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万見
- EMDB-28639: Cryo-EM structure of glutamate dehydrogenase frozen at various te... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28639
タイトルCryo-EM structure of glutamate dehydrogenase frozen at various temperature
マップデータThe EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in vitreous ice frozen at -183 celsius degree using standard procedure. The resolution of EM map is 2.7 angstrom
試料
  • 複合体: Glutamate Dehydrogenaseグルタミン酸デヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrialグルタミン酸デヒドロゲナーゼ
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate catabolic process / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamine metabolic process / ミトコンドリア内膜 / GTP binding / 小胞体 ...glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate catabolic process / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamine metabolic process / ミトコンドリア内膜 / GTP binding / 小胞体 / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / cattle (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shi H / Wu C / Zhang X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31930069 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Addressing compressive deformation of proteins embedded in crystalline ice.
著者: Huigang Shi / Chunling Wu / Xinzheng Zhang /
要旨: For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. ...For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. Whether and how crystalline ice affects single-particle cryo-EM is still unclear. Here, single-particle cryo-EM was used to analyze three-dimensional structures of various proteins and viruses embedded in crystalline ice formed at various cooling rates. Low cooling rates led to shrinkage deformation and density distortions on samples having loose structures. Higher cooling rates reduced deformations. Deformation-free proteins in crystalline ice were obtained by modifying the freezing conditions, and reconstructions from these samples revealed a marked improvement over vitreous ice. This procedure also increased the efficiency of cryo-EM structure determinations and was essential for high-resolution reconstructions.
履歴
登録2022年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年2月15日-
現状2023年2月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28639.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28639.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in vitreous ice frozen at -183 celsius degree using standard procedure. The resolution of EM map is 2.7 angstrom
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.12671745 - 0.2336129
平均 (標準偏差)-0.00015022837 (±0.009649708)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28639_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_1.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in vitreous ice frozen at -183 celsius degree using standard procedure. The resolution of EM map is 3.1 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_10.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -60 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_11.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -60 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_12.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -100 celsius degree. The resolution of EM map is 3.2 angstrom.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_13.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -100 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_2.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -183 celsius degree. The resolution of EM map is 2.5 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_3.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -183 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_4.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -183 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_5.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -140 celsius degree. The resolution of EM map is 3.1 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_6.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -140 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_7.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -140 celsius degree.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_8.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -60 celsius degree. The resolution of EM map is 3.1 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_additional_9.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in crystalline ice frozen at -60 celsius degree. The resolution of EM map is 3.2 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_half_map_1.map
注釈The half map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in vitreous ice frozen at -183 celsius degree using standard procedure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded...

ファイルemd_28639_half_map_2.map
注釈The EM map of Glutamate dehydrogenase (GDH) embedded in vitreous ice frozen at -183 celsius degree using standard procedure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glutamate Dehydrogenase

全体名称: Glutamate Dehydrogenaseグルタミン酸デヒドロゲナーゼ
要素
  • 複合体: Glutamate Dehydrogenaseグルタミン酸デヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrialグルタミン酸デヒドロゲナーゼ

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超分子 #1: Glutamate Dehydrogenase

超分子名称: Glutamate Dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial

分子名称: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 61.60891 KDa
配列文字列: MYRYLGEALL LSRAGPAALG SASADSAALL GWARGQPAAA PQPGLVPPAR RHYSEAAADR EDDPNFFKMV EGFFDRGASI VEDKLVEDL KTRETEEQKR NRVRSILRII KPCNHVLSLS FPIRRDDGSW EVIEGYRAQH SQHRTPCKGG IRYSTDVSVD E VKALASLM ...文字列:
MYRYLGEALL LSRAGPAALG SASADSAALL GWARGQPAAA PQPGLVPPAR RHYSEAAADR EDDPNFFKMV EGFFDRGASI VEDKLVEDL KTRETEEQKR NRVRSILRII KPCNHVLSLS FPIRRDDGSW EVIEGYRAQH SQHRTPCKGG IRYSTDVSVD E VKALASLM TYKCAVVDVP FGGAKAGVKI NPKNYTDNEL EKITRRFTME LAKKGFIGPG VDVPAPDMST GEREMSWIAD TY ASTIGHY DINAHACVTG KPISQGGIHG RISATGRGVF HGIENFINEA SYMSILGMTP GFGDKTFVVQ GFGNVGLHSM RYL HRFGAK CITVGESDGS IWNPDGIDPK ELEDFKLQHG TILGFPKAKI YEGSILEVDC DILIPAASEK QLTKSNAPRV KAKI IAEGA NGPTTPEADK IFLERNIMVI PDLYLNAGGV TVSYFEWLKN LNHVSYGRLT FKYERDSNYH LLMSVQESLE RKFGK HGGT IPIVPTAEFQ DRISGASEKD IVHSGLAYTM ERSARQIMRT AMKYNLGLDL RTAAYVNAIE KVFRVYNEAG VTFT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122399

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8ew0:
Cryo-EM structure of glutamate dehydrogenase frozen at various temperature

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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