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- EMDB-22696: antibody and nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22696
タイトルantibody and nucleosome complex
マップデータantibody and nucleosome complex
試料
  • 複合体: scFv and nucleosome complex
    • タンパク質・ペプチド: Cse4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
    • DNA: DNA (136-MER)
    • DNA: DNA (136-MER)
    • タンパク質・ペプチド: scFv単鎖可変領域フラグメント
機能・相同性
機能・相同性情報


HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex ...HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / heterochromatin organization / Ub-specific processing proteases / nucleosomal DNA binding / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site ...Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B.1 / ヒストンH4 / Histone H2A.1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ruifang G / Yawen B
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and dynamic mechanisms of CBF3-guided centromeric nucleosome formation.
著者: Ruifang Guan / Tengfei Lian / Bing-Rui Zhou / Emily He / Carl Wu / Martin Singleton / Yawen Bai /
要旨: Accurate chromosome segregation relies on the specific centromeric nucleosome-kinetochore interface. In budding yeast, the centromere CBF3 complex guides the deposition of CENP-A, an H3 variant, to ...Accurate chromosome segregation relies on the specific centromeric nucleosome-kinetochore interface. In budding yeast, the centromere CBF3 complex guides the deposition of CENP-A, an H3 variant, to form the centromeric nucleosome in a DNA sequence-dependent manner. Here, we determine the structures of the centromeric nucleosome containing the native CEN3 DNA and the CBF3core bound to the canonical nucleosome containing an engineered CEN3 DNA. The centromeric nucleosome core structure contains 115 base pair DNA including a CCG motif. The CBF3core specifically recognizes the nucleosomal CCG motif through the Gal4 domain while allosterically altering the DNA conformation. Cryo-EM, modeling, and mutational studies reveal that the CBF3core forms dynamic interactions with core histones H2B and CENP-A in the CEN3 nucleosome. Our results provide insights into the structure of the budding yeast centromeric nucleosome and the mechanism of its assembly, which have implications for analogous processes of human centromeric nucleosome formation.
履歴
登録2020年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年3月31日-
現状2021年3月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k78
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22696.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈antibody and nucleosome complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.12601496 - 0.21744803
平均 (標準偏差)8.608004e-06 (±0.0076245014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.400254.400254.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ15150
NX/NY/NZ9999114
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1260.2170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : scFv and nucleosome complex

全体名称: scFv and nucleosome complex
要素
  • 複合体: scFv and nucleosome complex
    • タンパク質・ペプチド: Cse4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
    • DNA: DNA (136-MER)
    • DNA: DNA (136-MER)
    • タンパク質・ペプチド: scFv単鎖可変領域フラグメント

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超分子 #1: scFv and nucleosome complex

超分子名称: scFv and nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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分子 #1: Cse4

分子名称: Cse4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.791588 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LASKAARKSA PSTGGVKKPK KYTPSELALY EIRKYQRSTD LLISKIPFAR LVKEVTDEFT TKDQDLRWQ SMAIMALQEA SEAYLVGLLE HTNLLALHAK RITIMKKDMQ LARRIRGQFI

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.39539 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KILRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEEVRAVLK SFLESVIRDS VTYTEHAKRK TVTSLDVVY ALKRQGRTLY GFGG

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分子 #3: Histone H2A.1

分子名称: Histone H2A.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.013177 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列:
MSGGKGGKAG SAAKASQSRS AKAGLTFPVG RVHRLLRRGN YAQRIGSGAP VYLTAVLEYL AAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAI RNDDELNKLL GNVTIAQGGV LPNIHQNLLP KKSAKATKAS QEL

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分子 #4: Histone H2B.1

分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.280362 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列:
MSAKAEKKPA SKAPAEKKPA AKKTSTSTDG KKRSKARKET YSSYIYKVLK QTHPDTGISQ KSMSILNSFV NDIFERIATE ASKLAAYNK KSTISAREIQ TAVRLILPGE LAKHAVSEGT RAVTKYSSST QA

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分子 #7: scFv

分子名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.030146 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ...文字列:
MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ASLGERVTIT CKASQDIRSY LSWYQQKPWK SPKTLIYYAT SLADGVPSRF SGSGSGQDFS LTINNLESDD TA TYYCLQH GESPYTFGSG TKLEIKRA

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分子 #5: DNA (136-MER)

分子名称: DNA (136-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 42.219285 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DT)

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分子 #6: DNA (136-MER)

分子名称: DNA (136-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 41.679848 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC) (DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 71.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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