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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30542 | |||||||||
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タイトル | Human NKCC1Na-K-Cl cotransporter | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein (膜タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cell volume / positive regulation of aspartate secretion / transepithelial ammonium transport / regulation of matrix metallopeptidase secretion / cell body membrane / metal ion transmembrane transporter activity / inorganic anion import across plasma membrane / inorganic cation import across plasma membrane / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity ...positive regulation of cell volume / positive regulation of aspartate secretion / transepithelial ammonium transport / regulation of matrix metallopeptidase secretion / cell body membrane / metal ion transmembrane transporter activity / inorganic anion import across plasma membrane / inorganic cation import across plasma membrane / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / transepithelial chloride transport / potassium ion transmembrane transporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / ammonium transmembrane transport / sodium ion homeostasis / intracellular chloride ion homeostasis / negative regulation of vascular wound healing / chloride ion homeostasis / cellular response to potassium ion / intracellular potassium ion homeostasis / cell projection membrane / ammonium channel activity / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion homeostasis / T cell chemotaxis / cellular response to chemokine / hyperosmotic response / cell volume homeostasis / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / potassium ion import across plasma membrane / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / basal plasma membrane / cell projection / cell periphery / Hsp90 protein binding / cytoplasmic vesicle membrane / extracellular vesicle / cell body / protein-folding chaperone binding / basolateral plasma membrane / neuron projection / apical plasma membrane / neuronal cell body / protein kinase binding / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang S / Yang M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: The structural basis of function and regulation of neuronal cotransporters NKCC1 and KCC2. 著者: Sensen Zhang / Jun Zhou / Yuebin Zhang / Tianya Liu / Perrine Friedel / Wei Zhuo / Suma Somasekharan / Kasturi Roy / Laixing Zhang / Yang Liu / Xianbin Meng / Haiteng Deng / Wenwen Zeng / ...著者: Sensen Zhang / Jun Zhou / Yuebin Zhang / Tianya Liu / Perrine Friedel / Wei Zhuo / Suma Somasekharan / Kasturi Roy / Laixing Zhang / Yang Liu / Xianbin Meng / Haiteng Deng / Wenwen Zeng / Guohui Li / Biff Forbush / Maojun Yang / 要旨: NKCC and KCC transporters mediate coupled transport of Na+K+Cl and K+Cl across the plasma membrane, thus regulating cell Cl concentration and cell volume and playing critical roles in transepithelial ...NKCC and KCC transporters mediate coupled transport of Na+K+Cl and K+Cl across the plasma membrane, thus regulating cell Cl concentration and cell volume and playing critical roles in transepithelial salt and water transport and in neuronal excitability. The function of these transporters has been intensively studied, but a mechanistic understanding has awaited structural studies of the transporters. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the two neuronal cation-chloride cotransporters human NKCC1 (SLC12A2) and mouse KCC2 (SLC12A5), along with computational analysis and functional characterization. These structures highlight essential residues in ion transport and allow us to propose mechanisms by which phosphorylation regulates transport activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30542.map.gz | 5.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30542-v30.xml emd-30542.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30542.png | 71.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30542.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30542 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human NKCC1
全体 | 名称: human NKCC1Na-K-Cl cotransporter |
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要素 |
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-超分子 #1: human NKCC1
超分子 | 名称: human NKCC1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 12 member 2
分子 | 名称: Solute carrier family 12 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 131.583422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEPRPTAPSS GAPGLAGVGE TPSAAALAAA RVELPGTAVP SVPEDAAPAS RDGGGVRDEG PAAAGDGLGR PLGPTPSQSR FQVDLVSEN AGRAAAAAAA AAAAAAAAGA GAGAKQTPAD GEASGESEPA KGSEEAKGRF RVNFVDPAAS SSAEDSLSDA A GVGVDGPN ...文字列: MEPRPTAPSS GAPGLAGVGE TPSAAALAAA RVELPGTAVP SVPEDAAPAS RDGGGVRDEG PAAAGDGLGR PLGPTPSQSR FQVDLVSEN AGRAAAAAAA AAAAAAAAGA GAGAKQTPAD GEASGESEPA KGSEEAKGRF RVNFVDPAAS SSAEDSLSDA A GVGVDGPN VSFQNGGDTV LSEGSSLHSG GGGGSGHHQH YYYDTHTNTY YLRTFGHNTM DAVPRIDHYR HTAAQLGEKL LR PSLAELH DELEKEPFED GFANGEESTP TRDAVVTYTA ESKGVVKFGW IKGVLVRCML NIWGVMLFIR LSWIVGQAGI GLS VLVIMM ATVVTTITGL STSAIATNGF VRGGGAYYLI SRSLGPEFGG AIGLIFAFAN AVAVAMYVVG FAETVVELLK EHSI LMIDE INDIRIIGAI TVVILLGISV AGMEWEAKAQ IVLLVILLLA IGDFVIGTFI PLESKKPKGF FGYKSEIFNE NFGPD FREE ETFFSVFAIF FPAATGILAG ANISGDLADP QSAIPKGTLL AILITTLVYV GIAVSVGSCV VRDATGNVND TIVTEL TNC TSAACKLNFD FSSCESSPCS YGLMNNFQVM SMVSGFTPLI SAGIFSATLS SALASLVSAP KIFQALCKDN IYPAFQM FA KGYGKNNEPL RGYILTFLIA LGFILIAELN VIAPIISNFF LASYALINFS VFHASLAKSP GWRPAFKYYN MWISLLGA I LCCIVMFVIN WWAALLTYVI VLGLYIYVTY KKPDVNWGSS TQALTYLNAL QHSIRLSGVE DHVKNFRPQC LVMTGAPNS RPALLHLVHD FTKNVGLMIC GHVHMGPRRQ AMKEMSIDQA KYQRWLIKNK MKAFYAPVHA DDLREGAQYL MQAAGLGRMK PNTLVLGFK KDWLQADMRD VDMYINLFHD AFDIQYGVVV IRLKEGLDIS HLQGQEELLS SQEKSPGTKD VVVSVEYSKK S DLDTSKPL SEKPITHKVE EEDGKTATQP LLKKESKGPI VPLNVADQKL LEASTQFQKK QGKNTIDVWW LFDDGGLTLL IP YLLTTKK KWKDCKIRVF IGGKINRIDH DRRAMATLLS KFRIDFSDIM VLGDINTKPK KENIIAFEEI IEPYRLHEDD KEQ DIADKM KEDEPWRITD NELELYKTKT YRQIRLNELL KEHSSTANII VMSLPVARKG AVSSALYMAW LEALSKDLPP ILLV RGNHQ SVLTFYS UniProtKB: Solute carrier family 12 member 2 |
-分子 #2: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80000 |