o) subunit alpha / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4

+
超分子 #4: svFv16, octreotide

超分子名称: svFv16, octreotide / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Somatostatin receptor type 2

超分子名称: Somatostatin receptor type 2 / タイプ: complex / ID: 5 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.056553 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LSAEERAALE RSKAIEKNLK EDGISAAKDV KLLLLGADNS GKSTIVKQMK IIHGGSGGSG GTTGIVETHF TFKNLHFRLF DVGGQRSER KKWIHCFEDV TAIIFCVDLS DYNRMHESLM DFDSICNNKF FIDTSIILFL NKKDLFGEKI KKSPLTICFP E YTGPNTYE ...文字列:
LSAEERAALE RSKAIEKNLK EDGISAAKDV KLLLLGADNS GKSTIVKQMK IIHGGSGGSG GTTGIVETHF TFKNLHFRLF DVGGQRSER KKWIHCFEDV TAIIFCVDLS DYNRMHESLM DFDSICNNKF FIDTSIILFL NKKDLFGEKI KKSPLTICFP E YTGPNTYE DAAAYIQAQF ESKNRSPNKE IYCHMTCATD TNNAQVIFDA VTDIIIANNL RGCGLY

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.198656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG HTGYLSCCRF LDDNQIVTSS G DTTCALWD ...文字列:
ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG HTGYLSCCRF LDDNQIVTSS G DTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TFTGHESDIN AICFFPNGNA FA TGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKADRAGVLA GHDNRVSCLG VTD DGMAVA TGSWDSFLKI WN

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.160126 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
ASIAQARKLV EQLKMEANID RIKVSKAAAD LMAYCEAHAK EDPLLTPVPA SENPFR

+
分子 #4: single Fab chain (svFv16)

分子名称: single Fab chain (svFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.222219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR S SKSLLHSN ...文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SGGGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR S SKSLLHSN GNTYLYWFLQ RPGQSPQLLI YRMSNLASGV PDRFSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GA GTKLEL

+
分子 #5: Octreotide

分子名称: Octreotide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.036246 KDa
配列文字列:
(DPN)CF(DTR)KTCT

+
分子 #6: Somatostatin receptor type 2

分子名称: Somatostatin receptor type 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.740621 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMADEPLNG SHTWLSIPFD LNGSVVSTNT SNQTEPYYDL TSNAVLTFIY FVVCIIGLCG NTLVIYVILR YAKMKTITNI YILNLAIAD ELFMLGLPFL AMQVALVHWP FGKAICRVVM TVDGINQFTS IFCLTVMSID RYLAVVHPIK SAKWRRPRTA K MITMAVWG ...文字列:
MDMADEPLNG SHTWLSIPFD LNGSVVSTNT SNQTEPYYDL TSNAVLTFIY FVVCIIGLCG NTLVIYVILR YAKMKTITNI YILNLAIAD ELFMLGLPFL AMQVALVHWP FGKAICRVVM TVDGINQFTS IFCLTVMSID RYLAVVHPIK SAKWRRPRTA K MITMAVWG VSLLVILPIM IYAGLRSNQW GRSSCTINWP GESGAWYTGF IIYTFILGFL VPLTIICLCY LFIIIKVKSS GI RVGSSKR KKSEKKVTRM VSIVVAVFIF CWLPFYIFNV SSVSMAISPT PALKGMFDFV VVLTYANSCA NPILYAFLSD NFK KSFQNV L

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 687989

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る