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万見
- EMDB-31147: Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31147
タイトルStructure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex
マップデータ3.2 angstrom alpha2A-Go complex bound to norepi
試料
  • 複合体: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex
    • 複合体: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: Noradrenaline
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / receptor transactivation / epinephrine binding / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of norepinephrine secretion ...negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / receptor transactivation / epinephrine binding / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding / dopaminergic synapse / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / mu-type opioid receptor binding / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / thermoception / fear response / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / intestinal absorption / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of wound healing / adrenergic receptor signaling pathway / activation of protein kinase activity / negative regulation of calcium ion transport / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / negative regulation of insulin secretion / GABA-ergic synapse / G protein-coupled serotonin receptor binding / negative regulation of lipid catabolic process / axon terminus / presynaptic active zone membrane / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / activation of protein kinase B activity / muscle contraction / female pregnancy / positive regulation of cytokine production / postsynaptic density membrane / Olfactory Signaling Pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of MAP kinase activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / 凝固・線溶系 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / vasodilation / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / glucose homeostasis / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events
類似検索 - 分子機能
Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2A adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Xu J / Cao S / Liu Z / Du Y
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into ligand recognition, activation, and signaling of the α adrenergic receptor.
著者: Jun Xu / Sheng Cao / Harald Hübner / Dorothée Weikert / Geng Chen / Qiuyuan Lu / Daopeng Yuan / Peter Gmeiner / Zheng Liu / Yang Du /
要旨: The α adrenergic receptor (αAR) is a G protein (heterotrimeric guanine nucleotide-binding protein)-coupled receptor that mediates important physiological functions in response to the endogenous ...The α adrenergic receptor (αAR) is a G protein (heterotrimeric guanine nucleotide-binding protein)-coupled receptor that mediates important physiological functions in response to the endogenous neurotransmitters norepinephrine and epinephrine, as well as numerous chemically distinct drugs. However, the molecular mechanisms of drug actions remain poorly understood. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the human αAR-GoA complex bound to norepinephrine and three imidazoline derivatives (brimonidine, dexmedetomidine, and oxymetazoline). Together with mutagenesis and functional data, these structures provide important insights into the molecular basis of ligand recognition, activation, and signaling at the αAR. Further structural analyses uncover different molecular determinants between αAR and βARs for recognition of norepinephrine and key regions that determine the G protein coupling selectivity. Overall, our studies provide a framework for understanding the signal transduction of the adrenergic system at the atomic level, which will facilitate rational structure-based discovery of safer and more effective medications for αAR.
履歴
登録2021年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31147.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.2 angstrom alpha2A-Go complex bound to norepi
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1
最小 - 最大-5.146888 - 8.961404
平均 (標準偏差)-0.024296882 (±0.46568272)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex

全体名称: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex
要素
  • 複合体: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex
    • 複合体: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: Noradrenaline

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超分子 #1: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex

超分子名称: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex

超分子名称: alpha2A-adrenergic receptor Go signaling complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.1005 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEER AALERSKAIE KNLKEDGISA AKDVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEDG FSGEDVKQYK PVVYSNTIQS LAAIVRAMD TLGIEYGDKE RKADAKMVCD VVSRMEDTEP FSAELLSAMM RLWGDSGIQE CFNRSREYQL NDSAKYYLDS L DRIGAADY ...文字列:
MGCTLSAEER AALERSKAIE KNLKEDGISA AKDVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEDG FSGEDVKQYK PVVYSNTIQS LAAIVRAMD TLGIEYGDKE RKADAKMVCD VVSRMEDTEP FSAELLSAMM RLWGDSGIQE CFNRSREYQL NDSAKYYLDS L DRIGAADY QPTEQDILRT RVKTTGIVET HFTFKNLHFR LFDVGGQRSE RKKWIHCFED VTAIIFCVAL SGYDQVLHED ET TNRMHES LMLFDSICNN KFFIDTSIIL FLNKKDLFGE KIKKSPLTIC FPEYTGPNTY EDAAAYIQAQ FESKNRSPNK EIY CHMTCA TDTNNIQVVF DAVTDIIIAN NLRGCGLY

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.402867 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HHHHHHGSSG SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT ...文字列:
HHHHHHGSSG SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLI IWDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR F LDDNQIVT SSGDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NA ICFFPNG NAFATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGH DNRVSC LGVTDDGMAV ATGSWDSFLK IWN

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.898781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFADV QLVESGGGLV QPGGSRKLSC SASGFAFSSF GMHWVRQAPE KGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSEDT AMYYCVRSIY YYGSSPFDFW GQGTTLTVSS G GGGSGGGG ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFADV QLVESGGGLV QPGGSRKLSC SASGFAFSSF GMHWVRQAPE KGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSEDT AMYYCVRSIY YYGSSPFDFW GQGTTLTVSS G GGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DR FSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GAGTKLELKG SLEVLFQGPA AAHHHHHHHH

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分子 #5: Alpha-2A adrenergic receptor

分子名称: Alpha-2A adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.704566 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFRQEQPLAE GSFAPMGSLQ PDAGNASWNG TEAPGGGARA TPYSLQVTLT LVCLAGLLML LTVFGNVLVI IAVFTSRALK APQNLFLVS LASADILVAT LVIPFSLANE VMGYWYFGKA WCEIYLALDV LFCTSSIVHL CAISLDRYWS ITQAIEYNLK R TPRRIKAI ...文字列:
MFRQEQPLAE GSFAPMGSLQ PDAGNASWNG TEAPGGGARA TPYSLQVTLT LVCLAGLLML LTVFGNVLVI IAVFTSRALK APQNLFLVS LASADILVAT LVIPFSLANE VMGYWYFGKA WCEIYLALDV LFCTSSIVHL CAISLDRYWS ITQAIEYNLK R TPRRIKAI IITVWVISAV ISFPPLISIE KKGGGGGPQP AEPRCEINDQ KWYVISSCIG SFFAPCLIMI LVYVRIYQIA KR RTRVPPS RRGPDAVAAP PGGTERRPNG LGPERSAGPG GAEAEPLPTQ LNGAPGEPAP AGPRDTDALD LEESSSSDHA ERP PGPRRP ERGPRGKGKA RASQVKPGDS LPRRGPGATG IGTPAAGPGE ERVGAAKASR WRGRQNREKR FTFVLAVVIG VFVV CWFPF FFTYTLTAVG CSVPRTLFKF FFWFGYCNSS LNPVIYTIFN HDFRRAFKKI LCRGDRKRIV

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分子 #6: Noradrenaline

分子名称: Noradrenaline / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: E5E
分子量理論値: 170.186 Da
Chemical component information

ChemComp-E5E:
Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ノルアドレナリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
糖包埋材質: vitreous ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 261073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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