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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 and Gi1 | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() C-X3-C chemokine receptor activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Lu M / Zhao W / Han S / Zhu Y / Wu B / Zhao Q | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Activation of the human chemokine receptor CX3CR1 regulated by cholesterol. 著者: Minmin Lu / Wenli Zhao / Shuo Han / Xiaowen Lin / Tingyu Xu / Qiuxiang Tan / Mu Wang / Cuiying Yi / Xiaojing Chu / Weibo Yang / Ya Zhu / Beili Wu / Qiang Zhao / ![]() 要旨: As the only member of the CX3C chemokine receptor subfamily, CX3CR1 binds to its sole endogenous ligand CX3CL1, which shows notable potential as a therapeutic target in atherosclerosis, cancer, and ...As the only member of the CX3C chemokine receptor subfamily, CX3CR1 binds to its sole endogenous ligand CX3CL1, which shows notable potential as a therapeutic target in atherosclerosis, cancer, and neuropathy. However, the drug development of CX3CR1 is hampered partially by the lack of structural information. Here, we present two cryo-electron microscopy structures of CX3CR1-G complexes in ligand-free and CX3CL1-bound states at 2.8- and 3.4-Å resolution, respectively. Together with functional data, the structures reveal the key factors that govern the recognition of CX3CL1 by both CX3CR1 and US28. A much smaller conformational change of helix VI upon activation than previously solved class A GPCR-G complex structures is observed in CX3CR1, which may correlate with three cholesterol molecules that play essential roles in conformation stabilization and signaling transduction. Thus, our data deepen the understanding of cholesterol modulation in GPCR (G protein-coupled receptor) signaling and provide insights into the diversity of G protein coupling. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 95.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xbxMC ![]() 7xbwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33108_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33108_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1
全体 | 名称: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1
超分子 | 名称: Chemokine receptor CX3CR1 in complex with CX3CL1 Gi1 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.447141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKCTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKCTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVTAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.245805 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: HHHHHHMSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG ...文字列: HHHHHHMSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TGHESDINAI CF FPNGNAF ATGSDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADRAGVLAGH DNR VSCLGV TDDGMAVATG SWDSFLKIWN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L |
-分子 #4: Processed fractalkine,CX3C chemokine receptor 1
分子 | 名称: Processed fractalkine,CX3C chemokine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 51.55825 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: (PCA)HHGVTKCNI TCSKMTSKIP VALLIHYQQN QASCCKRAII LETRQHRLFC ADPKEQWVKD AMQHLDRQAA ALTRNG SGS GSGSGSGSGS GSGSGSGSGS GSGSDQFPES VTENFEYDDL AEACYIGDIV VFGTVFLSIF YSVIFAIGLV GNLLVVF AL ...文字列: (PCA)HHGVTKCNI TCSKMTSKIP VALLIHYQQN QASCCKRAII LETRQHRLFC ADPKEQWVKD AMQHLDRQAA ALTRNG SGS GSGSGSGSGS GSGSGSGSGS GSGSDQFPES VTENFEYDDL AEACYIGDIV VFGTVFLSIF YSVIFAIGLV GNLLVVF AL TNSKKPKSVT DIYLLNLALS DLLFVATLPF WTHYLINEKG LHNAMCKFTT AFFFIGFFGS IFFLTVISID RYLAIVLA A NSMNNRTVQH GVTISLGVWA AAILVAAPQF MFTKQKENEC CGDYPEVLQE IWPVLRNVET NFLGFLLPLL IMSYCYFRI IQTLFSSKNH KKAKAIKLIL LVVIVFFLFW TPYNVVIFLE TLKLYDFFPS CDMRKDLRLA LSVTETVAFS HCCLNPLIYA FAGEKFRRY LYHLYGKCLA VLEFLEVLFQ GPWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK DYKDDDDK |
-分子 #5: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 2.1875 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 490779 |