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- EMDB-30575: Structure of human TRPC5 in complex with clemizole -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30575
タイトルStructure of human TRPC5 in complex with clemizole
マップデータSHARPENED MAP
試料
  • 複合体: human transient receptor potential channel 5 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 5
  • リガンド: 1-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)benzimidazole
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / actinin binding / TRPチャネル / clathrin binding ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / actinin binding / TRPチャネル / clathrin binding / positive regulation of axon extension / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / nervous system development / actin binding / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 成長円錐 / neuron apoptotic process / neuronal cell body / 樹状突起 / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen L / Song K / Wei M / Guo W
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0502004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31622021 中国
National Science Foundation (NSF, China)91857000 中国
National Science Foundation (NSF, China)31821091 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structural basis for human TRPC5 channel inhibition by two distinct inhibitors.
著者: Kangcheng Song / Miao Wei / Wenjun Guo / Li Quan / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Lei Chen /
要旨: TRPC5 channel is a nonselective cation channel that participates in diverse physiological processes. TRPC5 inhibitors show promise in the treatment of anxiety disorder, depression, and kidney disease. ...TRPC5 channel is a nonselective cation channel that participates in diverse physiological processes. TRPC5 inhibitors show promise in the treatment of anxiety disorder, depression, and kidney disease. However, the binding sites and inhibitory mechanism of TRPC5 inhibitors remain elusive. Here, we present the cryo-EM structures of human TRPC5 in complex with two distinct inhibitors, namely clemizole and HC-070, to the resolution of 2.7 Å. The structures reveal that clemizole binds inside the voltage sensor-like domain of each subunit. In contrast, HC-070 is wedged between adjacent subunits and replaces the glycerol group of a putative diacylglycerol molecule near the extracellular side. Moreover, we found mutations in the inhibitor binding pockets altered the potency of inhibitors. These structures suggest that both clemizole and HC-070 exert the inhibitory functions by stabilizing the ion channel in a nonconductive closed state. These results pave the way for further design and optimization of inhibitors targeting human TRPC5.
履歴
登録2020年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.955
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.955
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d4p
  • 表面レベル: 0.955
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SHARPENED MAP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.955 / ムービー #1: 0.955
最小 - 最大-3.709709 - 6.0407476
平均 (標準偏差)0.009970403 (±0.19614697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 292.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z292.600292.600292.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-3.7106.0410.010

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_30575_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_30575_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human transient receptor potential channel 5 tetramer

全体名称: human transient receptor potential channel 5 tetramer
要素
  • 複合体: human transient receptor potential channel 5 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 5
  • リガンド: 1-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)benzimidazole
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: human transient receptor potential channel 5 tetramer

超分子名称: human transient receptor potential channel 5 tetramer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 5

分子名称: Short transient receptor potential channel 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.848578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQLYYKKVN YSPYRDRIPL QIVRAETELS AEEKAFLNAV EKGDYATVKQ ALQEAEIYYN VNINCMDPLG RSALLIAIEN ENLEIMELL LNHSVYVGDA LLYAIRKEVV GAVELLLSYR RPSGEKQVPT LMMDTQFSEF TPDITPIMLA AHTNNYEIIK L LVQKRVTI ...文字列:
MAQLYYKKVN YSPYRDRIPL QIVRAETELS AEEKAFLNAV EKGDYATVKQ ALQEAEIYYN VNINCMDPLG RSALLIAIEN ENLEIMELL LNHSVYVGDA LLYAIRKEVV GAVELLLSYR RPSGEKQVPT LMMDTQFSEF TPDITPIMLA AHTNNYEIIK L LVQKRVTI PRPHQIRCNC VECVSSSEVD SLRHSRSRLN IYKALASPSL IALSSEDPIL TAFRLGWELK ELSKVENEFK AE YEELSQQ CKLFAKDLLD QARSSRELEI ILNHRDDHSE ELDPQKYHDL AKLKVAIKYH QKEFVAQPNC QQLLATLWYD GFP GWRRKH WVVKLLTCMT IGFLFPMLSI AYLISPRSNL GLFIKKPFIK FICHTASYLT FLFMLLLASQ HIVRTDLHVQ GPPP TVVEW MILPWVLGFI WGEIKEMWDG GFTEYIHDWW NLMDFAMNSL YLATISLKIV AYVKYNGSRP REEWEMWHPT LIAEA LFAI SNILSSLRLI SLFTANSHLG PLQISLGRML LDILKFLFIY CLVLLAFANG LNQLYFYYET RAIDEPNNCK GIRCEK QNN AFSTLFETLQ SLFWSVFGLL NLYVTNVKAR HEFTEFVGAT MFGTYNVISL VVLLNMLIAM MNNSYQLIAD HADIEWK FA RTKLWMSYFD EGGTLPPPFN IIPSPKSFLY LGNWFNNTFC PKRDPDGRRR RRNLRSFTER NADSLIQNQH YQEVIRNL V KRYVAAMIRN SKTHEGLTEE NFKELKQDIS SFRYEVLDLL GNR

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分子 #2: 1-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)benzimidazole

分子名称: 1-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)benzimidazole
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: GX0
分子量理論値: 325.835 Da
Chemical component information

ChemComp-GX0:
1-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)benzimidazole / クレミゾ-ル / アンタゴニスト*YM / Clemizole

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

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分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: YZY
分子量理論値: 594.949 Da
Chemical component information

ChemComp-YZY:
(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-2-O-パルミトイル-L-グリセロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6856

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V1) / 使用した粒子像数: 90357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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