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万見
- EMDB-27714: Tail of P1 bacteriophage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27714
タイトルTail of P1 bacteriophage
マップデータTail of P1 bacteriophage
試料
  • ウイルス: Escherichia phage P1 (ファージ)
    • Other: Phage tail protein
キーワードphage tail / helical / cryo-TEM (低温電子顕微鏡法) / CONTRACTILE PROTEIN
生物種Escherichia phage P1 (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Sen A / Bhatt V / Kim K / Bouchet-Marquis C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tail of P1 bacteriophage
著者: Sen A / Bhatt V / Kim K / Bouchet-Marquis C
履歴
登録2022年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27714.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tail of P1 bacteriophage
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69445 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.29384196 - 0.50108933
平均 (標準偏差)0.0014945085 (±0.031601034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 355.5584 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of Tail of P1 bacteriophage

ファイルemd_27714_half_map_1.map
注釈half map of Tail of P1 bacteriophage
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of Tail of P1 bacteriophage

ファイルemd_27714_half_map_2.map
注釈half map of Tail of P1 bacteriophage
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage P1

全体名称: Escherichia phage P1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage P1 (ファージ)
    • Other: Phage tail protein

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超分子 #1: Escherichia phage P1

超分子名称: Escherichia phage P1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2886926 / 生物種: Escherichia phage P1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Phage tail protein

分子名称: Phage tail protein / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Escherichia phage P1 (ファージ)
配列文字列: MQRSWFNHRL TSAKQKSLLY KSLADLVQSM MDTFVDPWLE RITN RKSIF SMSKEDLETR TNELGQFFTI RTSNSSSVPM LLQQRLDEIH FKGTERPINQ TIY REFNGI SVLWDPIYAP VDLERHPYGT VLIPESTLET TGGTFGEMFL TSRGMISIPI ND LARTMGI ...文字列:
MQRSWFNHRL TSAKQKSLLY KSLADLVQSM MDTFVDPWLE RITN RKSIF SMSKEDLETR TNELGQFFTI RTSNSSSVPM LLQQRLDEIH FKGTERPINQ TIY REFNGI SVLWDPIYAP VDLERHPYGT VLIPESTLET TGGTFGEMFL TSRGMISIPI ND LARTMGI TGTIDQSAIT EEILRKFNQF VKPLLPLHIV FDGLTLYLSV VVNEHADMIT L NEISDTEK AYCWFETSDT TSLTGVTSIS APITATPGGT IVKATPTFDR TRADDLLLDS DA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均露光時間: 9.4 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 39.15 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 19.32 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 119472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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