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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32035 | |||||||||
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タイトル | Structure of PA-tag modified E. hirae V-ATPase by Volta phase plate | |||||||||
マップデータ | E. hirae V-ATPase with PA-tag | |||||||||
試料 |
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生物種 | Enterococcus hirae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Examining the structure of E. hirae V-ATPase using Volta- and Zernike-type phase plate cryo-EM 著者: Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32035.map.gz | 113.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32035-v30.xml emd-32035.xml | 7.1 KB 7.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32035.png | 48.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32035 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | E. hirae V-ATPase with PA-tag | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.113 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : V-ATPase with PA-tag fused to rotor
全体 | 名称: V-ATPase with PA-tag fused to rotor |
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要素 |
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-超分子 #1: V-ATPase with PA-tag fused to rotor
超分子 | 名称: V-ATPase with PA-tag fused to rotor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Enterococcus hirae (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46959 |