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万見
- EMDB-24890: Open apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgeni... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24890
タイトルOpen apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent
マップデータOpen apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent
試料
  • 複合体: sample 1
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水
キーワードTransient Receptor Potential V Family Member 6 / TRP / channel / apo / open / human (ヒト) / TRPV6 / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRPチャネル / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport ...parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRPチャネル / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / calmodulin binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Neuberger A / Nadezhdin KD
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS107253 ドイツ
National Science Foundation (NSF, United States)1818086 ドイツ
German Research Foundation (DFG)464295817 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural mechanisms of TRPV6 inhibition by ruthenium red and econazole.
著者: Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Alexander I Sobolevsky /
要旨: TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, ...TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, including cancers. Here we combine cryo-EM, calcium imaging, and mutagenesis to explore molecular bases of human TRPV6 inhibition by the antifungal drug econazole and the universal ion channel blocker ruthenium red (RR). Econazole binds to an allosteric site at the channel's periphery, where it replaces a lipid. In contrast, RR inhibits TRPV6 by binding in the middle of the ion channel's selectivity filter and plugging its pore like a bottle cork. Despite different binding site locations, both inhibitors induce similar conformational changes in the channel resulting in closure of the gate formed by S6 helices bundle crossing. The uncovered molecular mechanisms of TRPV6 inhibition can guide the design of a new generation of clinically useful inhibitors.
履歴
登録2021年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7s88
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Open apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-3.8524814 - 5.764712
平均 (標準偏差)0.02476136 (±0.2146022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.712211.712211.712
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-3.8525.7650.025

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : sample 1

全体名称: sample 1
要素
  • 複合体: sample 1
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水

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超分子 #1: sample 1

超分子名称: sample 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.421328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGLSLPKEKG LILCLWSKFC RWFQRRESWA QSRDEQNLLQ QKRIWESPLL LAAKDNDVQA LNKLLKYEDC KVHQRGAMGE TALHIAALY DNLEAAMVLM EAAPELVFEP MTSELYEGQT ALHIAVVNQN MNLVRALLAR RASVSARATG TAFRRSPCNL I YFGEHPLS ...文字列:
MGLSLPKEKG LILCLWSKFC RWFQRRESWA QSRDEQNLLQ QKRIWESPLL LAAKDNDVQA LNKLLKYEDC KVHQRGAMGE TALHIAALY DNLEAAMVLM EAAPELVFEP MTSELYEGQT ALHIAVVNQN MNLVRALLAR RASVSARATG TAFRRSPCNL I YFGEHPLS FAACVNSEEI VRLLIEHGAD IRAQDSLGNT VLHILILQPN KTFACQMYNL LLSYDRHGDH LQPLDLVPNH QG LTPFKLA GVEGNTVMFQ HLMQKRKHTQ WTYGPLTSTL YDLTEIDSSG DEQSLLELII TTKKREARQI LDQTPVKELV SLK WKRYGR PYFCMLGAIY LLYIICFTMC CIYRPLKPRT NNRTSPRDNT LLQQKLLQEA YMTPKDDIRL VGELVTVIGA IIIL LVEVP DIFRMGVTRF FGQTILGGPF HVLIITYAFM VLVTMVMRLI SASGEVVPMS FALVLGWCNV MYFARGFQML GPFTI MIQK MIFGDLMRFC WLMAVVILGF ASAFYIIFQT EDPEELGHFY DYPMALFSTF ELFLTIIDGP ANYNVDLPFM YSITYA AFA IIATLLMLNL LIAMMGDTHW RVAHERDELW RAQIVATTVM LERKLPRCLW PRSGICGREY GLGDRWFLRV EDRQDLN RQ RIQRYAQAFH TRGSEDLDKD SVEKLVPRGS AAAWSHPQFE K

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 20 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 32 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 144 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane
1.0 mMbeta-Mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
0.01 %glyco-diosgenin
0.001 %cholesteryl hemisuccinate
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7904 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3117068
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 3.1))
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 276688

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k4a


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7s88:
Open apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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