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- EMDB-32396: Cryo-EM structure of substrate engaged Drg1 hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32396
タイトルCryo-EM structure of substrate engaged Drg1 hexamer
マップデータ
試料
  • 複合体: Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged
    • タンパク質・ペプチド: AFG2 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: substrate
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ma CY / Wu DM / Chen Q / Gao N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural dynamics of AAA + ATPase Drg1 and mechanism of benzo-diazaborine inhibition.
著者: Chengying Ma / Damu Wu / Qian Chen / Ning Gao /
要旨: The type II AAA + ATPase Drg1 is a ribosome assembly factor, functioning to release Rlp24 from the pre-60S particle just exported from nucleus, and its activity in can be inhibited by a drug ...The type II AAA + ATPase Drg1 is a ribosome assembly factor, functioning to release Rlp24 from the pre-60S particle just exported from nucleus, and its activity in can be inhibited by a drug molecule diazaborine. However, molecular mechanisms of Drg1-mediated Rlp24 removal and diazaborine-mediated inhibition are not fully understood. Here, we report Drg1 structures in different nucleotide-binding and benzo-diazaborine treated states. Drg1 hexamers transits between two extreme conformations (planar or helical arrangement of protomers). By forming covalent adducts with ATP molecules in both ATPase domain, benzo-diazaborine locks Drg1 hexamers in a symmetric and non-productive conformation to inhibits both inter-protomer and inter-ring communication of Drg1 hexamers. We also obtained a substrate-engaged mutant Drg1 structure, in which conserved pore-loops form a spiral staircase to interact with the polypeptide through a sequence-independent manner. Structure-based mutagenesis data highlight the functional importance of the pore-loop, the D1-D2 linker and the inter-subunit signaling motif of Drg1, which share similar regulatory mechanisms with p97. Our results suggest that Drg1 may function as an unfoldase that threads a substrate protein within the pre-60S particle.
履歴
登録2021年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32396.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.057 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.053917993 - 0.12991425
平均 (標準偏差)0.0007387626 (±0.004125789)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 253.68001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged

全体名称: Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged
要素
  • 複合体: Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged
    • タンパク質・ペプチド: AFG2 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: substrate
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged

超分子名称: Double mutant Drg1 in the presence of ATP with substrate engaged
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: AFG2 isoform 1

分子名称: AFG2 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.848742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAPKSSSSGS KKKSSASSNS ADAKASKFKL PAEFITRPHP SKDHGKETCT AYIHPNVLSS LEINPGSFCT VGKIGENGIL VIARAGDEE VHPVNVITLS TTIRSVGNLI LGDRLELKKA QVQPPYATKV TVGSLQGYNI LECMEEKVIQ KLLDDSGVIM P GMIFQNLK ...文字列:
MAPKSSSSGS KKKSSASSNS ADAKASKFKL PAEFITRPHP SKDHGKETCT AYIHPNVLSS LEINPGSFCT VGKIGENGIL VIARAGDEE VHPVNVITLS TTIRSVGNLI LGDRLELKKA QVQPPYATKV TVGSLQGYNI LECMEEKVIQ KLLDDSGVIM P GMIFQNLK TKAGDESIDV VITDASDDSL PDVSQLDLNM DDMYGGLDNL FYLSPPFIFR KGSTHITFSK ETQANRKYNL PE PLSYAAV GGLDKEIESL KSAIEIPLHQ PTLFSSFGVS PPRGILLHGP PGTGKTMLLR VVANTSNAHV LTINGPSIVS KYL GETEAA LRDIFNEARK YQPSIIFIDQ IDSIAPNRAN DDSGEVESRV VATLLTLMDG MGAAGKVVVI AATNRPNSVD PALR RPGRF DQEVEIGIPD VDARFDILTK QFSRMSSDRH VLDSEAIKYI ASKTHGYVGA DLTALCRESV MKTIQRGLGT DANID KFSL KVTLKDVESA MVDIRPSAMR EIFLEMPKVY WSDIGGQEEL KTKMKEMIQL PLEASETFAR LGISAPKGVL LYGPPG CSK TLTAKALATE SGINFLAVKG PEIFNKYVGE SERAIREIFR KARSAAPSII FFDQIDALSP DRDGSSTSAA NHVLTSL LN EIDGVEELKG VVIVAATNRP DEIDAALLRP GRLDRHIYVG PPDVNARLEI LKKCTKKFNT EESGVDLHEL ADRTEGYS G AEVVLLCQEA GLAAIMEDLD VAKVELRHFE KAFKGIARGI TPEMLSYYEE FALRSGSSS

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分子 #2: substrate

分子名称: substrate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.975426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 11 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 8.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 152973

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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