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- EMDB-31330: The cryo-EM map of the DDX42-SF3b complex core region -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31330
タイトルThe cryo-EM map of the DDX42-SF3b complex core region
マップデータThe EM map of the DDX42-SF3b complex
試料
  • 複合体: The DDX42-SF3b core complex
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: PHD finger-like domain-containing protein 5A
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DDX42
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDDX32 / SF3B1 / SF3b / U2 snRNP / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / : / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / : / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / U2 snRNA binding / カハール体 / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 細胞分化 / spliceosomal complex / protein localization / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / regulation of apoptotic process / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / クロマチンリモデリング / mRNA binding / protein-containing complex binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term ...Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / Armadillo-like helical / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 3 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / ATP-dependent RNA helicase DDX42 / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang X / Zhan X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome
著者: Zhang X / Zhan X / Bian T / Yang F / Li P / Lu Y / Xing Z / Fan R / Zhang QC / Shi Y
履歴
登録2021年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31330.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of the DDX42-SF3b complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.13312618 - 0.23510407
平均 (標準偏差)0.00012694583 (±0.00725337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 260.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The DDX42-SF3b core complex

全体名称: The DDX42-SF3b core complex
要素
  • 複合体: The DDX42-SF3b core complex
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: PHD finger-like domain-containing protein 5A
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DDX42
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: The DDX42-SF3b core complex

超分子名称: The DDX42-SF3b core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Splicing factor 3B subunit 5

分子名称: Splicing factor 3B subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.149369 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MTDRYTIHSQ LEHLQSKYIG TGHADTTKWE WLVNQHRDSY CSYMGHFDLL NYFAIAENES KARVRFNLME KMLQPCGPPA DKPEEN

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 5

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分子 #2: Splicing factor 3B subunit 1

分子名称: Splicing factor 3B subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.747867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MKSVNDQPSG NLPFLKPDDI QYFDKLLVDV DESTLSPEEQ KERKIMKLLL KIKNGTPPMR KAALRQITD KAREFGAGPL FNQILPLLMS PTLEDQERHL LVKVIDRILY KLDDLVRPYV HKILVVIEPL LIDEDYYARV E GREIISNL ...文字列:
MASDYKDDDD KASDEVDAGT MKSVNDQPSG NLPFLKPDDI QYFDKLLVDV DESTLSPEEQ KERKIMKLLL KIKNGTPPMR KAALRQITD KAREFGAGPL FNQILPLLMS PTLEDQERHL LVKVIDRILY KLDDLVRPYV HKILVVIEPL LIDEDYYARV E GREIISNL AKAAGLATMI STMRPDIDNM DEYVRNTTAR AFAVVASALG IPSLLPFLKA VCKSKKSWQA RHTGIKIVQQ IA ILMGCAI LPHLRSLVEI IEHGLVDEQQ KVRTISALAI AALAEAATPY GIESFDSVLK PLWKGIRQHR GKGLAAFLKA IGY LIPLMD AEYANYYTRE VMLILIREFQ SPDEEMKKIV LKVVKQCCGT DGVEANYIKT EILPPFFKHF WQHRMALDRR NYRQ LVDTT VELANKVGAA EIISRIVDDL KDEAEQYRKM VMETIEKIMG NLGAADIDHK LEEQLIDGIL YAFQEQTTED SVMLN GFGT VVNALGKRVK PYLPQICGTV LWRLNNKSAK VRQQAADLIS RTAVVMKTCQ EEKLMGHLGV VLYEYLGEEY PEVLGS ILG ALKAIVNVIG MHKMTPPIKD LLPRLTPILK NRHEKVQENC IDLVGRIADR GAEYVSAREW MRICFELLEL LKAHKKA IR RATVNTFGYI AKAIGPHDVL ATLLNNLKVQ ERQNRVCTTV AIAIVAETCS PFTVLPALMN EYRVPELNVQ NGVLKSLS F LFEYIGEMGK DYIYAVTPLL EDALMDRDLV HRQTASAVVQ HMSLGVYGFG CEDSLNHLLN YVWPNVFETS PHVIQAVMG ALEGLRVAIG PCRMLQYCLQ GLFHPARKVR DVYWKIYNSI YIGSQDALIA HYPRIYNDDK NTYIRYELDY IL

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 1

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分子 #3: PHD finger-like domain-containing protein 5A

分子名称: PHD finger-like domain-containing protein 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.427524 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAKHHPDLIF CRKQAGVAIG RLCEKCDGKC VICDSYVRPC TLVRICDECN YGSYQGRCVI CGGPGVSDAY YCKECTIQEK DRDGCPKIV NLGSSKTDLF YERKKYGFKK R

UniProtKB: PHD finger-like domain-containing protein 5A

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分子 #4: Splicing factor 3B subunit 3

分子名称: Splicing factor 3B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 138.949188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGS AAAMFLYNLT LQRATGISFA IHGNFSGTKQ QEIVVSRGKI LELLRPDPNT GKVHTLLTV EVFGVIRSLM AFRLTGGTKD YIVVGSDSGR IVILEYQPSK NMFEKIHQET FGKSGCRRIV PGQFLAVDPK G RAVMISAI ...文字列:
WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGS AAAMFLYNLT LQRATGISFA IHGNFSGTKQ QEIVVSRGKI LELLRPDPNT GKVHTLLTV EVFGVIRSLM AFRLTGGTKD YIVVGSDSGR IVILEYQPSK NMFEKIHQET FGKSGCRRIV PGQFLAVDPK G RAVMISAI EKQKLVYILN RDAAARLTIS SPLEAHKANT LVYHVVGVDV GFENPMFACL EMDYEEADND PTGEAAANTQ QT LTFYELD LGLNHVVRKY SEPLEEHGNF LITVPGGSDG PSGVLICSEN YITYKNFGDQ PDIRCPIPRR RNDLDDPERG MIF VCSATH KTKSMFFFLA QTEQGDIFKI TLETDEDMVT EIRLKYFDTV PVAAAMCVLK TGFLFVASEF GNHYLYQIAH LGDD DEEPE FSSAMPLEEG DTFFFQPRPL KNLVLVDELD SLSPILFCQI ADLANEDTPQ LYVACGRGPR SSLRVLRHGL EVSEM AVSE LPGNPNAVWT VRRHIEDEFD AYIIVSFVNA TLVLSIGETV EEVTDSGFLG TTPTLSCSLL GDDALVQVYP DGIRHI RAD KRVNEWKTPG KKTIVKCAVN QRQVVIALTG GELVYFEMDP SGQLNEYTER KEMSADVVCM SLANVPPGEQ RSRFLAV GL VDNTVRIISL DPSDCLQPLS MQALPAQPES LCIVEMGGTE KQDELGERGS IGFLYLNIGL QNGVLLRTVL DPVTGDLS D TRTRYLGSRP VKLFRVRMQG QEAVLAMSSR SWLSYSYQSR FHLTPLSYET LEFASGFASE QCPEGIVAIS TNTLRILAL EKLGAVFNQV AFPLQYTPRK FVIHPESNNL IIIETDHNAY TEATKAQRKQ QMAEEMVEAA GEDERELAAE MAAAFLNENL PESIFGAPK AGNGQWASVI RVMNPIQGNT LDLVQLEQNE AAFSVAVCRF SNTGEDWYVL VGVAKDLILN PRSVAGGFVY T YKLVNNGE KLEFLHKTPV EEVPAAIAPF QGRVLIGVGK LLRVYDLGKK KLLRKCENKH IANYISGIQT IGHRVIVSDV QE SFIWVRY KRNENQLIIF ADDTYPRWVT TASLLDYDTV AGADKFGNIC VVRLPPNTND EVDEDPTGNK ALWDRGLLNG ASQ KAEVIM NYHVGETVLS LQKTTLIPGG SESLVYTTLS GGIGILVPFT SHEDHDFFQH VEMHLRSEHP PLCGRDHLSF RSYY FPVKN VIDGDLCEQF NSMEPNKQKN VSEELDRTPP EVSKKLEDIR TRYAF

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 3

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分子 #5: ATP-dependent RNA helicase DDX42

分子名称: ATP-dependent RNA helicase DDX42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.261625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MNWNKGGPGT KRGFGFGGFA ISAGKKEEPK LPQQSHSAFG ATSSSSGFGK SAPPQLPSFY KIGSKRANF DEENAYFEDE EEDSSNVDLP YIPAENSPTR QQFHSKPVDS DSDDDPLEAF MAEVEDQAAR DMKRLEEKDK E RKNVKGIR ...文字列:
MASDYKDDDD KASDEVDAGT MNWNKGGPGT KRGFGFGGFA ISAGKKEEPK LPQQSHSAFG ATSSSSGFGK SAPPQLPSFY KIGSKRANF DEENAYFEDE EEDSSNVDLP YIPAENSPTR QQFHSKPVDS DSDDDPLEAF MAEVEDQAAR DMKRLEEKDK E RKNVKGIR DDIEEEDDQE AYFRYMAENP TAGVVQEEEE DNLEYDSDGN PIAPTKKIID PLPPIDHSEI DYPPFEKNFY NE HEEITNL TPQQLIDLRH KLNLRVSGAA PPRPGSSFAH FGFDEQLMHQ IRKSEYTQPT PIQCQGVPVA LSGRDMIGIA KTG SGKTAA FIWPMLIHIM DQKELEPGDG PIAVIVCPTR ELCQQIHAEC KRFGKAYNLR SVAVYGGGSM WEQAKALQEG AEIV VCTPG RLIDHVKKKA TNLQRVSYLV FDEADRMFDM GFEYQVRSIA SHVRPDRQTL LFSATFRKKI EKLARDILID PIRVV QGDI GEANEDVTQI VEILHSGPSK WNWLTRRLVE FTSSGSVLLF VTKKANAEEL ANNLKQEGHN LGLLHGDMDQ SERNKV ISD FKKKDIPVLV ATDVAARGLD IPSIKTVINY DVARDIDTHT HRIGRTGRAG EKGVAYTLLT PKDSNFAGDL VRNLEGA NQ HVSKELLDLA MQNAWFRKSR FKGGKGKKLN IGGGGLGYRE RPGLGSENMD RGNNNVMSNY EAYKPSTGAM GDRLTAMK A AFQSQYKSHF VAASLSNQKA GSSAAGASGW TSAGSLNSVP TNSAQQGHNS PDSPVTSAAK GIPGFGNTGN ISGAPVTYP SAGAQGVNNT ASGNNSREGT GGSNGKRERY TENRGSSRHS HGETGNRHSD SPRHGDGGRH GDGYRHPESS SRHTDGHRHG ENRHGGSAG RHGENRGAND GRNGESRKEA FNRESKMEPK MEPKVDSSKM DKVDSKTDKT ADGFAVPEPP KRKKSRWDS

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase DDX42

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 234800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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