[日本語] English
万見
- EMDB-23284: native AMPA receptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23284
タイトルnative AMPA receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragments
    • 複合体: GluA1/A2-asymmetric-conformation
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: 11B8 scFv
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: 15F1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 2 - plateau phase / Activation of AMPA receptors / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Synaptic adhesion-like molecules / Cargo concentration in the ER / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport ...Phase 2 - plateau phase / Activation of AMPA receptors / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Synaptic adhesion-like molecules / Cargo concentration in the ER / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / cellular response to amine stimulus / axonal spine / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / positive regulation of membrane potential / localization within membrane / cellular response to ammonium ion / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / L-type voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / myosin V binding / neuron spine / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / protein phosphatase 2B binding / response to arsenic-containing substance / cellular response to dsRNA / dendritic spine membrane / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / anchoring junction / glutamate-gated calcium ion channel activity / long-term synaptic depression / cellular response to peptide hormone stimulus / beta-2 adrenergic receptor binding / protein kinase A binding / neuronal cell body membrane / spinal cord development / perisynaptic space / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor activity / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / adenylate cyclase binding / excitatory synapse / ionotropic glutamate receptor complex / calcium channel regulator activity / asymmetric synapse / G-protein alpha-subunit binding / regulation of receptor recycling / neuronal action potential / voltage-gated calcium channel activity / regulation of postsynaptic membrane potential / glutamate receptor binding / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of synaptic transmission / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / long-term memory / response to electrical stimulus / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / synapse assembly / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to cocaine / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / long-term synaptic potentiation / cellular response to amino acid stimulus / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / receptor internalization / response to toxic substance / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / recycling endosome membrane / G-protein beta-subunit binding / cell-cell junction / シナプス小胞 / presynapse / response to estradiol / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / cell body
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / きゅうりピクルス / Cornichon, conserved site / Cornichon protein / Cornichon family signature. / きゅうりピクルス / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / きゅうりピクルス / Cornichon, conserved site / Cornichon protein / Cornichon family signature. / きゅうりピクルス / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミン酸受容体 / Protein cornichon homolog 2 / Glutamate receptor 1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yu J / Rao P / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS038631 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Hippocampal AMPA receptor assemblies and mechanism of allosteric inhibition.
著者: Jie Yu / Prashant Rao / Sarah Clark / Jaba Mitra / Taekjip Ha / Eric Gouaux /
要旨: AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are ...AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are tuned by an ensemble of auxiliary protein subunits, which are integral membrane proteins that associate with the receptor to yield bona fide receptor signalling complexes. Thus far, extensive studies of recombinant AMPA receptor-auxiliary subunit complexes using engineered protein constructs have not been able to faithfully elucidate the molecular architecture of hippocampal AMPA receptor complexes. Here we obtain mouse hippocampal, calcium-impermeable AMPA receptor complexes using immunoaffinity purification and use single-molecule fluorescence and cryo-electron microscopy experiments to elucidate three major AMPA receptor-auxiliary subunit complexes. The GluA1-GluA2, GluA1-GluA2-GluA3 and GluA2-GluA3 receptors are the predominant assemblies, with the auxiliary subunits TARP-γ8 and CNIH2-SynDIG4 non-stochastically positioned at the B'/D' and A'/C' positions, respectively. We further demonstrate how the receptor-TARP-γ8 stoichiometry explains the mechanism of and submaximal inhibition by a clinically relevant, brain-region-specific allosteric inhibitor.
履歴
登録2021年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年6月30日-
現状2021年6月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7lde
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23284.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00687 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.26882386 - 0.7794917
平均 (標準偏差)-3.9369283e-05 (±0.014318176)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 515.51746 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0068691406251.0068691406251.006869140625
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z515.517515.517515.517
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.2690.779-0.000

-
添付データ

-
追加マップ: #2

ファイルemd_23284_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_23284_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragments

全体名称: GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragments
要素
  • 複合体: GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragments
    • 複合体: GluA1/A2-asymmetric-conformation
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 1グルタミン酸受容体
      • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptorグルタミン酸受容体
      • タンパク質・ペプチド: Protein cornichon homolog 2
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
    • 複合体: 11B8 scFv
      • タンパク質・ペプチド: 11B8 scFv
    • 複合体: 15F1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: 15F1 Fab heavy chain
  • リガンド: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
  • リガンド: HEXADECANEヘキサデカン
  • リガンド: N-OCTANEオクタン
  • リガンド: HEPTANE
  • リガンド: DECANEデカン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: DODECANEドデカン
  • リガンド: TETRADECANEテトラデカン
  • リガンド: nonaneノナン
  • リガンド: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

+
超分子 #1: GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragments

超分子名称: GluA1/A2-asymmetric-conformation bound to antibody fragments
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7

+
超分子 #2: GluA1/A2-asymmetric-conformation

超分子名称: GluA1/A2-asymmetric-conformation / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #3: 11B8 scFv

超分子名称: 11B8 scFv / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: 15F1 Fab

超分子名称: 15F1 Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)

+
分子 #1: Glutamate receptor 1

分子名称: Glutamate receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 101.678969 KDa
配列文字列: MPYIFAFFCT GFLGAVVGAN FPNNIQIGGL FPNQQSQEHA AFRFALSQLT EPPKLLPQID IVNISDSFEM TYRFCSQFSK GVYAIFGFY ERRTVNMLTS FCGALHVCFI TPSFPVDTSN QFVLQLRPEL QEALISIIDH YKWQTFVYIY DADRGLSVLQ R VLDTAAEK ...文字列:
MPYIFAFFCT GFLGAVVGAN FPNNIQIGGL FPNQQSQEHA AFRFALSQLT EPPKLLPQID IVNISDSFEM TYRFCSQFSK GVYAIFGFY ERRTVNMLTS FCGALHVCFI TPSFPVDTSN QFVLQLRPEL QEALISIIDH YKWQTFVYIY DADRGLSVLQ R VLDTAAEK NWQVTAVNIL TTTEEGYRML FQDLEKKKER LVVVDCESER LNAILGQIVK LEKNGIGYHY ILANLGFMDI DL NKFKESG ANVTGFQLVN YTDTIPARIM QQWRTSDARD HTRVDWKRPK YTSALTYDGV KVMAEAFQSL RRQRIDISRR GNA GDCLAN PAVPWGQGID IQRALQQVRF EGLTGNVQFN EKGRRTNYTL HVIEMKHDGI RKIGYWNEDD KFVPAATDAQ AGGD NSSVQ NRTYIVTTIL EDPYVMLKKN ANQFEGNDRY EGYCVELAAE IAKHVGYSYR LEIVSDGKYG ARDPDTKAWN GMVGE LVYG RADVAVAPLT ITLVREEVID FSKPFMSLGI SIMIKKPQKS KPGVFSFLDP LAYEIWMCIV FAYIGVSVVL FLVSRF SPY EWHSEEFEEG RDQTTSDQSN EFGIFNSLWF SLGAFMQQGC DISPRSLSGR IVGGVWWFFT LIIISSYTAN LAAFLTV ER MVSPIESAED LAKQTEIAYG TLEAGSTKEF FRRSKIAVFE KMWTYMKSAE PSVFVRTTEE GMIRVRKSKG KYAYLLES T MNEYIEQRKP CDTMKVGGNL DSKGYGIATP KGSALRGPVN LAVLKLSEQG VLDKLKSKWW YDKGECGSKD SGSKDKTSA LSLSNVAGVF YILIGGLGLA MLVALIEFCY KSRSESKRMK GFCLIPQQSI NEAIRTSTLP RNSGAGASGG SGSGENGRVV SQDFPKSMQ SIPCMSHSSG MPLGATGL

+
分子 #2: Glutamate receptor

分子名称: Glutamate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 98.899883 KDa
配列文字列: MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA ...文字列:
MQKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSNSIQIG GLFPRGADQE YSAFRVGMVQ FSTSEFRLTP HIDNLEVANS FAVTNAFCSQ FSRGVYAIF GFYDKKSVNT ITSFCGTLHV SFITPSFPTD GTHPFVIQMR PDLKGALLSL IEYYQWDKFA YLYDSDRGLS T LQAVLDSA AEKKWQVTAI NVGNINNDKK DETYRSLFQD LELKKERRVI LDCERDKVND IVDQVITIGK HVKGYHYIIA NL GFTDGDL LKIQFGGANV SGFQIVDYDD SLVSKFIERW STLEEKEYPG AHTATIKYTS ALTYDAVQVM TEAFRNLRKQ RIE ISRRGN AGDCLANPAV PWGQGVEIER ALKQVQVEGL SGNIKFDQNG KRINYTINIM ELKTNGPRKI GYWSEVDKMV VTLT ELPSG NDTSGLENKT VVVTTILESP YVMMKKNHEM LEGNERYEGY CVDLAAEIAK HCGFKYKLTI VGDGKYGARD ADTKI WNGM VGELVYGKAD IAIAPLTITL VREEVIDFSK PFMSLGISIM IKKPQKSKPG VFSFLDPLAY EIWMCIVFAY IGVSVV LFL VSRFSPYEWH TEEFEDGRET QSSESTNEFG IFNSLWFSLG AFMRQGCDIS PRSLSGRIVG GVWWFFTLII ISSYTAN LA AFLTVERMVS PIESAEDLSK QTEIAYGTLD SGSTKEFFRR SKIAVFDKMW TYMRSAEPSV FVRTTAEGVA RVRKSKGK Y AYLLESTMNE YIEQRKPCDT MKVGGNLDSK GYGIATPKGS SLRNAVNLAV LKLNEQGLLD KLKNKWWYDK GECGSGGGD SKEKTSALSL SNVAGVFYIL VGGLGLAMLV ALIEFCYKSR AEAKRMKVAK NAQNINPSSS QNSQNFATYK EGYNVYGIES VKI

+
分子 #3: Protein cornichon homolog 2

分子名称: Protein cornichon homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 18.94842 KDa
配列文字列:
MAFTFAAFCY MLTLVLCASL IFFVIWHIIA FDELRTDFKN PIDQGNPARA RERLKNIERI CCLLRKLVVP EYSIHGLFCL MFLCAAEWV TLGLNIPLLF YHLWRYFHRP ADGSEVMYDA VSIMNADILN YCQKESWCKL AFYLLSFFYY LYSMVYTLVS F

+
分子 #4: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 43.502938 KDa
配列文字列: MESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFS AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA ...文字列:
MESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFS AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA GLSNIIGVIV YISANAGEPG PKRDEEKKNH YSYGWSFYFG GLSFILAEVI GVLAVNIYIE RSREAHCQSR SD LLKAGGG AGGSGGSGPS AILRLPSYRF RYRRRSRSSS RGSSEASPSR DASPGGPGGP GFASTDISMY TLSRDPSKGS VAA GLASAG GGGSGAGVGA YGGAAGAAGG GGAGSERDRG SSAGFLTLHN AFPKEAASGV TVTVTGPPAA PAPAPAPPAP AAPA PGTLS KEAAASNTNT LNRKTTPV

+
分子 #5: 11B8 scFv

分子名称: 11B8 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.511527 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVKLLESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFDFS EYWMSWVRQA PGKGLEWIGE INPDSSSIDY TPSLKDKIII SRDNAKKTLY LQLSKVRSE DTALYYCARP RGNYVVMDYW GQGTSVTVSS SGGGGSGGGG SGGGGNIVLT QSPASLAVSL GQRATISCRA S ESVDSYGS ...文字列:
EVKLLESGGG LVQPGGSLKL SCAASGFDFS EYWMSWVRQA PGKGLEWIGE INPDSSSIDY TPSLKDKIII SRDNAKKTLY LQLSKVRSE DTALYYCARP RGNYVVMDYW GQGTSVTVSS SGGGGSGGGG SGGGGNIVLT QSPASLAVSL GQRATISCRA S ESVDSYGS SFVHWYQQKP GQPPKLLIFL ASKLESGVPA RFSGSGSRTD FTLTIDPVEA DDAATYYCQQ TNEDPYTFGG GT KLEIKRA SNWSHPQFEK

+
分子 #6: 15F1 Fab light chain

分子名称: 15F1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.11166 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MEIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI SNYLSWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SRFSGSGSGI DYSLTINNLE QEDFATYFC QQGNTLPLTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
MEIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI SNYLSWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SRFSGSGSGI DYSLTINNLE QEDFATYFC QQGNTLPLTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRNECSNW SHPQFEK

+
分子 #7: 15F1 Fab heavy chain

分子名称: 15F1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.975439 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MQAQLKESGP GLVAPSQSLS ITCTVSGFSL TNYGVHWVRQ PPGKGLEWLG VIWAGGSTNY NSALMSRVS ISKDNSKSQV FLKMNSLQTD DTVMYYCARE DYDYDWHFDV WGAGTTVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT N SMVTLGCL ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA MQAQLKESGP GLVAPSQSLS ITCTVSGFSL TNYGVHWVRQ PPGKGLEWLG VIWAGGSTNY NSALMSRVS ISKDNSKSQV FLKMNSLQTD DTVMYYCARE DYDYDWHFDV WGAGTTVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT N SMVTLGCL VKGYFPEPVT VTWNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKLE VL FQGPGSG SADTITIRGY VRDNR

+
分子 #9: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...

分子名称: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: ZK1
分子量理論値: 409.254 Da
Chemical component information

ChemComp-ZK1:
{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / ZK-200775 / アンタゴニスト, 薬剤*YM / Fanapanel

+
分子 #10: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン / ヘキサデカン

+
分子 #11: N-OCTANE

分子名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: OCT
分子量理論値: 114.229 Da
Chemical component information

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン / オクタン

+
分子 #12: HEPTANE

分子名称: HEPTANE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HP6
分子量理論値: 100.202 Da
Chemical component information

ChemComp-HP6:
HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル / Heptane

+
分子 #13: DECANE

分子名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: D10
分子量理論値: 142.282 Da
Chemical component information

ChemComp-D10:
DECANE / デカン / デカン

+
分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #15: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 6 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン / ドデカン

+
分子 #16: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン

+
分子 #17: nonane

分子名称: nonane / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: DD9
分子量理論値: 128.255 Da
Chemical component information

ChemComp-DD9:
nonane / ノナン / ノナン

+
分子 #18: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

分子名称: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: XVD
分子量理論値: 328.674 Da
Chemical component information

ChemComp-XVD:
6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る