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- EMDB-32820: Cryo-EM structure of the adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32820
タイトルCryo-EM structure of the adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi
マップデータ
試料
  • 複合体: The adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Adhesion G-protein coupled receptor F1
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl nucleotide binding / energy reserve metabolic process / fat cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization ...guanyl nucleotide binding / energy reserve metabolic process / fat cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / synapse assembly / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / 記憶 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞皮質 / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / cytoplasmic vesicle / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / シナプス / protein-containing complex binding / 核小体 / GTP binding / magnesium ion binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR family 2, Ig-hepta-like receptor / SEA domain profile. / GAIN domain superfamily / SEA domain / SEA domain / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GPS domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR, family 2, secretin-like ...GPCR family 2, Ig-hepta-like receptor / SEA domain profile. / GAIN domain superfamily / SEA domain / SEA domain / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GPS domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adhesion G-protein coupled receptor F1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Qu X / Qiu N / Wang M / Zhao Q / Wu B
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31825010 中国
National Science Foundation (NSF, China)31971362 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507000 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030100 中国
Chinese Academy of SciencesJCYJ-SHFY-2021-008 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural basis of tethered agonism of the adhesion GPCRs ADGRD1 and ADGRF1.
著者: Xiangli Qu / Na Qiu / Mu Wang / Bingjie Zhang / Juan Du / Zhiwei Zhong / Wei Xu / Xiaojing Chu / Limin Ma / Cuiying Yi / Shuo Han / Wenqing Shui / Qiang Zhao / Beili Wu /
要旨: Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are essential for a variety of physiological processes such as immune responses, organ development, cellular communication, proliferation and homeostasis. ...Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are essential for a variety of physiological processes such as immune responses, organ development, cellular communication, proliferation and homeostasis. An intrinsic manner of activation that involves a tethered agonist in the N-terminal region of the receptor has been proposed for the aGPCRs, but its molecular mechanism remains elusive. Here we report the G protein-bound structures of ADGRD1 and ADGRF1, which exhibit many unique features with regard to the tethered agonism. The stalk region that proceeds the first transmembrane helix acts as the tethered agonist by forming extensive interactions with the transmembrane domain; these interactions are mostly conserved in ADGRD1 and ADGRF1, suggesting that a common stalk-transmembrane domain interaction pattern is shared by members of the aGPCR family. A similar stalk binding mode is observed in the structure of autoproteolysis-deficient ADGRF1, supporting a cleavage-independent manner of receptor activation. The stalk-induced activation is facilitated by a cascade of inter-helix interaction cores that are conserved in positions but show sequence variability in these two aGPCRs. Furthermore, the intracellular region of ADGRF1 contains a specific lipid-binding site, which proves to be functionally important and may serve as the recognition site for the previously discovered endogenous ADGRF1 ligand synaptamide. These findings highlight the diversity and complexity of the signal transduction mechanisms of the aGPCRs.
履歴
登録2022年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0115
最小 - 最大-0.0704299 - 0.11422174
平均 (標準偏差)8.327165e-05 (±0.0016370107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi

全体名称: The adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi
要素
  • 複合体: The adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Adhesion G-protein coupled receptor F1
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate

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超分子 #1: The adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi

超分子名称: The adhesion GPCR ADGRF1(H565A/T567A) in complex with miniGi
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.563354 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE DKAAVERSKM IDRNLREDGE KAAREVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GGGGGGGTTG IVETHFTFK DLHFKMFDVG GQRSERKKWI HCFEDVAAII FCVDLSDYNR MHESMKLFDS ICNNKWFTDT SIILFLNKKD L FEEKIKKS ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE DKAAVERSKM IDRNLREDGE KAAREVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GGGGGGGTTG IVETHFTFK DLHFKMFDVG GQRSERKKWI HCFEDVAAII FCVDLSDYNR MHESMKLFDS ICNNKWFTDT SIILFLNKKD L FEEKIKKS PLTICYQEYA GSNTYEEAAA YIQCQFEDLN KRKDTKEIYT HFTCATDTKN AQFIFDAVTD VIIKNNLKDC GL F

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.744371 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: Adhesion G-protein coupled receptor F1

分子名称: Adhesion G-protein coupled receptor F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.513406 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDGAPVFGK AQCNDIVFGF GSKDDEYTLP CSSGYRGNIT AKCESSGWQV IRETCVLSLL EELNKNFSM IVGNATEAAV SSFVQNLSVI IRQNPSTTVG NLASVVSILS NISSLSLASH FRVSNSTMED VISIADNILN S ASVTNWTV ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDGAPVFGK AQCNDIVFGF GSKDDEYTLP CSSGYRGNIT AKCESSGWQV IRETCVLSLL EELNKNFSM IVGNATEAAV SSFVQNLSVI IRQNPSTTVG NLASVVSILS NISSLSLASH FRVSNSTMED VISIADNILN S ASVTNWTV LLREEKYASS RLLETLENIS TLVPPTALPL NFSRKFIDWK GIPVNKSQLK RGYSYQIKMC PQNTSIPIRG RV LIGSDQF QRSLPETIIS MASLTLGNIL PVSKNGNAQV NGPVISTVIQ NYSINEVFLF FSKIESNLSQ PHCVFWDFSH LQW NDAGCH LVNETQDIVT CQCTALASFS ILMSPFVPST IFPVVKWITY VGLGISIGSL ILCLIIEALF WKQIKKSQTS HTRR ICMVN IALSLLIADV WFIVGATVDT TVNPSGVCTA AVFFTHFFYL SLFFWMLMLG ILLAYRIILV FHHMAQHLMM AVGFC LGYG CPLIISVITI AVTQPSNTYK RKDVCWLNWS NGSKPLLAFV VPALAIVAVN FVVVLLVLTK LWRPTVGERL SRDDKA TII RVGKSLLILT PLLGLTWGFG IGTIVDSQNL AWHVIFALLN AFQGFFILCF GILLDSKLRQ LLFNKLSALS SWKEFLE VL FQGPWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EK

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #6: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethox...

分子名称: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: K6G
分子量理論値: 496.638 Da
Chemical component information

ChemComp-K6G:
[(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 799431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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