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- EMDB-30154: Human AAA+ ATPase VCP mutant - T76E, AMP-PNP-bound form, Conforma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30154
タイトルHuman AAA+ ATPase VCP mutant - T76E, AMP-PNP-bound form, Conformation II
マップデータHuman AAA ATPase VCP, T76E mutant with AMP-PNP-bound, Conformation II
試料
  • 複合体: Transitional endoplasmic reticulum ATPase, VCP.
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Yang C / Zhang H
引用ジャーナル: Cell Death Differ / 年: 2022
タイトル: The phosphorylation and dephosphorylation switch of VCP/p97 regulates the architecture of centrosome and spindle.
著者: Kaiyuan Zhu / Yang Cai / Xiaotong Si / Zuodong Ye / Yuanzhu Gao / Chuang Liu / Rui Wang / Zhibin Ma / Huazhang Zhu / Liang Zhang / Shengjin Li / Hongmin Zhang / Jianbo Yue /
要旨: The proper orientation of centrosome and spindle is essential for genome stability; however, the mechanism that governs these processes remains elusive. Here, we demonstrated that polo-like kinase 1 ...The proper orientation of centrosome and spindle is essential for genome stability; however, the mechanism that governs these processes remains elusive. Here, we demonstrated that polo-like kinase 1 (Plk1), a key mitotic kinase, phosphorylates residue Thr76 in VCP/p97 (an AAA-ATPase), at the centrosome from prophase to anaphase. This phosphorylation process recruits VCP to the centrosome and in this way, it regulates centrosome orientation. VCP exhibits strong co-localization with Eg5 (a mitotic kinesin motor), at the mitotic spindle, and the dephosphorylation of Thr76 in VCP is required for the enrichment of both VCP and Eg5 at the spindle, thus ensuring proper spindle architecture and chromosome segregation. We also showed that the phosphatase, PTEN, is responsible for the dephosphorylation of Thr76 in VCP; when PTEN was knocked down, the normal spread of VCP from the centrosome to the spindle was abolished. Cryo-EM structures of VCP and VCP, which represent dephosphorylated and phosphorylated states of VCP, respectively, revealed that the Thr76 phosphorylation modulates VCP by altering the inter-domain and inter-subunit interactions, and ultimately the nucleotide-binding pocket conformation. Interestingly, the tumor growth in nude mice implanted with VCP-reconstituted cancer cells was significantly slower when compared with those implanted with VCP-reconstituted cancer cells. Collectively, our findings demonstrate that the phosphorylation and dephosphorylation switch of VCP regulates the architecture of centrosome and spindle for faithful chromosome segregation.
履歴
登録2020年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2022年4月27日-
現状2022年4月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.302
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.302
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30154.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human AAA ATPase VCP, T76E mutant with AMP-PNP-bound, Conformation II
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.302 / ムービー #1: 0.302
最小 - 最大-0.53 - 1.49
平均 (標準偏差)-1.9524956e-05 (±0.0499997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 386.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z386.280386.280386.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ336336336
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.5301.490-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Transitional endoplasmic reticulum ATPase, VCP.

全体名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase, VCP.
要素
  • 複合体: Transitional endoplasmic reticulum ATPase, VCP.

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超分子 #1: Transitional endoplasmic reticulum ATPase, VCP.

超分子名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase, VCP. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: VCP T76E mutant of AMP-PNP-bound form,Conformation II
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: cytoplasm nucleus ER
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: T7 SHuffle (NEB C3026) / 組換プラスミド: pET
分子量実験値: 97 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESHEPES
50.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.001 %2-ME2-Mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3298

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. Beta -1.0.0)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. Beta -1.0.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. Beta -1.0.0) / 使用した粒子像数: 533495

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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