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- EMDB-29028: CryoEM structure of Conalbumin from chicken egg white (sigma-Cas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29028
タイトルCryoEM structure of Conalbumin from chicken egg white (sigma-Cas 1391-06-6)
マップデータFinal map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Conalbumin from chicken egg whiteOvotransferrin
    • タンパク質・ペプチド: Ovotransferrin
  • リガンド: FE (III) ION
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / トランスフェリン / トランスフェリン / Transferrin-like domain profile. / トランスフェリン
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / chicken (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Newton TP / Zimanyi C / Kopylov M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Conalbumin from chicken egg white (sigma-Cas 1391-06-6)
著者: Newton TP / Zimanyi C / Kopylov M
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.674 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.278
最小 - 最大-0.3551497 - 0.85305256
平均 (標準偏差)-0.00058632094 (±0.026010169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 215.68001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29028_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Final half map A

ファイルemd_29028_half_map_1.map
注釈Final half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Final half map B

ファイルemd_29028_half_map_2.map
注釈Final half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Conalbumin from chicken egg white

全体名称: Conalbumin from chicken egg whiteOvotransferrin
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Conalbumin from chicken egg whiteOvotransferrin
    • タンパク質・ペプチド: Ovotransferrin
  • リガンド: FE (III) ION

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超分子 #1: Conalbumin from chicken egg white

超分子名称: Conalbumin from chicken egg white / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: Ovotransferrin

分子名称: Ovotransferrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: chicken (ニワトリ)
分子量理論値: 77.878531 KDa
配列文字列: MKLILCTVLS LGIAAVCFAA PPKSVIRWCT ISSPEEKKCN NLRDLTQQER ISLTCVQKAT YLDCIKAIAN NEADAISLDG GQAFEAGLA PYKLKPIAAE VYEHTEGSTT SYYAVAVVKK GTEFTVNDLQ GKTSCHTGLG RSAGWNIPIG TLLHRGAIEW E GIESGSVE ...文字列:
MKLILCTVLS LGIAAVCFAA PPKSVIRWCT ISSPEEKKCN NLRDLTQQER ISLTCVQKAT YLDCIKAIAN NEADAISLDG GQAFEAGLA PYKLKPIAAE VYEHTEGSTT SYYAVAVVKK GTEFTVNDLQ GKTSCHTGLG RSAGWNIPIG TLLHRGAIEW E GIESGSVE QAVAKFFSAS CVPGATIEQK LCRQCKGDPK TKCARNAPYS GYSGAFHCLK DGKGDVAFVK HTTVNENAPD QK DEYELLC LDGSRQPVDN YKTCNWARVA AHAVVARDDN KVEDIWSFLS KAQSDFGVDT KSDFHLFGPP GKKDPVLKDL LFK DSAIML KRVPSLMDSQ LYLGFEYYSA IQSMRKDQLT PSPRENRIQW CAVGKDEKSK CDRWSVVSNG DVECTVVDET KDCI IKIMK GEADAVALDG GLVYTAGVCG LVPVMAERYD DESQCSKTDE RPASYFAVAV ARKDSNVNWN NLKGKKSCHT AVGRT AGWV IPMGLIHNRT GTCNFDEYFS EGCAPGSPPN SRLCQLCQGS GGIPPEKCVA SSHEKYFGYT GALRCLVEKG DVAFIQ HST VEENTGGKNK ADWAKNLQMD DFELLCTDGR RANVMDYREC NLAEVPTHAV VVRPEKANKI RDLLERQEKR FGVNGSE KS KFMMFESQNK DLLFKDLTKC LFKVREGTTY KEFLGDKFYT VISSLKTCNP SDILQMCSFL EGK

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.53 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 495204
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 3次元分類クラス数: 50
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82144
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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