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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30356 | |||||||||
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タイトル | Cryo EM map of the nucleotide free MlaFEDB complex,focused refined on extracellular region | |||||||||
マップデータ | cryo EM map of the nuleotide free MlaFEDB complex,focused refined on extracellular region | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / response to antibiotic ...phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / response to antibiotic / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Chi XM / Fan QX / Zhang YY / Liang K / Zhou Q / Li YY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Structural mechanism of phospholipids translocation by MlaFEDB complex. 著者: Ximin Chi / Qiongxuan Fan / Yuanyuan Zhang / Ke Liang / Li Wan / Qiang Zhou / Yanyan Li / 要旨: In Gram-negative bacteria, phospholipids are major components of the inner membrane and the inner leaflet of the outer membrane, playing an essential role in forming the unique dual-membrane barrier ...In Gram-negative bacteria, phospholipids are major components of the inner membrane and the inner leaflet of the outer membrane, playing an essential role in forming the unique dual-membrane barrier to exclude the entry of most antibiotics. Understanding the mechanisms of phospholipid translocation between the inner and outer membrane represents one of the major challenges surrounding bacterial phospholipid homeostasis. The conserved MlaFEDB complex in the inner membrane functions as an ABC transporter to drive the translocation of phospholipids between the inner membrane and the periplasmic protein MlaC. However, the mechanism of phospholipid translocation remains elusive. Here we determined three cryo-EM structures of MlaFEDB from Escherichia coli in its nucleotide-free and ATP-bound conformations, and performed extensive functional studies to verify and extend our findings from structural analyses. Our work reveals unique structural features of the entire MlaFEDB complex, six well-resolved phospholipids in three distinct cavities, and large-scale conformational changes upon ATP binding. Together, these findings define the cycle of structural rearrangement of MlaFEDB in action, and suggest that MlaFEDB uses an extrusion mechanism to extract and release phospholipids through the central translocation cavity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30356.map.gz | 116.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30356-v30.xml emd-30356.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30356.png | 11.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30356 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo EM map of the nuleotide free MlaFEDB complex,focused refined on extracellular region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo EM map of the nucleotide free MlaFEDB complex,focused refine...
全体 | 名称: Cryo EM map of the nucleotide free MlaFEDB complex,focused refined on extracellular region |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo EM map of the nucleotide free MlaFEDB complex,focused refine...
超分子 | 名称: Cryo EM map of the nucleotide free MlaFEDB complex,focused refined on extracellular region タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 271252 |