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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24893 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human TRPV6 in complex with inhibitor econazole | ||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of human TRPV6 in complex with inhibitor econazole | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transient Receptor Potential V Family Member 6 / TRP / channel / econazole / inhibitor (酵素阻害剤) / antagonist (受容体拮抗薬) / cNW11 / nanodiscs / TRPV6 / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRPチャネル / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport ...parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRPチャネル / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / calmodulin binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Neuberger A / Nadezhdin KD | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural mechanisms of TRPV6 inhibition by ruthenium red and econazole. 著者: Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Alexander I Sobolevsky / 要旨: TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, ...TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, including cancers. Here we combine cryo-EM, calcium imaging, and mutagenesis to explore molecular bases of human TRPV6 inhibition by the antifungal drug econazole and the universal ion channel blocker ruthenium red (RR). Econazole binds to an allosteric site at the channel's periphery, where it replaces a lipid. In contrast, RR inhibits TRPV6 by binding in the middle of the ion channel's selectivity filter and plugging its pore like a bottle cork. Despite different binding site locations, both inhibitors induce similar conformational changes in the channel resulting in closure of the gate formed by S6 helices bundle crossing. The uncovered molecular mechanisms of TRPV6 inhibition can guide the design of a new generation of clinically useful inhibitors. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24893.map.gz | 7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24893-v30.xml emd-24893.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24893.png | 149.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24893.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24893 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24893 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24893.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of human TRPV6 in complex with inhibitor econazole | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : sample 1
全体 | 名称: sample 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: sample 1
超分子 | 名称: sample 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 78.421328 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGLSLPKEKG LILCLWSKFC RWFQRRESWA QSRDEQNLLQ QKRIWESPLL LAAKDNDVQA LNKLLKYEDC KVHQRGAMGE TALHIAALY DNLEAAMVLM EAAPELVFEP MTSELYEGQT ALHIAVVNQN MNLVRALLAR RASVSARATG TAFRRSPCNL I YFGEHPLS ...文字列: MGLSLPKEKG LILCLWSKFC RWFQRRESWA QSRDEQNLLQ QKRIWESPLL LAAKDNDVQA LNKLLKYEDC KVHQRGAMGE TALHIAALY DNLEAAMVLM EAAPELVFEP MTSELYEGQT ALHIAVVNQN MNLVRALLAR RASVSARATG TAFRRSPCNL I YFGEHPLS FAACVNSEEI VRLLIEHGAD IRAQDSLGNT VLHILILQPN KTFACQMYNL LLSYDRHGDH LQPLDLVPNH QG LTPFKLA GVEGNTVMFQ HLMQKRKHTQ WTYGPLTSTL YDLTEIDSSG DEQSLLELII TTKKREARQI LDQTPVKELV SLK WKRYGR PYFCMLGAIY LLYIICFTMC CIYRPLKPRT NNRTSPRDNT LLQQKLLQEA YMTPKDDIRL VGELVTVIGA IIIL LVEVP DIFRMGVTRF FGQTILGGPF HVLIITYAFM VLVTMVMRLI SASGEVVPMS FALVLGWCNV MYFARGFQML GPFTI MIQK MIFGDLMRFC WLMAVVILGF ASAFYIIFQT EDPEELGHFY DYPMALFSTF ELFLTIIDGP ANYNVDLPFM YSITYA AFA IIATLLMLNL LIAMMGDTHW RVAHERDELW RAQIVATTVM LERKLPRCLW PRSGICGREY GLGDRWFLRV EDRQDLN RQ RIQRYAQAFH TRGSEDLDKD SVEKLVPRGS AAAWSHPQFE K UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 |
-分子 #2: 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-i...
分子 | 名称: 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ECL |
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分子量 | 理論値: 381.684 Da |
Chemical component information | ChemComp-ECL: |
-分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #6: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | human TRPV6 reconstituted in cNW11 nanodiscs |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3950 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1757266 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 3.1)) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 41635 |