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万見
- EMDB-23803: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23803
タイトルA. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
マップデータA. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
試料
  • 複合体: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent lipid A-core flippase
  • リガンド: 2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxylic acid
キーワードMembrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Thelot F / Liao M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Distinct allosteric mechanisms of first-generation MsbA inhibitors.
著者: François A Thélot / Wenyi Zhang / KangKang Song / Chen Xu / Jing Huang / Maofu Liao /
要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their ...ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their mechanisms of modulation by small-molecule inhibitors remain largely unknown. Two first-generation inhibitors of the MsbA transporter, tetrahydrobenzothiophene 1 (TBT1) and G247, induce opposite effects on ATP hydrolysis. Using single-particle cryo–electron microscopy and functional assays, we show that TBT1 and G247 bind adjacent yet separate pockets in the MsbA transmembrane domains. Two TBT1 molecules asymmetrically occupy the substrate-binding site, which leads to a collapsed inward-facing conformation with decreased distance between the nucleotide-binding domains (NBDs). By contrast, two G247 molecules symmetrically increase NBD distance in a wide inward-open state of MsbA. The divergent mechanisms of action of these MsbA inhibitors provide important insights into ABC transporter pharmacology.
履歴
登録2021年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7met
  • 表面レベル: 2.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23803.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.03 / ムービー #1: 2.03
最小 - 最大-14.693777000000001 - 20.274076000000001
平均 (標準偏差)0.000000000025373 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin413843
サイズ107154109
Spacing109107154
セルA: 115.53999 Å / B: 113.41999 Å / C: 163.23999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z109107154
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z115.540113.420163.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ434138
NX/NY/NZ109107154
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS384143
NC/NR/NS154107109
D min/max/mean-14.69420.2740.000

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添付データ

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追加マップ: unfiltered, unsharpened map

ファイルemd_23803_additional_1.map
注釈unfiltered, unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler

全体名称: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
要素
  • 複合体: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent lipid A-core flippase
  • リガンド: 2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxylic acid

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超分子 #1: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler

超分子名称: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: ATP-dependent lipid A-core flippase

分子名称: ATP-dependent lipid A-core flippase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 67.758688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHHHHHHHH GGVNQDFKVY LRLISYLKPY WGVALLVLIG FGMNSATEVS VAKLIKFIID AIQNASRAD LDWFPLLIIL LVFFRGLGLF MGGYYTAVIS RSLVFSIRQE VYAKLLRLPA QYYLDNSSGH ITAKIMYNVE Q LTAASSES ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHHHHHHHH GGVNQDFKVY LRLISYLKPY WGVALLVLIG FGMNSATEVS VAKLIKFIID AIQNASRAD LDWFPLLIIL LVFFRGLGLF MGGYYTAVIS RSLVFSIRQE VYAKLLRLPA QYYLDNSSGH ITAKIMYNVE Q LTAASSES LKTIVRDGMI TLGLLGYLFY TNWRLTICIM VFLPIIGILV RKASKRMRKL SMQVQDTMGD VNHVVQESIN GN AVVKSFA GEESEQERFY KSSEENLKRG LKMVIVQNLN SPVVQVVMAC AMALIVWLAL RPQILGNTTA GEFVAYITAA GLL SKPVKN LTDVNEKLQR GLAAAHSVFE LLDLPEEQNS GELKPQLQGA IRFDHVVLNY ADGTQAIKDF SLDIRPGETV ALVG RSGAG KTSLVNMLVR FQEVSSGQIY LDDLPIRDIE LSSLRTQIAM VNQQVVLFNR TVRENIAYGQ LHNASDEDVI AAAKA AYAH DFIMNLPNGY DTVLGAQGLN LSGGQRQRIA IARAILKNAP ILILDEATSA LDNESEHFIQ QAFDEAMQDR TTIVIA HRL STIENADRIV VMDRGQIVEQ GTHQELLAKH GAYYQLHQRN FEDH

UniProtKB: Lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA

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分子 #2: 2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carbo...

分子名称: 2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Z5G
分子量理論値: 335.805 Da
Chemical component information

ChemComp-Z5G:
2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxylic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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