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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29858 | |||||||||
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タイトル | Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Capsid formed by Cp183 when bound to importin alpha1 / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang R / Cingolani G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Hepatitis B virus capsid bound to importin alpha1 著者: Yang R / Cingolani G | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29858.map.gz | 394.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29858-v30.xml emd-29858.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29858_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29858.png | 145.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29858.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_29858_half_map_1.map.gz emd_29858_half_map_2.map.gz | 385.5 MB 388.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29858 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29858 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g8yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.108 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29858_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29858_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Capsid formed by Cp183 when importin alpha1 is incorporated
全体 | 名称: Capsid formed by Cp183 when importin alpha1 is incorporated |
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要素 |
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-超分子 #1: Capsid formed by Cp183 when importin alpha1 is incorporated
超分子 | 名称: Capsid formed by Cp183 when importin alpha1 is incorporated タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
-分子 #1: Core protein Cp183
分子 | 名称: Core protein Cp183 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 16.328719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMTLAT WVGVNLEDPA SRDLVVSYV NTNMGLKFRQ LLWFHISCLT FGRETVIEYL VSFGVWIRTP PAYRPPNAPI LSTLP UniProtKB: カプシド |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |