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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22131 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the human CAK in complex with THZ1 | |||||||||||||||
![]() | Post-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map, clipped to 134 pixels (as used for coordinate refinement). | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of DNA helicase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Greber BJ / Perez-Bertoldi JM / Lim K / Iavarone AT / Toso DB / Nogales E | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The cryoelectron microscopy structure of the human CDK-activating kinase. 著者: Basil J Greber / Juan M Perez-Bertoldi / Kif Lim / Anthony T Iavarone / Daniel B Toso / Eva Nogales / ![]() 要旨: The human CDK-activating kinase (CAK), a complex composed of cyclin-dependent kinase (CDK) 7, cyclin H, and MAT1, is a critical regulator of transcription initiation and the cell cycle. It acts by ...The human CDK-activating kinase (CAK), a complex composed of cyclin-dependent kinase (CDK) 7, cyclin H, and MAT1, is a critical regulator of transcription initiation and the cell cycle. It acts by phosphorylating the C-terminal heptapeptide repeat domain of the RNA polymerase II (Pol II) subunit RPB1, which is an important regulatory event in transcription initiation by Pol II, and it phosphorylates the regulatory T-loop of CDKs that control cell cycle progression. Here, we have determined the three-dimensional (3D) structure of the catalytic module of human CAK, revealing the structural basis of its assembly and providing insight into CDK7 activation in this context. The unique third component of the complex, MAT1, substantially extends the interaction interface between CDK7 and cyclin H, explaining its role as a CAK assembly factor, and it forms interactions with the CDK7 T-loop, which may contribute to enhancing CAK activity. We have also determined the structure of the CAK in complex with the covalently bound inhibitor THZ1 in order to provide insight into the binding of inhibitors at the CDK7 active site and to aid in the rational design of therapeutic compounds. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 134.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 27 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 20.7 MB 20.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6xd3MC ![]() 6xbzC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.4 TB Data #1: Unaligned movies of human CAK-THZ1 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map, clipped to 134 pixels (as used for coordinate refinement). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.372 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsharpened half-map (full size, 198 pixels).
ファイル | emd_22131_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened half-map (full size, 198 pixels). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsharpened half-map (full size, 198 pixels).
ファイル | emd_22131_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened half-map (full size, 198 pixels). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CDK-activating kinase assembly factor MAT1, Cyclin-H, Cyclin-depe...
全体 | 名称: CDK-activating kinase assembly factor MAT1, Cyclin-H, Cyclin-dependent kinase 7 (E.C.2.7.11.22,2.7.11.23) |
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要素 |
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-超分子 #1: CDK-activating kinase assembly factor MAT1, Cyclin-H, Cyclin-depe...
超分子 | 名称: CDK-activating kinase assembly factor MAT1, Cyclin-H, Cyclin-dependent kinase 7 (E.C.2.7.11.22,2.7.11.23) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Recombinantly expressed as a trimeric complex in insect cells (MAT1 subunit truncated) and then modified with covalent inhibitor THZ1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 80 KDa |
-分子 #1: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
分子 | 名称: CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.234531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNAPVTFSTG IKMGQHISLA PIHKLEEALY EYQPLQIETY GPHVPELEML GRLGYLNHVR AASPQDLAGG YTSSLACHRA LQDAFSGLF WQPS |
-分子 #2: Cyclin-H
分子 | 名称: Cyclin-H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 37.695473 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MYHNSSQKRH WTFSSEEQLA RLRADANRKF RCKAVANGKV LPNDPVFLEP HEEMTLCKYY EKRLLEFCSV FKPAMPRSVV GTACMYFKR FYLNNSVMEY HPRIIMLTCA FLACKVDEFN VSSPQFVGNL RESPLGQEKA LEQILEYELL LIQQLNFHLI V HNPYRPFE ...文字列: MYHNSSQKRH WTFSSEEQLA RLRADANRKF RCKAVANGKV LPNDPVFLEP HEEMTLCKYY EKRLLEFCSV FKPAMPRSVV GTACMYFKR FYLNNSVMEY HPRIIMLTCA FLACKVDEFN VSSPQFVGNL RESPLGQEKA LEQILEYELL LIQQLNFHLI V HNPYRPFE GFLIDLKTRY PILENPEILR KTADDFLNRI ALTDAYLLYT PSQIALTAIL SSASRAGITM ESYLSESLML KE NRTCLSQ LLDIMKSMRN LVKKYEPPRS EEVAVLKQKL ERCHSAELAL NVITKKRKGY EDDDYVSKKS KHEEEEWTDD DLV ESL |
-分子 #3: Cyclin-dependent kinase 7
分子 | 名称: Cyclin-dependent kinase 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 39.442574 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNAMALDVKS RAKRYEKLDF LGEGQFATVY KARDKNTNQI VAIKKIKLGH RSEAKDGINR TALREIKLLQ ELSHPNIIGL LDAFGHKSN ISLVFDFMET DLEVIIKDNS LVLTPSHIKA YMLMTLQGLE YLHQHWILHR DLKPNNLLLD ENGVLKLADF G LAKSFG(SEP) ...文字列: SNAMALDVKS RAKRYEKLDF LGEGQFATVY KARDKNTNQI VAIKKIKLGH RSEAKDGINR TALREIKLLQ ELSHPNIIGL LDAFGHKSN ISLVFDFMET DLEVIIKDNS LVLTPSHIKA YMLMTLQGLE YLHQHWILHR DLKPNNLLLD ENGVLKLADF G LAKSFG(SEP)P NRAYTHQVVT RWYRAPELLF GARMYGVGVD MWAVGCILAE LLLRVPFLPG DSDLDQLTRI FETLGTPT E EQWPDMCSLP DYVTFKSFPG IPLHHIFSAA GDDLLDLIQG LFLFNPCARI TATQALKMKY FSNRPGPTPG CQLPRPNCP VETLKEQSNP ALAIKRKRTE ALEQGGLPKK LIF |
-分子 #4: N-(3-{[5-chloro-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)-4-{...
分子 | 名称: N-(3-{[5-chloro-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)-4-{[4-(dimethylamino)butanoyl]amino}benzamide タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: V0G |
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分子量 | 理論値: 568.069 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-V0G: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 72886 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5007 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 / 詳細: 69 frames per movie |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 4884787 / 詳細: 3D-template picking |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), CTFFIND (ver. 4)) 詳細: CTF estimation with CTFFIND4, CTF correction in RELION 3.1 during reconstruction. |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 31198 |