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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25814 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans | |||||||||
試料 |
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キーワード | HIV-1 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CH235.12 / IMMUNE SYSTEM / complex glycans / CH505TF / SOSIP / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Manne K / Acharya P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.G458Y.SOSIP.664 著者: Manne K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25814.map.gz | 117.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25814-v30.xml emd-25814.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25814.png | 49.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25814 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25814_validation.pdf.gz | 481.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25814_full_validation.pdf.gz | 480.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25814_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25814_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25814 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25814 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tcnMC 7t9tC 7tcoC 25766 C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric HIV-1 Env in complex with CH235.12
全体 | 名称: Trimeric HIV-1 Env in complex with CH235.12 |
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要素 |
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-超分子 #1: Trimeric HIV-1 Env in complex with CH235.12
超分子 | 名称: Trimeric HIV-1 Env in complex with CH235.12 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.456352 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DAKAYEKKVH NVWATHACVP TDPNPQEMVL KNVTENFNM WKNDMVDQMH EDVISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTNAT ASNSSIIEGM KNCSFNITTE LRDKREKKNA L FYKLDIVQ ...文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DAKAYEKKVH NVWATHACVP TDPNPQEMVL KNVTENFNM WKNDMVDQMH EDVISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTNAT ASNSSIIEGM KNCSFNITTE LRDKREKKNA L FYKLDIVQ LDGNSSQYRL INCNTSVITQ ACPKVSFDPI PIHYCAPAGY AILKCNNKTF TGTGPCNNVS TVQCTHGIKP VV STQLLLN GSLAEGEIII RSENITKNVK TIIVHLNESV KIECTRPNNK TRTSIRIGPG QWFYATGQVI GDIREAYCNI NES KWNETL QRVSKKLKEY FPHKNITFQP SSGGDLEITT HSFNCGGEFF YCNTSSLFNR TYMANSTDMA NSTETNSTRT ITIH CRIKQ IINMWQEVGR AMYAPPIAGN ITCISNITGL LLTRDGGKNN TETFRPGGGN MKDNWRSELY KYKVVKIEPL GVAPT RCKR RV UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: Glycoprotein 41
分子 | 名称: Glycoprotein 41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.146699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GRRRRRRAVG IGAVFLGFLG AAGSTMGAAS MTLTVQARNL LSGIVQQQSN LLRAPEAQQH LLKLTVWGIK QLQARVLAVE RYLRDQQLL GIWGCSGKLI CCTNVPWNSS WSNRNLSEIW DNMTWLQWDK EISNYTQIIY GLLEESQNQQ EKNEQDLLAL D UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: CH235.12 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: CH235.12 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.319373 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVRLAQYGGG VKRLGATMTL SCVASGYTFN DYYIHWVRQA PGQGFELLGY IDPANGRPDY AGALRERLSF YRDKSMETLY MDLRSLRYD DTAMYYCVRN VGTAGSLLHY DHWGSGSPVI VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: QVRLAQYGGG VKRLGATMTL SCVASGYTFN DYYIHWVRQA PGQGFELLGY IDPANGRPDY AGALRERLSF YRDKSMETLY MDLRSLRYD DTAMYYCVRN VGTAGSLLHY DHWGSGSPVI VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSC |
-分子 #4: CH235.12 Fab Light Chain
分子 | 名称: CH235.12 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.450996 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPAT LSASPGERVT LTCRASRSVR NNVAWYQHKG GQSPRLLIYD ASTRAAGVPA RFSGSASGTE FTLAISNLES EDFTVYFCL QYNNWWTFGQ GTRVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列: EIVLTQSPAT LSASPGERVT LTCRASRSVR NNVAWYQHKG GQSPRLLIYD ASTRAAGVPA RFSGSASGTE FTLAISNLES EDFTVYFCL QYNNWWTFGQ GTRVDIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 13 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #9: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: BLOT FOR 2.5 S BEFORE PLUNGING. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 93.15 K / 最高: 93.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.71 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |