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- EMDB-24227: Porphyromonas gingivalis type IX secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24227
タイトルPorphyromonas gingivalis type IX secretion system
マップデータIntact T9SS
試料
  • 複合体: T9SS
生物種Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Hu B
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM138301 米国
Welch FoundationAU-1953-20180324 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: A unique bacterial secretion machinery with multiple secretion centers.
著者: Liqiang Song / John D Perpich / Chenggang Wu / Thierry Doan / Zuzanna Nowakowska / Jan Potempa / Peter J Christie / Eric Cascales / Richard J Lamont / Bo Hu /
要旨: The Porphyromonas gingivalis type IX secretion system (T9SS) promotes periodontal disease by secreting gingipains and other virulence factors. By in situ cryoelectron tomography, we report that the P. ...The Porphyromonas gingivalis type IX secretion system (T9SS) promotes periodontal disease by secreting gingipains and other virulence factors. By in situ cryoelectron tomography, we report that the P. gingivalis T9SS consists of 18 PorM dimers arranged as a large, caged ring in the periplasm. Near the outer membrane, PorM dimers interact with a PorKN ring complex of ∼52 nm in diameter. PorMKN translocation complexes of a given T9SS adopt distinct conformations energized by the proton motive force, suggestive of different activation states. At the inner membrane, PorM associates with a cytoplasmic complex that exhibits 12-fold symmetry and requires both PorM and PorL for assembly. Activated motors deliver substrates across the outer membrane via one of eight Sov translocons arranged in a ring. The T9SSs are unique among known secretion systems in bacteria and eukaryotes in their assembly as supramolecular machines composed of apparently independently functioning translocation motors and export pores.
履歴
登録2021年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24227.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Intact T9SS
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-3.7332988 - 4.069277
平均 (標準偏差)-2.8300564e-09 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-34-34-40
サイズ686880
Spacing686880
セルA: 612.0 Å / B: 612.0 Å / C: 720.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T9SS

全体名称: T9SS
要素
  • 複合体: T9SS

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超分子 #1: T9SS

超分子名称: T9SS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 516 / 使用した粒子像数: 694
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C18 (18回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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