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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of E. coli dGTPase bound to T7 bacteriophage protein Gp1.2 and dGTP | ||||||||||||
![]() | DeepEMhancer post-processed map | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Klemm BP / Dillard LB / Borgnia MJ / Schaaper RM | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism by which T7 bacteriophage protein Gp1.2 inhibits dGTPase. 著者: Bradley P Klemm / Deepa Singh / Cassandra E Smith / Allen L Hsu / Lucas B Dillard / Juno M Krahn / Robert E London / Geoffrey A Mueller / Mario J Borgnia / Roel M Schaaper / ![]() 要旨: Levels of the cellular dNTPs, the direct precursors for DNA synthesis, are important for DNA replication fidelity, cell cycle control, and resistance against viruses. encodes a dGTPase (2'- ...Levels of the cellular dNTPs, the direct precursors for DNA synthesis, are important for DNA replication fidelity, cell cycle control, and resistance against viruses. encodes a dGTPase (2'-deoxyguanosine-5'-triphosphate [dGTP] triphosphohydrolase [dGTPase]; gene, Dgt) that establishes the normal dGTP level required for accurate DNA replication but also plays a role in protecting against bacteriophage T7 infection by limiting the dGTP required for viral DNA replication. T7 counteracts Dgt using an inhibitor, the gene product (Gp1.2). This interaction is a useful model system for studying the ongoing evolutionary virus/host "arms race." We determined the structure of Gp1.2 by NMR spectroscopy and solved high-resolution cryo-electron microscopy structures of the Dgt-Gp1.2 complex also including either dGTP substrate or GTP coinhibitor bound in the active site. These structures reveal the mechanism by which Gp1.2 inhibits Dgt and indicate that Gp1.2 preferentially binds the GTP-bound form of Dgt. Biochemical assays reveal that the two inhibitors use different modes of inhibition and bind to Dgt in combination to yield enhanced inhibition. We thus propose an in vivo inhibition model wherein the Dgt-Gp1.2 complex equilibrates with GTP to fully inactivate Dgt, limiting dGTP hydrolysis and preserving the dGTP pool for viral DNA replication. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 40.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 29 KB 29 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 169.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 47.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 9.2 MB 43.7 MB 36.5 MB 36.7 MB 36.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer post-processed map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION post-processed map
ファイル | emd_26361_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION post-processed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: PHENIX auto-sharpened map
ファイル | emd_26361_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | PHENIX auto-sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Full map from RELION refinement
ファイル | emd_26361_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map from RELION refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_26361_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_26361_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : dGTPase hexamer bound to six copies of Gp1.2
全体 | 名称: dGTPase hexamer bound to six copies of Gp1.2 |
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要素 |
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-超分子 #1: dGTPase hexamer bound to six copies of Gp1.2
超分子 | 名称: dGTPase hexamer bound to six copies of Gp1.2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-超分子 #2: dGTP triphosphohydrolase
超分子 | 名称: dGTP triphosphohydrolase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-超分子 #3: Gene 1.2 protein
超分子 | 名称: Gene 1.2 protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
分子 | 名称: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: K12 |
分子量 | 理論値: 59.470863 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAQIDFRKKI NWHRRYRSPQ GVKTEHEILR IFESDRGRII NSPAIRRLQQ KTQVFPLERN AAVRTRLTHS MEVQQVGRYI AKEILSRLK ELKLLEAYGL DELTGPFESI VEMSCLMHDI GNPPFGHFGE AAINDWFRQR LHPEDAESQP LTDDRCSVAA L RLRDGEEP ...文字列: MAQIDFRKKI NWHRRYRSPQ GVKTEHEILR IFESDRGRII NSPAIRRLQQ KTQVFPLERN AAVRTRLTHS MEVQQVGRYI AKEILSRLK ELKLLEAYGL DELTGPFESI VEMSCLMHDI GNPPFGHFGE AAINDWFRQR LHPEDAESQP LTDDRCSVAA L RLRDGEEP LNELRRKIRQ DLCHFEGNAQ GIRLVHTLMR MNLTWAQVGG ILKYTRPAWW RGETPETHHY LMKKPGYYLS EE AYIARLR KELNLALYSR FPLTWIMEAA DDISYCVADL EDAVEKRIFT VEQLYHHLHE AWGQHEKGSL FSLVVENAWE KSR SNSLSR STEDQFFMYL RVNTLNKLVP YAAQRFIDNL PAIFAGTFNH ALLEDASECS DLLKLYKNVA VKHVFSHPDV ERLE LQGYR VISGLLEIYR PLLSLSLSDF TELVEKERVK RFPIESRLFH KLSTRHRLAY VEAVSKLPSD SPEFPLWEYY YRCRL LQDY ISGMTDLYAW DEYRRLMAVE Q UniProtKB: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase |
-分子 #2: Inhibitor of dGTPase
分子 | 名称: Inhibitor of dGTPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: The additional N-terminal sequence is retained after cleavage of the expression tag with TEV protease. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.595868 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSFTMGRLYS GNLAAFKAAT NKLFQLDLAV IYDDWYDAYT RKDCIRLRIE DRSGNLIDTS TFYHHDEDVL FNMCTDWLNH MYDQLKDWK UniProtKB: Inhibitor of dGTPase |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: DGT |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DGT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 290 K / 装置: LEICA EM GP | |||||||||||||||
詳細 | Frozen stocks were thawed and mixed to a final concentration of 1.25:1 Gp1.2 to dGTPase (monomer) along with 1 mM dGTP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1206 / 平均露光時間: 8.4 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The dGTPase-Gp1.2 cryo-EM model was fit into the EM map, then the dGTP built in using Coot. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-7u66: |