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- EMDB-26341: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26341
タイトルMouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle
マップデータ3KE mutant
試料
  • 複合体: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 (E615A/D616A/E617A)液胞
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A液胞
    • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 29液胞
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Kendall AK / Jackson LP
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Improved mammalian retromer cryo-EM structures reveal a new assembly interface.
著者: Amy K Kendall / Mintu Chandra / Boyang Xie / William Wan / Lauren P Jackson /
要旨: Retromer (VPS26/VPS35/VPS29 subunits) assembles with multiple sorting nexin proteins on membranes to mediate endosomal recycling of transmembrane protein cargoes. Retromer has been implicated in ...Retromer (VPS26/VPS35/VPS29 subunits) assembles with multiple sorting nexin proteins on membranes to mediate endosomal recycling of transmembrane protein cargoes. Retromer has been implicated in other cellular processes, including mitochondrial homeostasis, nutrient sensing, autophagy, and fission events. Mechanisms for mammalian retromer assembly remain undefined, and retromer engages multiple sorting nexin proteins to sort cargoes to different destinations. Published structures demonstrate mammalian retromer forms oligomers in vitro, but several structures were poorly resolved. We report here improved retromer oligomer structures using single-particle cryo-EM by combining data collected from tilted specimens with multiple advancements in data processing, including using a 3D starting model for enhanced automated particle picking in RELION. We used a retromer mutant (3KE retromer) that breaks VPS35-mediated interfaces to determine a structure of a new assembly interface formed by the VPS26A and VPS35 N-termini. The interface reveals how an N-terminal VPS26A arrestin saddle can link retromer chains by engaging a neighboring VPS35 N- terminus, on the opposite side from the well-characterized C-VPS26/N-VPS35 interaction observed within heterotrimers. The new interaction interface exhibits substantial buried surface area (∼7000 Å) and further suggests that metazoan retromer may serve as an adaptable scaffold.
履歴
登録2022年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3KE mutant
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3622 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0108
最小 - 最大-0.01663293 - 0.05297658
平均 (標準偏差)8.427801e-05 (±0.0012006966)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.904 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: 3KE mutant, half map 2

ファイルemd_26341_half_map_1.map
注釈3KE mutant, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3KE mutant, half map 1

ファイルemd_26341_half_map_2.map
注釈3KE mutant, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE p...

全体名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle
要素
  • 複合体: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 (E615A/D616A/E617A)液胞
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A液胞
    • タンパク質・ペプチド: vacuolar protein sorting-associated protein 29液胞

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超分子 #1: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE p...

超分子名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35 E615A/D616A/E617A mutant/VPS29) 3KE particle
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 (E615A/D616A/E617A)

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 (E615A/D616A/E617A)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MPTTQQSPQD EQEKLLDEA I QAVKVQSF QM KRCLDKN KLM DALKHA SNML GELRT SMLSP KSYY ELYMA ISDE LHYLEV YLT DEFAKGR KV ADLYELVQ Y AGNIIPRLY LLITVGVVYV K SFPQSRK D ILKDLVEM CR GVQHPLR GLF LRNYLL ...文字列:
MPTTQQSPQD EQEKLLDEA I QAVKVQSF QM KRCLDKN KLM DALKHA SNML GELRT SMLSP KSYY ELYMA ISDE LHYLEV YLT DEFAKGR KV ADLYELVQ Y AGNIIPRLY LLITVGVVYV K SFPQSRK D ILKDLVEM CR GVQHPLR GLF LRNYLL QCTR NILPD EGEPT DEET TGDISD SM DFVLLNF AE MNKLWVRM Q HQGHSRDRE KRERERQELR ILVGTNLVR L SQLEGVNV ER YKQ IVL TGI LEQVVN CRDA LAQEY LMECI IQVF PDEFHL QTL NPFLRAC AE LHQNVNVK N III ALIDR LALFAHREDG PGIPAEIKL F DIFSQQVA TV IQSRQDM PSE DVVSLQ VSLI NLAMK CYPD RVDY VDKVLE TTV EIFNKLN LE HIATSSAV S KELTRLLKI PVDTYNNILT VLKLKH FH P LFEYFDYE SR KSMSCYV LSN VLDYNT EIVS QDQVD SIMNL VSTL IQDQPD QPV EDPD PE DF ADEQSLVG R FIHLLRSDD PDQQYLILNT ARKHFGAGG N QRIRFTLP PL VFAAYQL A F RYKENS QMDD KWEKK CQKIF SFAH QTISAL IKA ELAELPL RL FLQGALAA G EIGFENHE T VAYEFMSQA FSLYEDEISD SKAQLAAIT L IIGTFERM KC FSEENHE PLR TQCALA ASEL LEEPD QGRA VSTCA HLFWS GRNT DKNGEE LHG GKRVMEC LK KALKIANQ C MDPSLQVQL F IEILNRYI YFYEKENDA V TIQVLNQL IQ KIREDLP NLE SSEETE QINK HFHNT LEHLR SR R ESPESE GPI YEGLIL

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MSFLGGFFGP ICEIDVALN D GETRKMAE MK TEDGKVE KHY LFYDGE SVSG KVNLA FKQPG KRLE HQGIR IEFV GQIELF NDK SNTHEFV NL VKELALPG E LTQSRSYDF EFMQVEKPYE S YIGANVR L RYFLKVTI VR RLTDLVK EYD LIVHQL ...文字列:
MSFLGGFFGP ICEIDVALN D GETRKMAE MK TEDGKVE KHY LFYDGE SVSG KVNLA FKQPG KRLE HQGIR IEFV GQIELF NDK SNTHEFV NL VKELALPG E LTQSRSYDF EFMQVEKPYE S YIGANVR L RYFLKVTI VR RLTDLVK EYD LIVHQL ATYP DVNNS IKMEV GIED CLHIEF EY NKSKYHL KD VIVGKIYF L LVRIKIQHM ELQLIKKEIT GIGPSTTTE T ETIAKYEI MD GAP VKG ESI PIRLFL AGYD PTPTM RDVNK KFSV RYFLNL VLV DEEDRRY FK QQEIILWR K APE KLRKQ RTNFHQRFES PDSQASAEQ P EM

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分子 #3: vacuolar protein sorting-associated protein 29

分子名称: vacuolar protein sorting-associated protein 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
MLVLVLGDLH IPHRCNSLP A KFKKLLVP GK IQHILCT GNL CTKESY DYLK TLAGD VHIVR GDFD ENLNY PEQK VVTVGQ FKI GLIHGHQ VI PWGDMASL A LLQRQFDVD ILISGHTHKF E AFEHENK F YINPGSAT GA YNALET

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26641

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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