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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33276 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human pannexin 2 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / ギャップ結合 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transmembrane transport / response to ischemia / cell-cell signaling / structural molecule activity / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hang Z / Huawei Z / Daping W | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of human heptameric pannexin 2 channel 著者: Zhang H / Wang S / Zhang Z / Hou M / Du C / Zhao Z / Vogel H / Li Z / Yan K / Zhang X / Lu J / Liang Y / Yuan S / Wang D / Zhang H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33276.map.gz | 85.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33276-v30.xml emd-33276.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33276_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33276.png | 73.1 KB | ||
その他 | emd_33276_half_map_1.map.gz emd_33276_half_map_2.map.gz | 84.3 MB 84.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33276 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33276 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xlbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33276_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33276_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Heptamer of human pannexin 2 channel
全体 | 名称: Heptamer of human pannexin 2 channel |
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要素 |
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-超分子 #1: Heptamer of human pannexin 2 channel
超分子 | 名称: Heptamer of human pannexin 2 channel / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 323 KDa |
-分子 #1: Pannexin-2
分子 | 名称: Pannexin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 46.301543 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHHLLEQSAD MATALLAGEK LRELILPGAQ DDKAGALAAL LLQLKLELPF DRVVTIGTVL VPILLVTLVF TKNFAEEPIY CYTPHNFTR DQALYARGYC WTELRDALPG VDASLWPSLF EHKFLPYALL AFAAIMYVPA LGWEFLASTR LTSELNFLLQ E IDNCYHRA ...文字列: MHHLLEQSAD MATALLAGEK LRELILPGAQ DDKAGALAAL LLQLKLELPF DRVVTIGTVL VPILLVTLVF TKNFAEEPIY CYTPHNFTR DQALYARGYC WTELRDALPG VDASLWPSLF EHKFLPYALL AFAAIMYVPA LGWEFLASTR LTSELNFLLQ E IDNCYHRA AEGRAPKIEK QIQSKGPGIT EREKREIIEN AEKEKSPEQN LFEKYLERRG RSNFLAKLYL ARHVLILLLS AV PISYLCT YYATQKQNEF TCALGASPDG AAGAGPAVRV SCKLPSVQLQ RIIAGVDIVL LCVMNLIILV NLIHLFIFRK SNF IFDKLH KVGIKTRRQW RRSQFCDINI LAMFCNENRD HIKSLNRLDF ITNESDLMYD NVVRQLLAAL AQSNHDATPT VRDS GVQTV DPSAN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |