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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30334 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Hyperpolarization-Activated Inwardly Rectifying Potassium Channel KAT1 from Arabidopsis | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Li SY / Yang F / Sun DM / Zhang Y / Zhang MG / Zhou P / Liu SL / Zhang YN / Zhang LH / Tian CL | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the hyperpolarization-activated inwardly rectifying potassium channel KAT1 from Arabidopsis. 著者: Siyu Li / Fan Yang / Demeng Sun / Yong Zhang / Mengge Zhang / Sanling Liu / Peng Zhou / Chaowei Shi / Longhua Zhang / Changlin Tian / | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30334.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30334-v30.xml emd-30334.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30334.png | 165.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30334 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KAT1
全体 | 名称: KAT1 |
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要素 |
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-超分子 #1: KAT1
超分子 | 名称: KAT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Potassium channel KAT1
分子 | 名称: Potassium channel KAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 78.361445 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSISWTRNFF ERFCVEEYNI DTIKQSSFLS ADLLPSLGAR INQSTKLRKH IISPFNPRYR AWEMWLVLLV IYSAWICPFQ FAFITYKKD AIFIIDNIVN GFFAIDIILT FFVAYLDSHS YLLVDSPKKI AIRYLSTWFA FDVCSTAPFQ PLSLLFNYNG S ELGFRILS ...文字列: MSISWTRNFF ERFCVEEYNI DTIKQSSFLS ADLLPSLGAR INQSTKLRKH IISPFNPRYR AWEMWLVLLV IYSAWICPFQ FAFITYKKD AIFIIDNIVN GFFAIDIILT FFVAYLDSHS YLLVDSPKKI AIRYLSTWFA FDVCSTAPFQ PLSLLFNYNG S ELGFRILS MLRLWRLRRV SSLFARLEKD IRFNYFWIRC TKLISVTLFA IHCAGCFNYL IADRYPNPRK TWIGAVYPNF KE ASLWNRY VTALYWSITT LTTTGYGDFH AENPREMLFD IFFMMFNLGL TAYLIGNMTN LVVHWTSRTR TFRDSVRAAS EFA SRNQLP HDIQDQMLSH ICLKFKTEGL KQQETLNNLP KAIRSSIANY LFFPIVHNIY LFQGVSRNFL FQLVSDIDAE YFPP KEDII LQNEAPTDLY ILVSGAVDFT VYVDGHDQFQ GKAVIGETFG EVGVLYYRPQ PFTVRTTELS QILRISRTSL MSAMH AHAD DGRVIMNNLF MKLRGQQSIA IDDSNTSGHE NRDFKSMGWE EWRDSRKDGY GLDVTNPTSD TALMDAIHKE DTEMVK KIL KEQKIERAKV ERSSSETAGR SYANDSSKKD PYCSSSNQII KPCKREEKRV TIHMMSESKN GKLILLPSSI EELLRLA SE KFGGCNFTKI TNADNAEIDD LDVIWDGDHL YFSSN |
-分子 #2: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: 3PE |
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分子量 | 理論値: 748.065 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION回折 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 57.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111658 |