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- EMDB-27009: Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27009
タイトルCutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sarecycline bound in the local refined map
マップデータCutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sarecycline bound in the local refined map
試料
  • 複合体: 50S subunit from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L5 / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L14P, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L3 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L16 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L30 / 50S ribosomal protein L13 ...50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L3 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L16 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L30 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L20 / 50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L28 / 50S ribosomal protein L34 / 50S ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L15 / 50S ribosomal protein L25 / 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal protein L2 / 50S ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L36 / 50S ribosomal protein L31 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L33 / 50S ribosomal protein L19 / 50S ribosomal protein L5
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Lomakin IB / Devarkar SC / Bunick CG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Almirall, LLC 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Sarecycline inhibits protein translation in Cutibacterium acnes 70S ribosome using a two-site mechanism.
著者: Ivan B Lomakin / Swapnil C Devarkar / Shivali Patel / Ayman Grada / Christopher G Bunick /
要旨: Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, ...Acne vulgaris is a chronic disfiguring skin disease affecting ∼1 billion people worldwide, often having persistent negative effects on physical and mental health. The Gram-positive anaerobe, Cutibacterium acnes is implicated in acne pathogenesis and is, therefore, a main target for antibiotic-based acne therapy. We determined a 2.8-Å resolution structure of the 70S ribosome of Cutibacterium acnes by cryogenic electron microscopy and discovered that sarecycline, a narrow-spectrum antibiotic against Cutibacterium acnes, may inhibit two active sites of this bacterium's ribosome in contrast to the one site detected previously on the model ribosome of Thermus thermophilus. Apart from the canonical binding site at the mRNA decoding center, the second binding site for sarecycline exists at the nascent peptide exit tunnel, reminiscent of the macrolides class of antibiotics. The structure also revealed Cutibacterium acnes-specific features of the ribosomal RNA and proteins. Unlike the ribosome of the Gram-negative bacterium Escherichia coli, Cutibacterium acnes ribosome has two additional proteins, bS22 and bL37, which are also present in the ribosomes of Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium tuberculosis. We show that bS22 and bL37 have antimicrobial properties and may be involved in maintaining the healthy homeostasis of the human skin microbiome.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the Cutibacterium acnes 70S ribosome
著者: Lomakin IB / Devarkar SC / Grada A / Bunick CG
履歴
登録2022年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27009.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sarecycline bound in the local refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.5893972 - 1.6505629
平均 (標準偏差)0.0034452379 (±0.065137506)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 363.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA...

ファイルemd_27009_half_map_1.map
注釈Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sarecycline bound in the local refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA...

ファイルemd_27009_half_map_2.map
注釈Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sarecycline bound in the local refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 50S subunit from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycl...

全体名称: 50S subunit from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
要素
  • 複合体: 50S subunit from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL37
    • RNA: Initiator fMet RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: Sarecycline
  • リガンド: water水

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超分子 #1: 50S subunit from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycl...

超分子名称: 50S subunit from 70S ribosome with mRNA, P-site tRNA and Sarecycline bound
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)

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分子 #1: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 30.309863 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGSSVSD FVELTRSTPE KSLLVAKPKT GGRNNTGRIT TRHIGGGHKQ AYRIIDFKRY DKDGVPAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYAD GEKRYIIAPD GVGQGTVVVS GPEADIKPGN NLPLRNIPVG TTVHAVELRP GGGAKMGRSA G ASVQLVAR ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGSSVSD FVELTRSTPE KSLLVAKPKT GGRNNTGRIT TRHIGGGHKQ AYRIIDFKRY DKDGVPAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYAD GEKRYIIAPD GVGQGTVVVS GPEADIKPGN NLPLRNIPVG TTVHAVELRP GGGAKMGRSA G ASVQLVAR EGKYATVRLP SGEMRMVDIR CRATIGEVGN AEQININWGK AGRNRWKGIR PTVRGVVMNP IDHPHGGGEG RT SGGRHPV SPWGKPEGRT RNKKKASSRL IVRRRKSGKK R

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 23.553053 KDa
配列文字列: MTNERTVKGV LGTKLGMTQL WDEHNRLVPV TVIQAGPCVV TQVRTPETDG YSAVQLGYGA VKAKNVTKPE AGHFEKAGVT PRRHLVELR TADASEYTLG QEIAADVFSE SDFVDVTGTS KGKGTAGVMK RHGFGGLRAT HGVHRKHRSP GSIGGCSTPG K VIKGLRMA ...文字列:
MTNERTVKGV LGTKLGMTQL WDEHNRLVPV TVIQAGPCVV TQVRTPETDG YSAVQLGYGA VKAKNVTKPE AGHFEKAGVT PRRHLVELR TADASEYTLG QEIAADVFSE SDFVDVTGTS KGKGTAGVMK RHGFGGLRAT HGVHRKHRSP GSIGGCSTPG K VIKGLRMA GRMGVERVTV QNLQVHSVDA ERGIMLVRGA VPGPKGSLLV VRSAAKKAAK NGDAA

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分子 #3: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 32.34217 KDa
配列文字列: MNETKTIDVL DVKGKKAGSA ELPGDLFDVN TNIPLIHQVV VAQLAAARQG THATKTRGQV SGGGKKPWRQ KGTGRARQGS TRAPQWVGG GTVHGPQPRS YAQRTPKKMV GAALRGALSD MARDNRIFVV TSLVDGDKPS TKQAKAVLSG LAELRKVLVV L DRSDEIDW ...文字列:
MNETKTIDVL DVKGKKAGSA ELPGDLFDVN TNIPLIHQVV VAQLAAARQG THATKTRGQV SGGGKKPWRQ KGTGRARQGS TRAPQWVGG GTVHGPQPRS YAQRTPKKMV GAALRGALSD MARDNRIFVV TSLVDGDKPS TKQAKAVLSG LAELRKVLVV L DRSDEIDW LSVRNLSEVH VLAADQLNTY DVVNARTIVF SQAGLDAFVG ARSANTQALS AEPEVPETNV ADQHPYGEDS FR GDNPPAG FDIKGNEDSM KFHEPSSPWY GRTIAEVWFR SAAAAEAAGF VNAVKSDSEK EDAK

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分子 #4: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 23.901756 KDa
配列文字列: MSTDAIAHEM PRLKKQYREQ IRAAMQEEFG YRNPMLIPGL EKIVVNMGVG DAAHDSKVMD GAIRDITAIT GQKPQVTKAR KSIAQFKLR EGQPIGCHVT LRGDRMWEFA DRLLTLALPR IRDFRGLNSN QFDGKGNYTF GLSEQVMFLE IDQDKIDRIR G MDITFVTT ...文字列:
MSTDAIAHEM PRLKKQYREQ IRAAMQEEFG YRNPMLIPGL EKIVVNMGVG DAAHDSKVMD GAIRDITAIT GQKPQVTKAR KSIAQFKLR EGQPIGCHVT LRGDRMWEFA DRLLTLALPR IRDFRGLNSN QFDGKGNYTF GLSEQVMFLE IDQDKIDRIR G MDITFVTT AQTNEEGKAL LKHLGFPFKA KDDPKKAKTK RGPAYYAKKK KK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 19.868811 KDa
配列文字列:
MSRIGRLPIA VPSGVEVKLD GQYVEVKGPK GTLNFTVREP ITVSKNDEGA ILVERPDDER ENRSLHGLTR TLINNMVIGV TEGYEKKLE IQGVGYRVLS KGPKQLEFNL GFSHPVIVDA PEGITFAVEN PTKFSVQGID KQVVGETAAN IRKIRKPEPY K GKGVRYEG ENVRRKVGKA GK

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 16.325824 KDa
配列文字列:
MTTYSPKAGE VQRKWYVIDA EDIVLGRLAT TAANLLRGKH KPQYAPHIDT GDFVVVVNAS KIALTGKKAT DSLRYDHSGR PGGLRVTSI GEMLAKNPRR AVERAVWGMM PKNKLSRQQL KKLKVYGGPE HPHAAQNPQP YEITQIAQ

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.503871 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNTGAKELL CIRVLGGSKR RYAYLGDTIV CTVKDAIPGG NVKKGEVVKA VVVRTVKSHR RPDGSYIKFD ENAAVLLKG DGEPRGTRIF GPIARELREK KFMRIVSLAP EVI

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 15.542903 KDa
配列文字列:
MAIELHDLKP APGAHKAKTR VGRGEGSKGK TAGRGTKGTG ARKNVPEFFA GGQMPIHMQA PKLGGFHNPF RTEYQVVNLD KVEALFPKG GKITVDDLVS VGAVRDNELV KVLGTGELTV KVDLVVDAWS KSAQEKIEKA GGSVTKR

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 15.700248 KDa
配列文字列:
MLIPRRVKYR KQHHPKRTGA AKGGTQLAFG DYGIQATEGG YLTNRQIEAA RIAMTRYIKR GGKVWINVYP DRPMTKHPAE SRMGSGKGT PEWWIANIKP GRVLFELSGV PEDVAREAMR LAIHKLPMKA RFISREGGDN

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 20.058641 KDa
配列文字列:
MPKPTKGPRL GGSPAHERII LRNLASQLFE HGRVVTTVTK AKRVRPLAEK LINRAKTDTV ANRRFVNRTI TDRGIVHILF TEIGPRMEG RDGGYTRVTR IGIRKGDNAP MAVIEVISDK VAPKAPASAA DAKAQINTAT EAKDAEPEAG DAAVEHNAPA E DAAAQAPV ADEQEAAEAD EKAEEKPEA

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.727841 KDa
配列文字列:
MASTLTVRKS LSDRAKARAR RQARGRKKIF GTVERPRMVV TRSSKHVFVQ VIDDVAGNTL VSASTMEAEL REMSGDKTAK AARVGTIIG ERAKAAGITK VVFDKAGNQY HGRIAALADA AREAGLDF

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.106117 KDa
配列文字列:
MSNIIDEIDK ASMRDDIPEF RPGDSVKVHV KVVEGSRTRV QVFSGIVISR TGGGVQESFT VRKLSFGTGV ERTFPLHSPI IDKIEVDRH GAVRRAKLYY LRGRRGKAAK IKERGSAR

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.988012 KDa
配列文字列:
MARVKRSVNA KKKRREVLDQ ASGYRGQRSR LYRKAKEQTL HSATYSFRDR RAKKGDFRSL WIQRINAASR AQGMTYNRFI NGLKNAGVE VDRKMLAELA VSDINAFNSL VEVAKASQPQ NAAA

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.087788 KDa
配列文字列:
MYAIVRSGGR QHKVAVGDVV EIDKVADEAG SSIELTPLLV VDGESVTSDK DALGKVKVTA EVLGETKGPK IRILKYKNKT GYKKRQGHR QKYTQVKVTG IEG

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 16.729471 KDa
配列文字列:
MSKTERPSRR AALLGDRPGS YAIARHVRMS ASKCRRVINL VRGMDAVDAV TMLKFQPQAA AEPIRKVIAS AMANAEQTEG LRADDLYIS QAFVDEGITM RRIRPRAKGS ASRILKRSAH ITVVVEPKEA RQARKKAKSG RPAAAAKSET EKGA

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 11.34922 KDa
配列文字列:
MSELKIRDPR DIILAPVVSE KSYGLLDQNT YTFVVKPTAN KTEIKIAIEQ IFGVKVTSVN TMNRKGKVRR TRTGVGKRPD TKRAIVTVA EGDRIDIFTG PVA

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 13.514626 KDa
配列文字列:
MKSLKIKKGD RVKVIAGNDK GAIGEVLSVD PARERVVVEG VNIRKHHRRD MPTPQGGTTK GGIISSEAPI HVSNVQLVTK IDGKDVVTR VGYRRVDVTK RRPDGSEYAA QRSVRYLKKE EAK

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 22.349113 KDa
配列文字列: MADIIHLKAE QRTEFGKGAA RRIRRDDKVP AVMYGHDHDP IHVTLDGHAT LLALRTENPL LSIEIEGQKP MLALPKDVQR DVLKGFVRH VDLLTVRRGE KVDVNVALRI TGESAPGTIA MTEFNEIEVQ ADLLNIPEVI EIDVTGLEAG TTIYLGDLKL P EGTSLLGD ...文字列:
MADIIHLKAE QRTEFGKGAA RRIRRDDKVP AVMYGHDHDP IHVTLDGHAT LLALRTENPL LSIEIEGQKP MLALPKDVQR DVLKGFVRH VDLLTVRRGE KVDVNVALRI TGESAPGTIA MTEFNEIEVQ ADLLNIPEVI EIDVTGLEAG TTIYLGDLKL P EGTSLLGD AEDVAATVAF PETEPVEDEE SAGEDAQGES EEKAAKE

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 9.540655 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSNAQR LGVKRFGGQL VNAGEIIVRQ RGTHFHPGDG VGRGGDDTLF ALRDGNVEFG TRRGRRVVNV TPVEAPVEA

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.953212 KDa
配列文字列:
MAAVCDICAK RPGFGHNVPW SKKKTNRRWS PNIQRVRVVE NGTHKRMNVC TSCLKAGRVS R

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 8.899072 KDa
配列文字列:
MPKLSAAELR QLSGEELRNK VRELKEELFG LRFQSATGQL ENTARLREVR KDIARVYTVL QERNLNIVDD PDSTKEA

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.932171 KDa
配列文字列:
MSKLKITQIK SGIATKPNHR ETLRSLGLKR IGDTVIKEDR PEFRGMVRTV RHLVTMEEVD

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.991128 KDa
配列文字列:
MAVPKRKMSR SNTRHRRSQW KTVATKLVTC ANPACGEKHL PHTACPSCGG YGPRGDRRQV VEA

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 6.725948 KDa
配列文字列:
MAKKSGDVRP KITLACTECK ERNYITKKNR RNNPDRMEMA KFCPRCRKHT AHRETR

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 5.185076 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSNR RRARNHGFRS RMSTRAGRSI LAARRRKGRV NLSA

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 7.457868 KDa
配列文字列:
MPKMKSHSGT KKRFKVTGSG KVTARKAGKR HLNEHKSSRV TRRLTGETVL SKGEAAKVKK LLAGHPGR

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 7.731771 KDa
配列文字列:
MKQGIHPDYR ETTVVCTCGN TFTTRSTSQS GTLNADVCSK CHPFYTGKQK ILDAGGRVAR FERRYGKKN

+
分子 #30: 50S ribosomal protein bL37

分子名称: 50S ribosomal protein bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 2.744284 KDa
配列文字列:
MGKTGRKRRA RRKKGANHGK RPNA

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 4.386379 KDa
配列文字列:
MKVQPSVKKI CDKCKVIRRH GRVMVICDNP RHKQRQG

+
分子 #28: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 1.002554625 MDa
配列文字列: GCAAAGUUGU GUAGUGCGAU CGGUGGAUGC CUUGGCACCA AGAGCCGAUG AAGGACGUUG UGACCUGCGA UAAGCCCUGG GGAGUUGGU GAGCGAGCUG UGAUCCGGGG GUGUCCGAAU GGGGAAACCU GGAAUGUCCG GAGUAGUGUC CGGUGGCCCU G CCCUGAAU ...文字列:
GCAAAGUUGU GUAGUGCGAU CGGUGGAUGC CUUGGCACCA AGAGCCGAUG AAGGACGUUG UGACCUGCGA UAAGCCCUGG GGAGUUGGU GAGCGAGCUG UGAUCCGGGG GUGUCCGAAU GGGGAAACCU GGAAUGUCCG GAGUAGUGUC CGGUGGCCCU G CCCUGAAU GUAUAGGGGU GUGGGUGGUA ACGCGGGGAA GUGAAACAUC UUAGUACCCG UAGGAAGAGA AAACAAGUGU GA UUCCGUG AGUAGUGGCG AGCGAAAGCG GAGGAGGCUA AACCGUGUGU GUGUUCAAGC CGGCAGGUGU UGCAUGUGCG GGG UUGUGG GGGCCUUGUG GUUCUGCUGC CGCAGGAUUG GCCAGUGAGA AAUGUUGCGU GAAGGUGAAG CGUCUGGGAA GGCG UACCG GAGUGGGUGA GAGUCCUGUA ACUGUAAGCG UGGCACUGGU GUGGGGUUGC CCCGAGUAGC GUGGGACUCG UGGAA UUUC GCGUGAAUCU GGCGGGACCA CCCGUCAAGC CUAAAUACUC CUUGGUGACC GAUAGUGGAU GAGUACCGUG AGGGAA GGG UGAAAAGUAC CCCGGGAGGG GAGUGAAAGA GUUCCUGAAA CCGGUCGCAU GCAAGCCGUC AGAGCCUGUG UGGUGAU GG CGUGCCUUUU GAAGAAUGAG CCUGCGAGUU AGUGAUGCGU GGCGAGGUUA ACCCGUGGUG GGGGAGUCGU AGCGAAAG C GAGUCCGAUA AGGGCGUGAG UCGCGUGUUC UAGACCCGAA GCGGUGUGAU CUAUCCAUGG CCAGGAUGAA GCGUCGGUA AGACGUCGUG GAGGUCCGAA CCCACUUCAG UUGAAAAUGG AGGGGAUGAG UUGUGGAUAG GGGUGAAAGG CCAAUCAAAC ACCGUGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGC AUUUAGGUGC AGCGUUGCGU GGUUCUUGUU GGAGGUAGAG CACUGGAUGG U CUAGGGGG CUUAUCGGCU UACCGAAAUC AGCCAAACUC CGAAUGCUGG CAAGUGUAGC GUGGCAGUGA GACGGCGGG (PSU)GAUAAGCUU CGUCGUCGAG AGGGAAACAG CCCAGAUCAU CAGCUAAGGC CCCUAAGUGG UGACUCAGUG GGAAAG GAU GUGGAGUUGC GUAGACAACC AGGAGGUUGG CUUGGAAGCA GCCAUCCUUG AAAGAGUGCG UAAUAGCUCA CUGGUCA AG UGAUUCCGCG CCGAUAAUGU AGCGGGGCUU AAGUUAUCCG CCGAAGCUGU GGCAACCUGU GUGGUUGGGU AGGGGAGC G UCGUGUCAGU GGUGAAGCUG CCGGGUGACU GUGUGGUGGA GUUGAUGCGA GUGAGAAUGC AGGCAUGAGU AGCGUGUGA CGGGUGGGAA UCCCGUCCGC CGAUUAUCCA AGGGUUCCAG GGUCAAGUUU GUCUGCCCUG GGUGAGUCGG GUCCUAAGGC GAGGCCGAC AGGCGUAGUC GAUGGGUAAC CAGUUGAUAU UCUGGUACCG GCUUGUCACC GUCCGUGUCG AGGUGUGUGA U GCUAAGCA UGUGAGCUUG UCUUGGGAGU GUUUUUGAUG CUUCUGGGGU GGGUGAGUGU GUGAACCGAU CAUGUAGUAG GC AAGCUGC GGAGGGACGC AGUGAGGUAG CUCAUCCCCG GUGAUGGUUG UCCGGGGCUA AGUGUGUGGA CUGUCUGGUA GGU AAAUCC GCUGGGCGUG AAGGUUGAGG CAUGAUGGGG AGCCCAUGGU UGUGGGUGAG UGAGUGAUCC UGUACUGUCG AGAA AAGCU UCGUGAGCGA GGUGGCGGGU CCGCCCGUAC CCUAAACCGA CACUGGUGGA UAGGUAGAGU AUACCGAGGC GAUCG AGUG AAUCGUGGUG AAGGAACUCG GCAAAAUGCC CCCGUAACUU UGGGAUAAGG GGGACCUGAG CUGUCGUGCA CCCGUG CGG UGUGGUGGCG GUGAGGGGCG CAGAGUCCAG GGGGAAACGA CUGUUUACCA AAAACACAGG UCCGUGCGAA GUCGUAA GA CGAUGUAUAC GGACUGACUC CU(2MG)CCCGGUG CUGGAAGGUU AAGGGGAACU GUGAGUGUAU GCGUAGCGGU GAAC UUAAG CCCCAGUAAA CGGCGGUGG(PSU) AAC(3TD)A(PSU)AACC AUCCUAAGGU AGCGAAA(5MU)UC CUUGUCGGG UAAGUUCCGA C(5MC)UGCACGAA UGGAGUAACG AUUUCCCUAC UGUCUCCACC AUGAACUCGG UGAAAUUGCA UUACGA GUA AAGAUGCUCG UUACGCGCAG CAGGACGGAA AGACCCCGGG ACCUUUACUA UAGUUUGGUA UUGGUGAUUG GGACGGU UU GUGUAGGAUA GGUGGGAGAC GUUGAUGCGG CCACGCUAGU GGUGGUGGAG UCGUUGGUGA AAUACCACUC UGAUUGUU C UGGUUAUCUC ACUGUGGACC GUGAUCCGGU UCAAGGACAG UGCCUGAUGG GUAGUUUGAC UG(OMG)GGCGGUC GCCUC CUAA AGGGUAACGG AGGCGCCCAA AGGUUCCCUC AGCCUGGUUG GUAAUCAGGU GGUGAGUGUA AGUGCACAAG GGGGCU UGA CUGUGAGACU GACAGGUCGA GCAGGGACGA AAGUCGGGAC UAGUGAUCUG ACGGUGGCUU GUGGAUGCGC CGUCACU CA ACGGAUAAAA GGUACCCCG(2MG) GGA(H2U)AACAGG C(PSU)GAUCUUGC CCGAGCGCUC AUAGCGACGG CAUGGU UUG GCA(OMC)CUCG(2MA)(PSU) GUCGGCUCGU CGCAUCCUGG GGCUGGAGUC GGUCCCAAGG GUUGGGC(OMU)GU U CGCCCAUU AAAGCGGCAC GCGAGC(PSU)GGG UUCAGAACGU CGUGAGACAG (PSU)(PSU)CGGUCCCU AUCCGCUGCG CGCGGAGGA AUCUUGAGAA GGGCUGUCUU UAGUACGAGA GGACCGAGAC GGACUGACCU CUGGUGUGCC AGUUGUUCUG C CAAGAGCA UGGCUGGUUG GCUACGUCGG GUUGUGAUAA CCGCUGAAAG CAUCUAAGCG GGAAGCACGC UUCAAGAUAA GG GUUCCCA CAGGAGUGUU CCUGGUAAGG UCCCCGAGAG AUGAUCGGGU UGAUAGGCCA GACGUGGACG CAUCGUAAGG UGU GGAGCU GACUGGUACU AAUAGACCGA GGACUUUCAU UAACA

+
分子 #29: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cutibacterium acnes (バクテリア)
分子量理論値: 38.770055 KDa
配列文字列:
UUUCCGGUGG CCAUAGUGGA AGGGAAACAC CCGGUCCCAU UCCGAACCCG GUCGUUAAGC CUUCCAACGC UGAUGGUACU GCACGAGGG AUCGUGUGGG AGAGUAAGAC GCUGCCGGAA U

+
分子 #31: Initiator fMet RNA

分子名称: Initiator fMet RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.846902 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GG(5MC)UCAUAAC CCGAAGGUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 305 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #35: Sarecycline

分子名称: Sarecycline / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: V7A
分子量理論値: 487.502 Da
Chemical component information

ChemComp-V7A:
Sarecycline / 薬剤, 抗生剤*YM / Sarecycline

+
分子 #36: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 125 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 30.56 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1108852
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement / 使用した粒子像数: 70853
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8cvm:
Cutibacterium acnes 50S ribosomal subunit with P-site tRNA and Sarecycline bound in the local refined map

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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