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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27487 | |||||||||
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タイトル | P. gingivalis RNA Polymerase | |||||||||
マップデータ | P. gingivalis RNA polymerase | |||||||||
試料 |
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キーワード | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / transcription (転写 (生物学)) / CFB group bacteria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu B / Bu F | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM Structure of Porphyromonas gingivalis RNA Polymerase. 著者: Fan Bu / Xiaoxuan Wang / Mengke Li / Li Ma / Chuan Wang / Yangbo Hu / Zhengguo Cao / Bin Liu / 要旨: Porphyromonas gingivalis, an anaerobic CFB (Cytophaga, Fusobacterium, and Bacteroides) group bacterium, is the keystone pathogen of periodontitis and has been implicated in various systemic diseases. ...Porphyromonas gingivalis, an anaerobic CFB (Cytophaga, Fusobacterium, and Bacteroides) group bacterium, is the keystone pathogen of periodontitis and has been implicated in various systemic diseases. Increased antibiotic resistance and lack of effective antibiotics necessitate a search for new intervention strategies. Here we report a 3.5 Å resolution cryo-EM structure of P. gingivalis RNA polymerase (RNAP). The structure displays new structural features in its ω subunit and multiple domains in β and β' subunits, which differ from their counterparts in other bacterial RNAPs. Superimpositions with E. coli RNAP holoenzyme and initiation complex further suggest that its ω subunit may contact the σ4 domain, thereby possibly contributing to the assembly and stabilization of initiation complexes. In addition to revealing the unique features of P. gingivalis RNAP, our work offers a framework for future studies of transcription regulation in this important pathogen, as well as for structure-based drug development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27487.map.gz | 64.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27487-v30.xml emd-27487.xml | 24.6 KB 24.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27487.png | 102.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27487.cif.gz | 7.8 KB | ||
その他 | emd_27487_additional_1.map.gz emd_27487_half_map_1.map.gz emd_27487_half_map_2.map.gz | 66.7 MB 120.6 MB 120.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27487 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dkcMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | P. gingivalis RNA polymerase | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.89 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: P. gingivalis RNA polymerase-sharpened map
ファイル | emd_27487_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | P. gingivalis RNA polymerase-sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27487_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27487_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Porphyromonas gingivalis RNA polymerase
全体 | 名称: Porphyromonas gingivalis RNA polymerase |
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要素 |
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-超分子 #1: Porphyromonas gingivalis RNA polymerase
超分子 | 名称: Porphyromonas gingivalis RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) |
分子量 | 理論値: 389 KDa |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: ATCC BAA-308 / W83 |
分子量 | 理論値: 36.838078 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAILAFQKPE NVLMMETSDS IAKFEFKPLE PGYGITIGNA LRRILLSSLE GFAITAIKIE GVEHEFATIP GVLEDVTNII LNLKQVRFK QIVPNADVEK ATIVISNSEV FRAGDLNAQL SNFEVLNSNL VICHLDKSAT LTMEFSINKG RGYVSAEENR A EHNELSTI ...文字列: MAILAFQKPE NVLMMETSDS IAKFEFKPLE PGYGITIGNA LRRILLSSLE GFAITAIKIE GVEHEFATIP GVLEDVTNII LNLKQVRFK QIVPNADVEK ATIVISNSEV FRAGDLNAQL SNFEVLNSNL VICHLDKSAT LTMEFSINKG RGYVSAEENR A EHNELSTI AIDSIYTPIR NVKYAVENFR VEQKTDYEKL LMEVTTDGSI RPVDALREAA QILISHFSLF AENKIAIEYV DI VDTDEFD EDSLHMRQLL KSKLSGLDLS VRALNCLNAA GVDTLGDLVS LSRSDLMKIR NFGKKSLTEL DELLATLNLS FGM DISKYK LDKD UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha |
-分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) |
分子量 | 理論値: 142.524562 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTPTTNNKRI NFASIKNPLF YPDFLEVQLK SFHDFLQLDT PPERRKKEGL YKVFAENFPI TDTRNNFVLE FLDYYIDPPK YSIEECLSR GLTYSVPLKA KLKLYCTDPD HEDFATVIQD VFLGPIPYMT SSGTFVINGA ERVIVSQLHR SPGVFFGQSL H TNGTKLYS ...文字列: MTPTTNNKRI NFASIKNPLF YPDFLEVQLK SFHDFLQLDT PPERRKKEGL YKVFAENFPI TDTRNNFVLE FLDYYIDPPK YSIEECLSR GLTYSVPLKA KLKLYCTDPD HEDFATVIQD VFLGPIPYMT SSGTFVINGA ERVIVSQLHR SPGVFFGQSL H TNGTKLYS ARIIPFKGSW IEFATDINNV MYAYIDRKKK LPVTTLLRAI GFEADKDILD IFNLADEVKV TKANLKKCIG RK LAARVIN TYIDDLSDED TGEVVSMERI TVVVDREVEL TEDNIEAILN SNAQTILLHR NDSNTSDYSI IFNTLQKDPC NSE KEALYY VYRQLRNAEP ADDASAREVI TNLFFSDKRY DLGDVGRYRI NKKLNLNIDP DIKVLTNEDI IEIIKYLIEL VNSK ASVDD IDHLSNRRVR TVGEQLYNQF GIGLARMART VRDRMNVRDN EVFTPIDLVN AKTISSVVNS FFGTNALSQF MDQTN PLAE ITHKRRLSAL GPGGLSRERA GFEVRDVHYT HYGRLCPIET PEGPNIGLIS SLCVYAKISD LGFITTPYRE VKNGKV DFS DNGLKYYTAE EEEEKTVAQG NAPLDENGRF VRERVKARYE SDFPLVTPDE VDLMDVSPTQ IASIAAALIP FLEHDDA NR ALMGSNMMRQ AVPLLRPESP IVGTGIEGKL VKDSRTQIVA ERGGEVVFVD ASCIKIRYDR TADEEFVSFD DAIVTYYL P KYRKTNQSTT IDLHPICSKG DRVEAGQILT EGYSTQGGEL ALGRNVQVAY MPWKGYNYED AIVLNERMVR EDFFTSVHV DEYILEVRET KRGLEELTSD IPNVSEDATR DLDENGIVRI GAHIEPGDIL IGKITPKGES DPTPEEKLLR AIFGDKAGDV KDASLKATP SLRGVVIDTK LFSKAAKKKS RTSTKEAVSK LDETYAKRQQ QLHERLIEKL TELTKGKTCC GVKDYLNVEL I KAGSKFTK KDLEALDFNV IQLSDWTNDA HTNELIKAVA VNYLKHSKEI EAELRRRKLD ETIGDELPAG IVQMAKVYIA KK RKIQVGD KMAGRHGNKG IVSKIVRQED MPFLADGTPV DICLNPLGVP SRMNLGQIFE AVLAWAGRKM NVKFATPIFD GAS LNDMNE WTDKAGLPRD GKTYLYDGGT GERFDQPATV GVTYFLKLGH MVDDKMHARS IGPYSLITQQ PLGGKAQFGG QRFG EMEVW ALEAFGASHI LQEILTVKSD DVVGRSKAYE AIVKGDPMPT PGIPESLNVL LHELKGLGLS FSLD UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta |
-分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) |
分子量 | 理論値: 161.311781 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAFRKENKIK NNFSKIRITL ASPEEILENS FGEVLKPETI NYRTYKPERD GLFCERIFGP VKDFECHCGK YKRIRYRGIV CDRCGVEVT EKKVRRERMG HIHLVVPVAH IWYFRSLPNK IGYLLGLPTK KLDAIIYYER YVVIQPGVAE GLSQLDLLSE E EYLDKLDE ...文字列: MAFRKENKIK NNFSKIRITL ASPEEILENS FGEVLKPETI NYRTYKPERD GLFCERIFGP VKDFECHCGK YKRIRYRGIV CDRCGVEVT EKKVRRERMG HIHLVVPVAH IWYFRSLPNK IGYLLGLPTK KLDAIIYYER YVVIQPGVAE GLSQLDLLSE E EYLDKLDE IERTHKGNQN LEDTNPDKFI AKIGAEAIYD LLCRVDLDSI SYELRDRANT DGSQQRKTEA LKRLQVVESF RA SKGVNRP EWMVMKVIPV IPPDLRPLVP LDGGRFATSD LNDLYRRVII RNNRLKRLIE IKAPEVILRN EKRMLQEAVD SLF DNSRKS SAVKSDNNRP LKSLSDSLKG KQGRFRQNLL GKRVDYSARS VIVVGPELKM HECGLPKDMA AELYKPFIIR KLIE RGIVK TVKSAKKIVD RKEPVIWDIL EYVMKGHPVL LNRAPTLHRL GIQAFQPKLI EGKAIQLHPL SCTAFNADFD GDQMA VHLP LSNEAILEAQ LLMLASHNIL NPANGAPITV PSQDMVLGLY YITKLRPNTK GHGLIFYGPE EATIAYNEGK VDIHAP IKV YVEDYENGEL VRRMVETSVG RLMVNEYVPK KVGYVNEVLG KKALRDIIGS VIKICGVATT AKFLDDIKNL GYYMAFK GG LSFNLADVLI PDEKDQLIQE GYTAVEQIMQ DYSMGFITFN ERYNQIIDTW THINGRLSNV LIKQLSSDND GFNSVFMM M DSGARGSKEQ IRQLSGMRGL MAKPQKSGAE GGQIIENPIL SNFKEGLSVL EYFISTHGAR KGLADTALKT ADAGYLTRR LVDVSHDVII TEEDCGTLRG LLTTELKQNE DVVASLYERI LGRVSVHDII HPTTGDIIVR AGEEIREQAA QIIEDSPIEA VEIRSVLTC ESKKGVCAKC YGRNLATNRM VQRGEVVGVI AAQSIGEPGT QLTLRTFHVG GIASNVATEN SLLSKYDGIL E FEELRAVD ATDESHQVVV SRMTELRIAD PNTGIILANH NIPYGAKLFF RQGDAVKKGD KIIEWDPFNA VIVSEVAGTL SF EGVVENV TFKMESDETT GLKEKIIIES KDKTMAPYAR IIDENGEMLK NYSLPMGAHV VKDDGDTVKV GEILVKIPRS VGK AGDITG GLPRVTELFE ARNPSNPAIV SEIDGEIGFG KLKRGNREIT VTSKLGEEKK YLIPLSKQLL VQENDFVRAG TPLS DGAIT PADILAIKGP TAVQEYIVNE VQDVYRLQGV KINDKHFEVI VRQMMRKVEI VDPGDTLFLE QQVVDKFEVM EENDR IWGK KVVIDAGDSQ VLKAGQIVTA RKLRDENSML KRKDLKIVKV RDAKSATASQ ILQGITRAAL QTKSFMSAAS FQETTK VLN EAAICGKTDY LEGLKENVIC GHLIPAGTGL RDYEKLVVMH RDDYEKATAE RKSFLSEPTA EPAMEEAPSE HHHHHH UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' |
-分子 #4: RNA polymerase Rpb6
分子 | 名称: RNA polymerase Rpb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) |
分子量 | 理論値: 12.932515 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MELKKMNVPM DTITRDMVRL SEDTENVYET VMIIAKRANQ IGQQMKQDLE KKLQDFSSSN DNLEEVFENR EQIEISRYYE HLPKPGLIA TAEYEQDKLY HRMPGATSTN D UniProtKB: RNA polymerase Rpb6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM DTT, 8mM CHAPSO |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 32.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 137270 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8dkc: |