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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Neuraminidase of B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) in complex with 4 FNI17 Fab molecules | |||||||||
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![]() | viral glycoprotein / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dang HV / Snell G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry. 著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto / ![]() ![]() ![]() 要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 118 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g3zMC ![]() 8g30C ![]() 8g3mC ![]() 8g3nC ![]() 8g3oC ![]() 8g3pC ![]() 8g3qC ![]() 8g3rC ![]() 8g3vC ![]() 8g40C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_29711_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29711_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29711_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massach...
全体 | 名称: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain |
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要素 |
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-超分子 #1: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massach...
超分子 | 名称: 4 FNI17 Fabs in complex with tetrameric NA protein from B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) strain タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI17 IgG1 antibody |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 0.42 kDa/nm |
-分子 #1: FNI17 Fab heavy chain
分子 | 名称: FNI17 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.580527 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVKV SCKPSGGTFS NNVISWVRQA PGQGLEWMGG IIPTSGIANY AQKFQGRVAI IADKSTSTVY MALSSLRSE DSAVYFCARA RSDYFNRDLG WEDYYFENWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVKV SCKPSGGTFS NNVISWVRQA PGQGLEWMGG IIPTSGIANY AQKFQGRVAI IADKSTSTVY MALSSLRSE DSAVYFCARA RSDYFNRDLG WEDYYFENWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSC |
-分子 #2: FNI17 Fab light chain
分子 | 名称: FNI17 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.479061 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVG SSLVWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ HYNNWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVG SSLVWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGVPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ HYNNWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: Neuraminidase
分子 | 名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: B/Massachusetts/02/2012 (Yamagata) / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 55.145559 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DHHHHHHGSG LNDIFEAQKI EWHEGSIINE TADDIVYRLT VIIDDRYESL KNLITLRADR LEMIINDNV STILASGLVP RGSGSLPEPE WTYPRLSCPG STFQKALLIS PHRFGEIKGN SAPLIIREPF IACGPTECKH F ALTHYAAQ ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DHHHHHHGSG LNDIFEAQKI EWHEGSIINE TADDIVYRLT VIIDDRYESL KNLITLRADR LEMIINDNV STILASGLVP RGSGSLPEPE WTYPRLSCPG STFQKALLIS PHRFGEIKGN SAPLIIREPF IACGPTECKH F ALTHYAAQ PGGYYNGTRE DRNKLRHLIS VKLGKIPTVE NSIFHMAAWS GSACHDGKEW TYIGVDGPDS NALLKIKYGE AY TDTYHSY AKNILRTQES ACNCIGGDCY LMITDGPASG VSECRFLKIR EGRIIKEIFP TGRVKHTEEC TCGFASNKTI ECA CRDNRY TAKRPFVKLN VETDTAEIRL MCTETYLDTP RPNDGSITGP CESDGDKGSG GIKGGFVHQR MASKIGRWYS RTMS KTKRM GMGLYVKYDG DPWTDSEALA LSGVMVSMEE PGWYSFGFEI KDKKCDVPCI GIEMVHDGGK TTWHSAATAI YCLMG SGQL LWDTVTGVDM AL |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0 | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.61 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称![]() |